THÔNG TƯ Quy định về quyết toán dự án hoàn thành thuộc nguồn vốn nhà nước do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý.

Phạm vi điều chỉnh
Thông tư này quy định nhiệm vụ và trách nhiệm của các cơ quan, đơn vị có liên quan đến công tác lập, thẩm tra, phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành hoặc dự án dừng thực hiện vĩnh viễn thuộc nguồn vốn nhà nước do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý.

Đối tượng áp dụng
Thông tư này áp dụng đối với các cơ quan, đơn vị, chủ đầu tư, chủ dự án, Ban quản lý dự án đầu tư sử dụng nguồn vốn nhà nước do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý có liên quan đến quyết toán dự án hoàn thành.

Nguồn vốn nhà nước do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý gồm:
1. Vốn ngân sách Nhà nước;
2. Vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ; vốn viện trợ phi chính phủ nước ngoài (NGO);
3. Vốn trái phiếu Chính phủ;
4. Vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư;
5. Nguồn vốn ngân sách khác.

Nguyên tắc và trách nhiệm trong việc quyết toán dự án hoàn thành
1. Khi dự án đã hoàn thành nghiệm thu đưa vào sử dụng, chủ đầu tư phải lập báo cáo quyết toán theo đúng nội dung, thời gian qui định tại Thông tư này và Thông tư số 09/2016/TT-BTC ngày 18/01/2016 của Bộ Tài chính quy định về quyết toán dự án hoàn thành thuộc nguồn vốn nhà nước (sau đây viết tắt là Thông tư số 09/2016/TT-BTC) Những hạng mục công trình có tính độc lập khi hoàn thành có thể đưa vào vận hành, khai thác sử dụng để phát huy hiệu quả từng phần thì chủ đầu tư lập và trình duyệt báo cáo quyết toán.
2. Không giao dự án đầu tư mới cho chủ đầu tư, ban quản lý dự án có dự án chậm nộp báo cáo quyết toán từ 24 tháng trở lên theo quy định về thời hạn nộp hồ sơ quyết toán dự án hoàn thành quy định tại

Điều 6 Thông tư này; không bố trí kế hoạch vốn để thanh toán số vốn còn thiếu cho các dự án chậm nộp báo cáo quyết toán từ 12 tháng trở lên.
3. Nhà thầu đang có hợp đồng vi phạm quy định về thời gian lập hồ sơ quyết toán hợp đồng hoặc sau 06 tháng kể từ khi có quyết định phê duyệt quyết toán, nhà thầu không hoàn trả kịp thời số vốn giảm trừ không được tham gia các gói thầu mới do Bộ quản lý.

Quyết toán dự án đầu tư sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), nguồn vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ, nguồn vốn viện trợ phi chính phủ nước ngoài (NGO)
1. Việc quyết toán dự án đầu tư sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), nguồn vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ và nguồn vốn viện trợ phi chính phủ nước ngoài (NGO) thực hiện theo quy định tại

Điều 5 Thông tư số 09/2016/TT-BTC.
2. Các dự án đầu tư xây dựng công trình có sử dụng vốn (ODA), nguồn vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ được phê duyệt là dự án nhóm A nhưng có nhiều dự án thành phần hoặc tiểu dự án độc lập tương đương dự án nhóm B, nhóm C (có quyết định phê duyệt dự án đầu tư riêng biệt) thì mỗi dự án thành phần hoặc tiểu dự án độc lập thực hiện lập báo cáo quyết toán, thẩm tra và phê duyệt quyết toán như một dự án đầu tư độc lập. Việc thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán dự án hoàn thành như quy định tại khoản 2

