THÔNG TƯ Quy định áp dụng chế độ ưu tiên trong việc thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệ p

Phạm vi điều chỉnh
Thông tư này quy định áp dụng chế độ ưu tiên trong việc thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp, đại lý, dự án được áp dụng chế độ ưu tiên; thủ tục thẩm định, công nhận, tạm đình chỉ, đình chỉ, chế độ quản lý đối với doanh nghiệp, đại lý và dự án được áp dụng chế độ ưu tiên.

Đối tượng áp dụng
1. Doanh nghiệp xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa.
2. Đại lý làm thủ tục hải quan.
3. Tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa để thực hiện dự án đầu tư trọng điểm được Thủ tướng Chính phủ cho ý kiến trước khi cấp phép đầu tư đang trong giai đoạn xây dựng cơ bản.
4. Cơ quan hải quan, cơ quan thuế.
5. Các tổ chức, cá nhân khác có liên quan.
Điều 3. Giải thích từ ngữ
Trong Thông tư này, các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:
1. “Doanh nghiệp ưu tiên” là doanh nghiệp xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa được cơ quan hải quan công nhận là doanh nghiệp ưu tiên.
2. “Đại lý ưu tiên” là doanh nghiệp kinh doanh dịch vụ đại lý làm thủ tục hải quan được cơ quan hải quan công nhận là doanh nghiệp ưu tiên.
3. “Dự án ưu tiên” là dự án đầu tư trọng điểm được Thủ tướng Chính phủ cho ý kiến trước khi cấp phép đầu tư đang trong giai đoạn xây dựng cơ bản và được cơ quan hải quan công nhận áp dụng chế độ ưu tiên.

Nguyên tắc áp dụng chế độ ưu tiên
1. Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp ưu tiên hoặc dự án ưu tiên hoặc do đại lý ưu tiên đứng tên trên tờ khai được áp dụng chế độ ưu tiên về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan quy định tại Thông tư này đối với tất cả các loại hình xuất khẩu, nhập khẩu, ở tất cả các đơn vị hải quan trong toàn quốc.
2. Ngoài các ưu tiên được quy định tại Thông tư này, doanh nghiệp ưu tiên còn được hưởng các ưu tiên khác trong lĩnh vực quản lý nhà nước về hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật có liên quan.

Miễn kiểm tra chứng từ, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa
1. Miễn kiểm tra chứng từ liên quan thuộc hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc kiểm tra ngẫu nhiên để đánh giá sự tuân thủ pháp luật. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quyết định việc kiểm tra ngẫu nhiên quy định tại Điều này.
2. Việc kiểm tra thực tế hàng hóa phải được thực hiện bằng máy soi.
a. Đối với doanh nghiệp chế xuất, việc kiểm tra thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được thực hiện khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan.
b. Đối với doanh nghiệp khác, tỷ lệ kiểm tra ngẫu nhiên không quá 0,5% trên tổng số tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp.

Thông quan bằng tờ khai chưa hoàn chỉnh
1. Được làm thủ tục hải quan bằng tờ khai hải quan chưa hoàn chỉnh trên hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan của cơ quan hải quan. Trong thời hạn 30 (ba mươi) ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai, người khai hải quan cập nhật dữ liệu và các chứng từ có liên quan thuộc hồ sơ hải quan theo quy định tại

Điều 24 Luật Hải quan số 54/2014/QH13 vào hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan của cơ quan hải quan.
2. Trường hợp hệ thống dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan gặp sự cố hoặc tạm dừng hoạt động, doanh nghiệp được làm thủ tục hải quan bằng Tờ khai giấy (mẫu 01/DNUT ban hành kèm theo Thông tư này), trong thời hạn 30 (ba mươi) ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai, người khai hải quan nộp bộ hồ sơ hải quan hoàn chỉnh cho Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp mở tờ khai. Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp ưu tiên mở tờ khai hướng dẫn doanh nghiệp ưu tiên cập nhật dữ liệu tờ khai hải quan.

