QUYẾT ĐỊNH Về việc ban hành quy trình phúc tập hồ sơ Hải Quan và quy trình kiểm tra sau thông qan đối với hàng hóa xuất khẩu nhập khẩu TỔNG CỤC TRƯỞNG TỔNG CỤC HẢI QUAN

Ban hành kèm theo Quyết định này:
1. Quy trình phúc tập hồ sơ hải quan;
2. Quy trình kiểm tra sau thông quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Quy trình phúc tập hồ sơ hải quan và Quy trình kiểm tra sau thông quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại trụ sở cơ quan hải quan là quy định, biện pháp nghiệp vụ nội bộ nên chỉ lưu hành nội bộ cơ quan Hải quan (không phổ biến).

Quyết định này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày kể từ ngày ký và thay thế Quyết định số 1564/TCHQ/QĐ/KTSTQ ngày 02/12/2003 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành Quy trình nghiệp vụ phúc tập hồ sơ hải quan và kiểm tra sau thông quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.

Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan, Thủ trưởng các đơn vị thuộc và trực thuộc Tổng cục Hải quan, Cục trưởng Cục Hải quan các tỉnh, thành phố chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này.
KT. TỔNG CỤC TRƯỞNG
PHÓ TỔNG CỤC TRƯỞNG
(Đã ký)
Vũ Ngọc Anh
QUY TRÌNH PHÚC TẬP HỒ SƠ HẢI QUAN
(lưu hành nội bộ)
(ban hành kèm theo Quyết định số 621/QĐ-TCHQ
ngày 29 tháng 3 năm 2006 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan )
I. QUY ĐỊNH CHUNG:
1. Quy định về sắp xếp hồ sơ hải quan:
Để thuận tiện cho khâu phúc tập, lưu trữ, tra cứu, khi đăng ký, hồ sơ hải quan phải được sắp xếp và có tờ thống kê tài liệu theo trật tự sau:
Trên cùng: Tờ khai hải quan, phụ lục tờ khai hải quan, bảng kê chi tiết hàng hoá (nếu có);
Thứ hai: Hoá đơn thương mại (invoice);
Thứ ba: Tờ khai trị giá tính thuế hàng hoá nhập khẩu (nếu có);
Thứ tư: Chứng nhận xuất xứ hàng hoá (nếu có);
Thứ năm: Hợp đồng mua bán hàng hoá hoặc các giấy tờ có giá trị pháp lý tương đương hợp đồng;
Thứ sáu: Giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu (nếu có);
Thứ bảy: Vận tải đơn (đối với hàng nhập khẩu);
Thứ tám: Các giấy tờ khác (nếu có).
2. Mục đích phúc tập:
a) Kiểm tra lại các công việc đã làm trong qui trình thông quan xem có thiếu sót, sai sót gì không để kịp thời yêu cầu khắc phục;
b) Phát hiện những sai sót, bất hợp lý, vi phạm dễ thấy;
c) Phát hiện sự thất lạc hoặc chậm trễ hồ sơ xuất khẩu, nhập khẩu;
d) Bổ sung thông tin vào cơ sở dữ liệu;
đ) Sắp xếp, lưu trữ hồ sơ hải quan một cách khoa học, dễ tra cứu.
3. Nguyên tắc phúc tập:
Toàn bộ hồ sơ hải quan của hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đã được thông quan đều phải được phúc tập.
4. Nội dung phúc tập:
a) Kiểm tra, rà soát lại toàn bộ công việc phải làm trong quá trình thông quan của người khai hải quan, của công chức hải quan xem đã thực hiện đầy đủ và đúng quy định chưa;
b) Cập nhật thông tin vào hệ thống cơ sở dữ liệu.