Điều 9 Thông tư này.
3. Dự án đầu tư xây dựng công trình có sử dụng vốn ODA, nguồn vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ (có bố trí mô hình tổ chức Ban quản lý trung ương, ban quản lý dự án thành phần) khi hoàn thành phải thực hiện quyết toán theo quy định của nhà tài trợ (nếu có) và quy định tại Thông tư này.
Mỗi dự án thành phần (tiểu dự án) hoàn thành quyết toán nếu liên quan đến chi phí chung toàn dự án thì trước khi lập báo cáo quyết toán tiểu dự án, Ban quản lý Trung ương và Ban quản lý tiểu dự án phải thống nhất giá trị chi phí chung phân bổ.
4. Đối với dự án có nhiều dự án thành phần hoặc tiểu dự án độc lập được Bộ giao cho UBND các tỉnh phê duyệt dự án đầu tư, trách nhiệm thực hiện thẩm tra và phê duyệt quyết toán thuộc thẩm quyền của Ủy ban nhân dân (UBND) các tỉnh.
Sau khi toàn bộ dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và nguồn vốn vay ưu đãi hoàn thành, cơ quan quản lý dự án (Ban quản lý dự án trung ương) chịu trách nhiệm báo cáo tổng quyết toán toàn bộ dự án (bao gồm quyết định phê duyệt quyết toán của UBND các tỉnh và quyết định phê duyệt quyết toán chi phí chung) gửi Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; không phải kiểm toán quyết toán lại các dự án thành phần hoặc tiểu dự án đã được UBND các tỉnh phê duyệt quyết toán.

Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán, kiểm toán và thẩm tra phê duyệt quyết toán
Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán dự án hoàn thành được tính từ ngày ký biên bản bàn giao đưa vào sử dụng (đã bao gồm thời gian kiểm toán đối với dự án phải thực hiện kiểm toán); thời gian thẩm tra và phê duyệt tính từ ngày cơ quan thẩm tra nhận đủ hồ sơ trình duyệt của Chủ đầu tư. Thời gian tối đa được quy định cụ thể như sau:
Đơn vị: tháng
Loại dự án
Thời hạn tối đa nộp HSQT trình phê duyệt quyết toán (bao gồm cả thời gian kiểm toán)
Thời gian tối đa để thẩm tra, phê duyệt
Dự án quan trọng quốc gia
09
07
Dự án nhóm A
09
04
Dự án nhóm B
06
02
Dự án nhóm C
03
01

Thẩm quyền phê duyệt, cơ quan thẩm tra quyết toán
1. Thẩm quyền phê duyệt quyết toán
a) Đối với dự án quan trọng quốc gia và các dự án quan trọng khác do Thủ tướng Chính phủ quyết định đầu tư: Bộ trưởng phê duyệt quyết toán đối với dự án hoặc dự án thành phần thuộc Bộ quản lý;
b) Đối với các dự án nhóm A do Bộ trưởng quyết định đầu tư: Thứ trưởng phụ trách phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành;
c) Đối với các dự án nhóm B, nhóm C:
Giao Vụ Tài chính phê duyệt quyết toán các dự án nhóm B, nhóm C do Bộ quyết định đầu tư (không bao gồm các dự án do các Tổng cục phê duyệt quyết toán);
Tổng cục: Thủy lợi, Lâm nghiệp, Thủy sản (sau đây gọi tắt là các Tổng cục) thực hiện phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành dự án nhóm B, nhóm C do các Tổng cục thẩm định trình Bộ trưởng quyết định đầu tư, các dự án do đơn vị trực thuộc các Tổng cục làm chủ đầu tư.
2. Cơ quan thẩm tra quyết toán dự án hoàn thành.
a) Đối với dự án quan trọng quốc gia, dự án quan trọng khác và các dự án nhóm A thực hiện thẩm tra quyết toán theo Hội đồng thẩm tra quyết toán; Vụ Tài chính là cơ quan thường trực Hội đồng thẩm tra quyết toán;
b) Đối với dự án nhóm B, nhóm C: Cơ quan thẩm tra quyết toán là Vụ Tài chính, các Tổng cục được quy định tại điểm c, khoản 1 Điều này.