Ưu tiên thứ tự làm thủ tục hải quan
1. Được cơ quan hải quan ưu tiên kiểm tra thực tế hàng hóa trước bằng máy soi đối với trường hợp kiểm tra ngẫu nhiên để đánh giá tuân thủ khai báo hải quan.
2. Trường hợp doanh nghiệp gặp vướng mắc trong khâu thông quan, Chi cục Hải quan có trách nhiệm trả lời doanh nghiệp bằng văn bản trong thời gian 8 (tám) giờ làm việc kể từ thời điểm phát sinh vướng mắc.
3. Được cơ quan hải quan ưu tiên kiểm tra trước, giám sát trước trong khâu giám sát hải quan.
4. Trường hợp doanh nghiệp có yêu cầu xem hàng hóa trước hoặc lấy mẫu thì được ưu tiên làm thủ tục xem hàng trước, lấy mẫu trước.
5. Được cơ quan kinh doanh cảng, kho bãi ưu tiên xếp dỡ, giao nhận hàng hóa trước.

Kiểm tra chuyên ngành
1. Trường hợp hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành thì cơ quan hải quan chấp nhận khai báo của doanh nghiệp về việc hàng hóa đã đáp ứng quy định chuyên ngành để thông quan. Doanh nghiệp có trách nhiệm lưu trữ đầy đủ kết quả kiểm tra chuyên ngành của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền, xuất trình khi có yêu cầu kiểm tra của cơ quan hải quan.
2. Doanh nghiệp được đưa hàng hóa nhập khẩu về kho của doanh nghiệp để bảo quản trong khi chờ kết quả kiểm tra chuyên ngành.
3. Trường hợp cần lấy mẫu để kiểm tra thì được ưu tiên lấy mẫu hàng hóa trước.

Thủ tục thuế
1. Được hoàn thuế trước, kiểm tra sau. Hồ sơ đề nghị hoàn thuế, thủ tục hoàn thuế theo quy định tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015. Căn cứ trên kết quả tự tính toán của doanh nghiệp, cơ quan hải quan kiểm tra tính phù hợp về hồ sơ. Thời gian ra quyết định hoàn thuế không quá 01 (một) ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ của doanh nghiệp.
2. Được nộp báo cáo quyết toán đối với hàng hóa nhập gia công, nhập sản xuất xuất khẩu trong thời gian 90 (chín mươi) ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính của doanh nghiệp. Căn cứ báo cáo quyết toán của doanh nghiệp, cơ quan hải quan nhập dữ liệu vào hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo quy định và thực hiện kiểm tra sau.
3. Việc kiểm tra đối với các trường hợp nêu tại khoản 1, khoản 2 Điều này được thực hiện theo quy định tại Điều 25 Thông tư này.
4. Được ưu tiên khi thực hiện các thủ tục về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế.

Thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ
Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ; nguyên liệu, linh kiện, phụ tùng phục vụ sản xuất của doanh nghiệp mua từ kho ngoại quan được thực hiện nhập khẩu hàng hóa trước, khai hải quan sau. Thủ tục hải quan thực hiện như khoản 6

Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015.

Kiểm tra sau thông quan
1. Được ưu tiên miễn kiểm tra sau thông quan tại trụ sở cơ quan hải quan trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật.
2. Cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan không quá 1 lần trong 3 năm liên tục trên cơ sở quản lý rủi ro kể từ ngày được Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan công nhận là doanh nghiệp ưu tiên trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan.
3. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quyết định việc kiểm tra sau thông quan tại trụ sở người khai hải quan.

Điều kiện tuân thủ pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế
Trong thời hạn 02 (hai) năm liên tục, gần nhất tính đến thời điểm doanh nghiệp có văn bản đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên, doanh nghiệp không vi phạm các quy định của pháp luật về thuế, hải quan tới mức bị xử lý vi phạm về các hành vi sau:
1. Các hành vi trốn thuế, gian lận thuế; buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới;
2. Các hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan có hình thức, mức xử phạt vượt thẩm quyền Chi cục trưởng Chi cục Hải quan và các chức danh tương đương;
3. Đối với đại lý làm thủ tục hải quan, số tờ khai hải quan đại lý làm thủ tục đứng tên bị xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, lĩnh vực thuế thuộc thẩm quyền xử lý của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan và chức danh tương đương không vượt quá tỷ lệ 0,5% tính trên tổng số tờ khai đã làm thủ tục hải quan.
4. Không nợ thuế quá hạn theo quy định.