5. Thời hạn phúc tập:
Phúc tập hồ sơ hải quan thực hiện sau khi lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu được thông quan, cụ thể như sau:
a) Đối với Chi cục Hải quan (Chi cục) làm thủ tục hải quan cho dưới 100 tờ khai/ ngày, thời gian phúc tập là trong vòng 03 ngày, kể từ ngày hàng hoá được thông quan;
b) Đối với Chi cục làm thủ tục hải quan cho từ 100 tờ khai trở lên/ngày, thời gian phúc tập là trong vòng 07 ngày kể từ ngày hàng hoá được thông quan;
c) Đối với lô hàng phải chờ kết quả phân tích phân loại, giám định, kiểm tra chất lượng (kết quả) mới được thông quan thì thời gian phúc tập là trong vòng 03 ngày kể từ ngày lô hàng được thông quan theo kết quả nhưng không quá 60 ngày kể từ ngày đăng ký hồ sơ hải quan;
d) Đối với lô hàng thuộc các trường hợp gia công xuất khẩu, hàng được miễn thuế, xét miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế hoặc không thu thuế (gọi tắt là miễn thuế) thì vẫn thực hiện phúc tập hồ sơ từng lô hàng như qui định trên, sau khi thanh khoản thì thực hiện phúc tập tiếp phần hồ sơ thanh khoản. Thời gian phúc tập là trong vòng 07 ngày kể từ ngày cơ quan Hải quan có văn bản giải quyết việc miễn thuế.
6. Trách nhiệm của Chi cục Hải quan:
a) Thực hiện phúc tập hồ sơ hải quan;
b) Cập nhật các thông tin thuộc hồ sơ hải quan chưa được các khâu trước đó cập nhật vào hệ thống cơ sở dữ liệu;
c) Tổng hợp báo cáo kết quả phúc tập về Phòng Kiểm tra sau thông quan theo qui định ở bước 4, Qui trình này;
d) Bố trí công chức chuyên trách hoặc kiêm nhiệm thực hiện việc phúc tập hồ sơ, quản lý hồ sơ theo quy định.
7. Trách nhiệm của phòng Kiểm tra sau thông quan:
a) Hướng dẫn công tác phúc tập cho các Chi cục;
b) Tiếp nhận báo cáo, phân tích thông tin từ kết quả phúc tập của Chi cục Hải quan phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan;
c) Kiểm tra đôn đốc công tác phúc tập hồ sơ của các Chi cục.
Qui trình phúc tập này mang tính hướng dẫn. Khi thực hiện, cần căn cứ vào đặc điểm của từng đơn vị, sự sáng tạo của đơn vị và công chức phúc tập để đảm bảo việc phúc tập hồ sơ đạt hiệu quả cao nhất, bằng cách làm đơn giản nhất.
II. QUY TRÌNH PHÚC TẬP HỒ SƠ HẢI QUAN (Mô hình theo Phụ lục 1 đính kèm)
Bước 1: Nhận hồ sơ để phúc tập:
1. Tiếp nhận hồ sơ theo từng loại hình, thứ tự, số lượng tờ khai;
2. Kiểm tra hồ sơ về số loại, số lượng, hình thức từng loại (mẫu, bản chính hay bản sao,...) các giấy tờ của hồ sơ hải quan và ký nhận bàn giao hồ sơ trên sổ giao nhận hồ sơ (mở sổ theo dõi).
Bước 2: Phân loại hồ sơ:
Căn cứ vào các thông tin có được tại thời điểm phúc tập (nhất là các thông tin nhạy cảm, các chỉ đạo của cấp trên), khối lượng công việc, để xác định:
1. Thời gian phúc tập đối với từng hồ sơ;
2. Mức độ phúc tập sâu đối với từng hồ sơ.
Bước 3: Phúc tập hồ sơ:
1. Kiểm tra sự đầy đủ, đồng bộ (số loại, số lượng, hình thức) các chứng từ của hồ sơ hải quan;
2. Kiểm tra lại toàn bộ công việc phải làm được thể hiện trên hồ sơ hải quan trong quá trình thông quan của người khai hải quan, của công chức hải quan xem đã thực hiện đầy đủ và đúng quy định chưa;
3. Kiểm tra sự hợp lệ của các chứng từ (về hình thức và nội dung chứng từ, chữ ký, dấu, trình tự thời gian, chứng từ không bị tẩy xoá, sửa đổi nội dung, thay thế hoặc có dấu hiệu giả mạo), kết quả tính thuế, xử lý (nếu có);
4. Đối với hồ sơ có độ rủi ro cao và trường hợp có thông tin gian lận, sai phạm thì tiến hành kiểm tra kỹ thêm về tên hàng, lượng hàng, mã số, thuế suất, trị giá, định mức sử dụng nguyên liệu của mã hàng (đối với loại hình NSXXK, hàng gia công), giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá (trường hợp hưởng thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt). Đối với những mặt hàng phải phân tích phân loại hoặc giám định cần kiểm tra kết quả giám định, phân tích phân loại, kết quả kiểm tra thẩm định của cơ quan, tổ chức cấp giấy chứng nhận có đúng chức năng, thẩm quyền, phạm vi, điều kiện, tiêu chuẩn và quy trình giám định không...