Yêu cầu của việc lập báo cáo quyết toán dự án hoàn thành
1. Chi phí đầu tư được quyết toán là toàn bộ chi phí hợp pháp thực hiện trong quá trình đầu tư xây dựng để đưa dự án vào khai thác, sử dụng. Chi phí hợp pháp là toàn bộ các khoản chi phí thực hiện trong phạm vi dự án, thiết kế, dự toán được duyệt; hợp đồng đã ký kết (đối với những công việc thực hiện theo hợp đồng) kể cả phần điều chỉnh, bổ sung được duyệt theo quy định và đúng thẩm quyền. Chi phí đầu tư được quyết toán phải nằm trong giới hạn tổng mức đầu tư được duyệt hoặc được phê duyệt điều chỉnh.
2. Báo cáo quyết toán dự án hoàn thành phải xác định đầy đủ, chính xác: Nguồn vốn đầu tư thực hiện dự án, chi tiết theo từng nguồn vốn đầu tư; tổng chi phí đầu tư đề nghị quyết toán, chi tiết theo cơ cấu (bồi thường hỗ trợ và tái định cư, xây dựng, thiết bị, quản lý dự án, tư vấn và các khoản chi phí khác); chi phí thiệt hại trong quá trình đầu tư; chi phí được phép không tính vào giá trị tài sản; giá trị tài sản hình thành sau đầu tư.
3. Các dự án, công trình xây dựng sử dụng vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư khi hoàn thành phải lập báo cáo quyết toán, thẩm tra và phê duyệt quyết toán hoàn thành theo hướng dẫn tại Thông tư này.
4. Các dự án có nhiều hạng mục công trình mà mỗi hạng mục công trình hoặc nhóm hạng mục khi hoàn thành có thể đưa vào khai thác, sử dụng, thì chủ đầu tư lập báo cáo quyết toán đầu tư theo hạng mục. Giá trị đề nghị quyết toán bao gồm: Chi phí xây dựng, chi phí mua sắm và lắp đặt thiết bị, các khoản chi phí khác có liên quan trực tiếp đến hạng mục đó. Sau khi toàn bộ dự án hoàn thành, chủ đầu tư tổng quyết toán toàn bộ dự án và xác định mức phân bổ chi phí chung của dự án cho từng hạng mục công trình thuộc dự án, trình Bộ phê duyệt; không thực hiện kiểm toán, thẩm tra quyết toán lại đối với các hạng mục công trình đã được phê duyệt quyết toán theo quy định.
5. Việc thực hiện quy đổi vốn đầu tư về mặt bằng giá tại thời điểm bàn giao đưa vào khai thác sử dụng sẽ theo yêu cầu của người phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành.

Kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành
1. Tất cả các dự án quan trọng quốc gia, dự án nhóm A phải thực hiện kiểm toán Báo cáo quyết toán dự án hoàn thành trước khi trình Bộ thẩm tra, phê duyệt quyết toán theo quy định.
2. Đối với dự án nhóm B, nhóm C chỉ thực hiện kiểm toán Báo cáo quyết toán dự án hoàn thành khi có yêu cầu của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (cơ quan thẩm tra quyết toán).
3. Đối với dự án đã được Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán
a) Trường hợp Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán và phát hành báo cáo kiểm toán đảm bảo đủ nội dung quy định tại

Điều 12 Thông tư số 09/2016/TT-BTC thì cơ quan thẩm tra quyết toán sử dụng kết quả báo cáo kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước làm căn cứ để thẩm tra, không thuê kiểm toán độc lập để kiểm toán quyết toán dự án;
b) Trường hợp Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán chưa đủ các nội dung quy định tại

Điều 12 Thông tư số 09/2016/TT-BTC, chủ đầu tư lựa chọn nhà thầu kiểm toán độc lập để kiểm toán bổ sung theo yêu cầu của Bộ. Chi phí kiểm toán bổ sung được xác định tương tự như xác định chi phí kiểm toán đối với hạng mục công trình, gói thầu trong dự án quy định tại điểm c khoản 1

Điều 21 Thông tư số 09/2016/TT-BTC. Cơ quan chủ trì thẩm tra sử dụng kết quả báo cáo kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước và kết quả báo cáo kiểm toán của kiểm toán độc lập làm căn cứ để thẩm tra quyết toán dự án.

Biểu mẫu báo cáo và hồ sơ trình duyệt quyết toán
Biểu mẫu báo cáo quyết toán và hồ sơ trình duyệt quyết toán thực hiện theo quy định tại

Điều 7,

Điều 8 Thông tư số 09/2016/TT-BTC.
Trong quá trình thẩm tra quyết toán, chủ đầu tư có trách nhiệm xuất trình cho cơ quan thẩm tra các tài liệu phục vụ công tác thẩm tra quyết toán: Hồ sơ hoàn công, nhật ký thi công, hồ sơ đấu thầu, dự toán thiết kế, dự toán bổ sung và các hồ sơ chứng từ thanh toán có liên quan.