Điều kiện về kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu
1. Doanh nghiệp đạt kim ngạch xuất nhập khẩu từ 100 triệu USD/năm trở lên.
2. Doanh nghiệp đạt kim ngạch xuất khẩu hàng hóa sản xuất tại Việt Nam từ 40 triệu USD/năm trở lên.
3. Doanh nghiệp đạt kim ngạch xuất khẩu hàng hóa là nông sản, thủy sản sản xuất hoặc nuôi, trồng tại Việt Nam từ 30 triệu USD/năm trở lên.
4. Đại lý thủ tục hải quan: số tờ khai hải quan đã làm thủ tục hải quan đứng tên đại lý trong năm đạt từ 20.000 tờ khai/năm trở lên.
Kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu quy định tại khoản 1, khoản 2, khoản 3, khoản 4 Điều này là kim ngạch bình quân của 02 (hai) năm liên tục, gần nhất tính đến ngày doanh nghiệp có văn bản đề nghị xem xét, không bao gồm kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu uỷ thác.
5. Không áp dụng điều kiện kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu đối với các doanh nghiệp được Bộ Khoa học và Công nghệ cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp công nghệ cao theo quy định của Luật Công nghệ cao.

Điều kiện về thủ tục hải quan điện tử, thủ tục thuế điện tử
Thực hiện thủ tục hải quan điện tử, thủ tục thuế điện tử; có chương trình công nghệ thông tin quản lý hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp đảm bảo yêu cầu kiểm tra của cơ quan hải quan.

Điều kiện về thanh toán hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu
Thực hiện thanh toán đối với các lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu qua ngân hàng theo quy định của ngân hàng nhà nước. Doanh nghiệp có trách nhiệm thông báo cho cơ quan hải quan số tài khoản, danh sách các ngân hàng giao dịch.

Điều kiện về hệ thống kiểm soát nội bộ
Doanh nghiệp đạt điều kiện về hệ thống kiểm soát nội bộ nếu doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện sau:
1. Doanh nghiệp thực hiện và duy trì các quy trình quản lý, giám sát, kiểm soát vận hành thực tế toàn bộ hoạt động của doanh nghiệp;
2. Doanh nghiệp có các biện pháp, phương tiện, quy trình kiểm soát nội bộ đảm bảo an ninh an toàn dây chuyền cung ứng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu như sau:
a. Theo dõi quá trình vận chuyển hàng hóa từ doanh nghiệp đến cảng và từ cảng về doanh nghiệp;
b. Kiểm tra an toàn container trước khi xếp hàng lên phương tiện vận tải;
c. Giám sát tại các vị trí quan trọng: Khu vực tường rào, cổng ra vào, kho bãi, khu vực sản xuất, khu vực hành chính;
d. Phân quyền công nhân viên di chuyển, làm việc tại các khu vực phù hợp với nhiệm vụ;
đ. Kiểm soát an ninh hệ thống công nghệ thông tin;
e. An ninh nhân sự.

Điều kiện chấp hành tốt pháp luật về kế toán, kiểm toán
1. Áp dụng các chuẩn mực kế toán theo quy định của Bộ Tài chính;
2. Báo cáo tài chính hàng năm phải được kiểm toán bởi công ty kiểm toán đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ kiểm toán theo quy định của pháp luật về kiểm toán độc lập. Ý kiến kiểm toán về báo cáo tài chính nêu trong báo cáo kiểm toán phải là ý kiến chấp nhận toàn phần theo chuẩn mực kiểm toán Việt Nam;

Hồ sơ đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên
1. Doanh nghiệp có yêu cầu được áp dụng chế độ ưu tiên, tự đối chiếu với các điều kiện quy định tại Thông tư này, có hồ sơ gửi Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (dưới đây gọi là Cục Hải quan tỉnh, thành phố) nơi doanh nghiệp có trụ sở chính đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên. Hồ sơ bao gồm:
a. Văn bản đề nghị theo mẫu 02a/DNUT ban hành kèm Thông tư này: 01 bản chính;
b. Báo cáo tài chính đã được kiểm toán trong 02 (hai) năm tài chính liên tục, gần nhất: 01 bản chụp;
c. Báo cáo kiểm toán trong 02 (hai) năm tài chính liên tục, gần nhất: 01 bản chụp;
d. Bản kết luận thanh tra trong 02 (hai) năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp;
đ. Bản mô tả hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp trong đó mô tả đầy đủ quy trình quản lý, giám sát, kiểm soát vận hành thực tế toàn bộ hoạt động của doanh nghiệp, kiểm soát an ninh an toàn dây chuyền cung ứng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp: 01 bản chính;
e. Các giấy chứng nhận khen thưởng, chứng chỉ chất lượng (nếu có): 01 bản chụp.
2. Đối với dự án đầu tư trọng điểm được Thủ tướng Chính phủ có ý kiến trước khi cấp phép đầu tư đang trong giai đoạn xây dựng cơ bản, chủ đầu tư có hồ sơ gửi Tổng cục Hải quan đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên. Hồ sơ bao gồm:
a. Văn bản đề nghị áp dụng chế độ ưu tiên và cam kết triển khai dự án đúng tiến độ theo mẫu 02b/DNUT ban hành kèm theo Thông tư này: 01 bản chính;
b. Giấy chứng nhận đầu tư, Giải trình kinh tế kỹ thuật: 01 bản chụp.