Trình tự và nội dung thẩm tra, phê duyệt quyết toán dự án hoàn thành
1. Việc thẩm tra, phê duyệt quyết toán gồm các bước sau:
a) Tiếp nhận hồ sơ trình duyệt của chủ đầu tư;
b) Chuẩn bị thẩm tra;
c) Tổ chức thẩm tra;
d) Thông qua kết quả thẩm tra;
đ) Trình hồ sơ phê duyệt quyết toán.
2.Tiếp nhận hồ sơ quyết toán
Sau 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ quyết toán của chủ đầu tư, chuyên viên theo dõi kiểm tra nội dung báo cáo, hồ sơ trình duyệt của chủ đầu tư, đối chiếu với qui định hiện hành và số lượng hồ sơ trình duyệt qui định tại

Điều 8 Thông tư số 09/2016/TT-BTC. Sau khi kiểm tra, nếu thấy chưa đầy đủ theo quy định phải thông báo cho đơn vị bằng văn bản để đơn vị hoàn chỉnh bổ sung trước khi lập kế hoạch thẩm tra quyết toán.
3. Chuẩn bị thẩm tra quyết toán
a) Đối với dự án quan trọng quốc gia, dự án quan trọng khác và dự án nhóm A thực hiện thẩm tra quyết toán theo Hội đồng thẩm tra quyết toán;
Khi có dự án hoàn thành đủ điều kiện quyết toán, Vụ Tài chính dự thảo quyết định thành lập Hội đồng trình Bộ trưởng phê duyệt. Đồng thời, chuẩn bị điều kiện và chương trình làm việc cụ thể cho Hội đồng.
Hội đồng thẩm tra quyết toán do một Thứ trưởng phụ trách dự án làm Chủ tịch, lãnh đạo Vụ Tài chính là Phó Chủ tịch; các thành viên gồm lãnh đạo Tổng cục, Cục, Vụ có liên quan. Vụ Tài chính làm thường trực Hội đồng. Giúp việc Hội đồng thẩm tra quyết toán có Tổ công tác quyết toán. Thành phần, nhiệm vụ của Tổ công tác được qui định tại điểm c, khoản 3 Điều này.
Hội đồng thẩm tra quyết toán có nhiệm vụ xem xét, thảo luận thông qua các kết quả thẩm tra của Tổ công tác quyết toán. Kết quả làm việc của Hội đồng được thể hiện bằng Biên bản cuộc họp.
b) Đối với dự án nhóm B, nhóm C: Nếu thấy cần thiết, cơ quan thẩm tra quyết toán thành lập Tổ công tác quyết toán thực hiện thẩm tra quyết toán;
c) Tổ công tác quyết toán.
Tổ công tác quyết toán được thành lập để thẩm tra hồ sơ quyết toán trình Hội đồng thẩm tra quyết toán xem xét đối với dự án quan trọng quốc gia, dự án nhóm A; trực tiếp thẩm tra quyết toán các dự án nhóm B, nhóm C.
Cơ quan thẩm tra quyết toán được quy định tại khoản 2

Điều 7 Thông tư này quyết định thành lập Tổ công tác quyết toán. Thành phần tham gia Tổ công tác quyết toán là các Tổng cục, Cục, Vụ có liên quan, nhiệm vụ của các thành viên Tổ công tác do Tổ trưởng Tổ công tác phân công. Tổ công tác quyết toán thực hiện thẩm tra quyết toán dự án hoàn thành theo quy định tại khoản 4 Điều này. Kết quả thẩm tra của từng thành viên được thể hiện bằng phiếu thẩm tra được qui định thống nhất tại mẫu số 01/QTDA Phụ lục kèm theo.
4. Nội dung thẩm tra quyết toán dự án hoàn thành
a) Thẩm tra quyết toán đối với dự án đã thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán dự án hoàn thành theo quy định tại

Điều 11 Thông tư số 09/2016/TT- BTC;
b) Thẩm tra quyết toán đối với dự án, hạng mục công trình hoàn thành không kiểm toán báo cáo quyết toán: Cơ quan thẩm tra thực hiện thẩm tra theo quy định từ

Điều 13 đến

Điều 18 Thông tư số 09/2016/TT-BTC và lập báo cáo kết quả thẩm tra quyết toán dự án hoàn thành gồm những nội dung như sau:
Thẩm tra hồ sơ pháp lý
Thẩm tra nguồn vốn đầu tư của dự án
Thẩm tra chi phí đầu tư
Thẩm tra chi phí đầu tư không tính vào giá trị tài sản
Thẩm tra giá trị tài sản hình thành qua đầu tư
Thẩm tra tình hình công nợ, vật tư, thiết bị tồn đọng
Xem xét việc chấp hành của chủ đầu tư và các đơn vị có liên quan đối với ý kiến kết luận của các cơ quan thanh tra, kiểm tra, Kiểm toán Nhà nước; kết quả điều tra của các cơ quan pháp luật trong trường hợp các cơ quan thanh tra, kiểm tra, Kiểm toán Nhà nước, cơ quan điều tra thực hiện thanh tra, kiểm tra, điều tra dự án
Nhận xét, đánh giá, kiến nghị
5. Nội dung thẩm tra quyết toán đối với dự án quy hoạch sử dụng nguồn vốn đầu tư phát triển, dự án dừng thực hiện vĩnh viễn chưa có khối lượng thi công xây dựng, lắp đặt thiết bị được nghiệm thu.
a) Thẩm tra hồ sơ pháp lý của dự án;
b) Thẩm tra nguồn vốn đầu tư thực hiện;
c) Thẩm tra chi phí đầu tư thực hiện chi tiết từng khoản chi phí phát sinh so với dự toán được duyệt, chế độ, tiêu chuẩn, định mức của nhà nước;
d) Thẩm tra tình hình công nợ của dự án;
đ) Thẩm tra các khoản chi phí bị hủy bỏ, các khoản chi phí không tạo nên tài sản để trình cấp có thẩm quyền cho phép không tính vào giá trị tài sản;
e) Thẩm tra số lượng, giá trị tài sản hình thành sau đầu tư (nếu có).
6. Kết quả thẩm tra quyết toán
a) Biên bản thẩm tra quyết toán: Kết thúc thẩm tra quyết toán, cơ quan thẩm tra quyết toán lập Biên bản thẩm tra quyết toán dự án hoàn thành. Nội dung Biên bản phải thể hiện đầy đủ những nội dung đã được thẩm tra như quy định tại khoản 4, khoản 5 của Điều này;
Các thành viên tham gia thẩm tra quyết toán phải ký vào biên bản. Trường hợp có ý kiến khác, thành viên đó được quyền bảo lưu bằng văn bản giải trình của mình và kèm theo những chứng cứ chứng minh cho việc giải trình để trình người phê duyệt.
b) Báo cáo thẩm tra của tổ công tác quyết toán: Đối với dự án nhóm A trở lên có nhiều ý kiến khác nhau vượt quá thẩm quyền của Tổ công tác thì Tổ phải lập báo cáo thẩm tra trình Hội đồng thẩm tra quyết toán. Nội dung Báo cáo thẩm tra quyết toán của Tổ công tác được quy định tại khoản 4, khoản 5 của Điều này.
7. Trình hồ sơ phê duyệt quyết toán
a) Báo cáo quyết toán của chủ đầu tư;
b) Báo cáo kết quả kiểm toán (nếu có);
c) Biên bản thẩm tra quyết toán (theo quy định tại mẫu số 02/QTDA Phụ lục kèm theo); Biên bản thẩm tra của Tổ công tác quyết toán (nếu có); Biên bản họp thông qua của Hội đồng thẩm tra quyết toán của Bộ;
d) Dự thảo quyết định (theo quy định tại mẫu số 03/QTDA Phụ lục kèm theo) và phụ lục kèm theo quyết định phê duyệt quyết toán.

Chi phí thẩm tra, phê duyệt quyết toán; chi phí kiểm toán độc lập
1. Chi phí thẩm tra, phê duyệt quyết toán; chi phí kiểm toán độc lập được xác định theo quy định tạikhoản 1

Điều 21 Thông tư số 09/2016/TT-BTC.
2. Trường hợp dự án đã thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán (bao gồm kiểm toán độc lập và Kiểm toán Nhà nước) đủ các nội dung quy định tại

Điều 12 Thông tư số 09/2016/TT-BTC thì định mức chi phí thẩm tra, phê duyệt quyết toán được tính bằng 50% định mức quy định tại khoản 1 Điều này.