Kiểm tra điều kiện công nhận doanh nghiệp ưu tiên
1. Kiểm tra hồ sơ
Cục Hải quan tỉnh, thành phố kiểm tra tính đầy đủ, hợp pháp, hợp lệ hồ sơ doanh nghiệp nộp theo quy định tại khoản 1 Điều 18 Thông tư này; đối chiếu thông tin doanh nghiệp cung cấp, thông tin thu thập về doanh nghiệp trên địa bàn quản lý với điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên quy định tại

Thẩm quyền công nhận, tạm đình chỉ, đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên
Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quyết định việc công nhận, tạm đình chỉ, đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên.
Điều 24. Trách nhiệm của cơ quan liên quan
1. Cơ quan thuế nơi doanh nghiệp đăng ký có trách nhiệm phối hợp với cơ quan hải quan đánh giá việc tuân thủ pháp luật về thuế nội địa, việc thực hiện thủ tục thuế điện tử, thực hiện nghĩa vụ nộp các khoản thuế nội địa của doanh nghiệp.
2. Trong thời gian 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị của cơ quan hải quan, cơ quan thuế có trách nhiệm trả lời bằng văn bản.

Trách nhiệm quản lý của cơ quan hải quan
Định kỳ 03 (ba) năm Tổng cục Hải quan đánh giá các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên, đánh giá tuân thủ pháp luật hải quan, pháp luật thuế để tự động gia hạn áp dụng chế độ ưu tiên cho doanh nghiệp ưu tiên; kiểm tra việc hoàn thuế, kiểm tra báo cáo quyết toán (nếu có) trên cơ sở quản lý rủi ro theo khoản 3

Điều 9 Thông tư này.

Trách nhiệm của doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên
1. Tuân thủ pháp luật hải quan, pháp luật về thuế, pháp luật về kế toán, kiểm toán.
2. Thực hiện chế độ báo cáo hàng quý (theo mẫu 07/DNUT ban hành kèm theo Thông tư này) bằng phương thức điện tử gửi Tổng cục Hải quan.
3. Trong thời gian 90 (chín mươi) ngày sau khi kết thúc năm tài chính của doanh nghiệp cung cấp cho cơ quan hải quan báo cáo tài chính, báo cáo kiểm toán của năm trước.
4. Thực hiện việc tự kiểm tra, phát hiện, khắc phục sai sót, báo cáo cơ quan hải quan; duy trì các điều kiện doanh nghiệp ưu tiên.
5. Khi được cơ quan hải quan thông báo những sai sót hoặc những vấn đề chưa rõ trong hồ sơ hải quan, doanh nghiệp có trách nhiệm kiểm tra, báo cáo đầy đủ, kịp thời những vấn đề cơ quan hải quan thông báo.
6. Thông báo cho Tổng cục Hải quan danh sách Đại lý làm thủ tục hải quan cung cấp dịch vụ cho doanh nghiệp.

Trách nhiệm thực hiện
1. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan căn cứ quy định tại Thông tư này chỉ đạo, hướng dẫn các đơn vị hải quan thực hiện.
2. Tất cả các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp có liên quan có trách nhiệm thi hành, thực hiện Thông tư này.

Hiệu lực thi hành
1. Thông tư này có hiệu lực sau 45 ngày kể từ ngày ký.
2. Thông tư này thay thế Thông tư số 86/2013/TT-BTC ngày 27/6/2013 và Thông tư số 133/2013/TT-BTC ngày 24/9/2013 của Bộ Tài chính.
3. Doanh nghiệp đã được công nhận là doanh nghiệp ưu tiên theo quy định tại Thông tư số 86/2013/TT-BTC ngày 27/6/2013 và Thông tư số 133/2013/TT-BTC ngày 24/9/2013 của Bộ Tài chính được tiếp tục áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định tại Thông tư này./.