Tổng hợp báo cáo quyết toán
1. Các Tổng cục tổng hợp báo cáo quyết toán dự án hoàn thành định kỳ 6 tháng, hàng năm cho các dự án do đơn vị trực thuộc các Tổng cục làm chủ đầu tư và các dự án được Bộ trưởng phân cấp phê duyệt theo biểu mẫu số 11/QTDA Thông tư số 09/2016/TT-BTC và gửi về Bộ (Vụ Tài chính) để tổng hợp trước ngày 10/7 đối với báo cáo 6 tháng đầu năm và 15/1 năm sau đối với báo cáo năm;
2. Vụ Tài chính tổng hợp báo cáo quyết toán dự án hoàn thành do Bộ trực tiếp phê duyệt và các dự án do các Tổng cục phê duyệt quyết toán gửi Bộ Tài chính theo theo các biểu mẫu số 11/QTDA Thông tư số 09/2016/TT-BTC.

Trách nhiệm trong quyết toán dự án hoàn thành
1. Trách nhiệm của Chủ đầu tư.
a) Đôn đốc, yêu cầu nhà thầu thực hiện quyết toán hợp đồng theo quy định;
b) Lập và quản lý hồ sơ quyết toán dự án hoàn thành đúng quy định, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt quyết toán đúng thời gian quy định tại

Điều 6 Thông tư này; cung cấp đầy đủ tài liệu liên quan đến quyết toán dự án hoàn thành theo yêu cầu của cơ quan thẩm tra quyết toán;
c) Chịu trách nhiệm trước pháp luật, cơ quan thẩm tra quyết toán về tính pháp lý của hồ sơ quyết toán và tính đúng đắn của số liệu đề nghị quyết toán; tính chính xác của khối lượng do chủ đầu tư và nhà thầu nghiệm thu đưa vào báo cáo quyết toán; tính phù hợp của đơn giá do chủ đầu tư và nhà thầu đã thống nhất ghi trong hợp đồng;
d) Khi dự án hoàn thành được phê duyệt quyết toán, trường hợp số vốn được quyết toán thấp hơn số vốn đã thanh toán cho dự án, chủ đầu tư có trách nhiệm thu hồi của nhà thầu hoặc nhà cung cấp để nộp về ngân sách nhà nước số vốn đã thanh toán thừa.
2. Trách nhiệm của nhà thầu
a) Thực hiện lập hồ sơ quyết toán hợp đồng, quyết toán giá trị thực hiện hợp đồng đã ký kết với chủ đầu tư theo quy định của pháp luật về hợp đồng xây dựng ngay sau khi hoàn thành nội dung công việc trong hợp đồng; chịu trách nhiệm về tính chính xác đối với số liệu và tính pháp lý đối với các tài liệu có liên quan trong hồ sơ quyết toán hợp đồng theo quy định;
b) Cùng với chủ đầu tư xử lý dứt điểm các vấn đề còn tồn tại theo hợp đồng đã ký kết; hoàn trả đầy đủ, kịp thời số vốn mà chủ đầu tư đã chi trả sai chế độ quy định;
c) Chịu trách nhiệm chấp hành quyết định phê duyệt quyết toán dự án của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
3. Trách nhiệm của nhà thầu kiểm toán:
a) Nhà thầu kiểm toán thực hiện kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành phải chấp hành nguyên tắc hoạt động kiểm toán độc lập, có quyền hạn, nghĩa vụ và chịu trách nhiệm theo quy định của pháp luật về kiểm toán độc lập;
b) Chịu trách nhiệm trước pháp luật về kết quả kiểm toán báo cáo quyết toán dự án hoàn thành đã thực hiện.
4. Cơ quan thẩm tra quyết toán
a) Hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc chủ đầu tư thực hiện công tác quyết toán dự án hoàn thành kịp thời, đầy đủ nội dung biểu mẫu theo quy định. Cơ quan thẩm tra quyết toán không chịu trách nhiệm về tính chính xác của khối lượng do chủ đầu tư và nhà thầu đã nghiệm thu đưa vào báo cáo quyết toán; không chịu trách nhiệm về đơn giá dự toán đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt và đơn giá trúng thầu đã được người quyết định trúng thầu quyết định, chủ đầu tư và nhà thầu đã thống nhất ghi trong hợp đồng;
b) Tổ chức thẩm tra báo cáo quyết toán dự án hoàn thành đầy đủ nội dung, yêu cầu theo quy định; hướng dẫn chủ đầu tư giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình quyết toán dự án hoàn thành; tổng hợp tình hình quyết toán dự án hoàn thành theo quy định của Bộ Tài chính, đôn đốc các đơn vị thực hiện và báo cáo kết quả thực hiện các kiến nghị xử lý về tài chính của Thanh tra, Kiểm toán.
5. Vụ Kế hoạch
Vụ Kế hoạch có trách nhiệm rà soát nội dung, mục đích và qui mô phạm vi của dự án trước khi chấm dứt đầu tư; bố trí đủ vốn để chủ đầu tư hoàn thành công tác nghiệm thu, bàn giao, quyết toán; cử đại diện tham gia Tổ công tác quyết toán về nội dung, qui mô, hiệu quả của dự án hoàn thành, về bố trí vốn và kết quả thực hiện giải ngân của dự án từ khởi công đến thời điểm kết thúc, quyết toán.
6. Vụ Tổ chức Cán bộ
Vụ Tổ chức cán bộ tham mưu, đề xuất việc xem xét trách nhiệm của tổ chức, cá nhân liên quan vi phạm về quyết toán dự án hoàn thành theo quy định của pháp luật.
7. Vụ Khoa học Công nghệ và Môi trường
Chịu trách nhiệm hướng dẫn công tác nghiệm thu đánh giá hiệu quả các dự án khoa học công nghệ thực hiện bằng nguồn vốn đầu tư xây dựng công trình, vốn sự nghiệp có tính chất đầu tư khi các dự án này hoàn thành lập báo cáo quyết toán.
8. Cơ quan chuyên môn về xây dựng
Căn cứ vào dự án được phân giao có trách nhiệm theo dõi, kiểm tra, hướng dẫn các chủ đầu tư thực hiện đúng qui trình nghiệm thu, hoàn công; xử lý, chấn chỉnh các chủ đầu tư không chấp hành nghiêm túc qui định về công tác nghiệm thu, hoàn công dẫn đến sai lệch so với thiết kế, với thực tế khi Thanh tra, Kiểm toán, quyết toán phát hiện;
Tổng hợp danh sách nhà thầu đang có hợp đồng vi phạm quy định về thời gian lập hồ sơ quyết toán hợp đồng; không hoàn trả kịp thời số vốn giảm trừ theo quyết định phê duyệt quyết toán theo quy định tại khoản 3

Điều 4 Thông tư này;
Cử cán bộ có chuyên môn, kinh nghiệm để tham gia Tổ công tác quyết toán. Đại diện của cơ quan quản lý chuyên ngành tham gia tổ công tác quyết toán chịu trách nhiệm thẩm tra về trình tự, thủ tục đầu tư xây dựng, thủ tục đấu thầu, phê duyệt dự toán, hợp đồng, nghiệm thu hoàn công, khối lượng và chất lượng công trình do chủ đầu tư thực hiện quyết toán theo phân công của Tổ trưởng tổ công tác quyết toán.

Hiệu lực thi hành
1. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 12 năm 2016.
2. Bãi bỏ Quyết định số 1195/QĐ-BNN-TC ngày 06/6/2011 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về việc lập, thẩm tra, phê duyệt quyết toán vốn đầu tư dự án hoàn thành thuộc nguồn vốn nhà nước do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý.
3. Trong quá trình thực hiện, trường hợp các văn bản quy phạm pháp luật được dẫn chiếu để áp dụng tại Thông tư này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế bằng văn bản mới thì sẽ áp dụng theo các văn bản mới đó; trường hợp có vướng mắc các đơn vị kịp thời phản án về Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để nghiên cứu sửa đổi, bổ sung cho phù hợp./.