Khi phúc tập rất lưu ý việc đối chiếu hồ sơ lô hàng đang phúc tập với hồ sơ lô hàng khác tương tự đã phúc tập để phát hiện các bất hợp lý, sai phạm.
Bước 4 : Kết thúc phúc tập hồ sơ:
1. Kết quả phúc tập hồ sơ được ghi vào "Phiếu ghi kết quả phúc tập hồ sơ hải quan (mẫu số 01/PT đính kèm qui trình này) và phân loại, báo cáo lãnh đạo Chi cục:
a) Những hồ sơ không có sai sót, vi phạm gì và hồ sơ đảm bảo theo quy định thì chuyển lưu trữ;
b) Đối với hồ sơ còn thiếu chứng từ thì yêu cầu bộ phận làm thủ tục hải quan bổ sung;
c) Đối với hồ sơ phát hiện có sai sót yêu cầu bộ phận làm thủ tục hải quan khắc phục, chấn chỉnh kịp thời;
d) Đối với hồ sơ xác định có khả năng vi phạm (điểm 3, phần I, mẫu số 01/PT) thì tổng hợp và báo cáo riêng, hàng ngày về phòng Kiểm tra sau thông quan (ghi rõ nghi vấn gì? cơ sở để nghi vấn? Ví dụ: Có một lô hàng tương tự của một doanh nghiệp khác nhưng khai giá cao hơn, mã số có thuế suất cao hơn...). Nếu trong ngày không phát hiện các trường hợp này thì không phải làm báo cáo này;
2. Cập nhật các thông tin về kết quả phúc tập hồ sơ vào hệ thống cơ sở dữ liệu phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan;
3. Tổng hợp báo cáo định kỳ về Phòng Kiểm tra sau thông quan 15 ngày 1 lần (tình hình, số liệu trong kỳ báo cáo là đến ngày 15 và ngày 30/31 của tháng). Nội dung báo cáo là tổng hợp tất cả các thông tin về dấu hiệu vi phạm, gian lận (sai về giá, mã số và thuế suất hàng hoá, xuất xứ, định mức, lượng hàng, ...) trong kỳ báo cáo, kèm phụ lục về số liệu phúc tập hồ sơ trong kỳ (tổng số hồ sơ phải phúc tập theo từng loại hình; tổng số hồ sơ đã phúc tập theo từng loại hình; tổng số hồ sơ chưa phúc tập theo từng loại hình; tổng số hồ sơ xác định có khả năng vi phạm theo từng loại hình). Cục Kiểm tra sau thông quan hướng dẫn cụ thể nội dung, hình thức báo cáo hàng ngày và báo cáo định kỳ này.
Bước 5: Lưu trữ hồ sơ:
1. Sắp xếp, bảo quản, lưu trữ hồ sơ theo từng loại hình xuất khẩu, nhập khẩu của tháng/ quý/ năm, một cách khoa học và thống nhất theo trật tự tờ khai số (1, 2, 3 ÷ n), ngày đăng ký tờ khai, loại hình kinh doanh, địa điểm;
Hồ sơ thanh khoản loại hình nhập sản xuất xuất khẩu, gia công xuất khẩu lưu theo từng doanh nghiệp và theo từng loại a, b, c, d ở bước 4 kể trên.
2. Hồ sơ lưu trữ phải đảm bảo thuận tiện cho việc tra cứu, phục vụ cho công tác kiểm tra sau thông quan.
QUY TRÌNH KIỂM TRA SAU THÔNG QUAN
(b an hành kèm theo Quyết định số 621/QĐ-TCHQ
ngày 29 tháng 3 năm 2006 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan )
I. KIỂM TRA TẠI TRỤ SỞ CƠ QUAN HẢI QUAN (lưu hành nội bộ) (Mô hình theo phụ lục 1đính kèm)
Bước 1: Thu thập thông tin đưa vào cơ sở dữ liệu:
Các thông tin sau đây phải được thu thập đưa vào hệ thống cơ sở dữ liệu để phục vụ kiểm tra sau thông quan:
1. Kết quả phúc tập hồ sơ hải quan do bộ phận phúc tập hồ sơ hải quan của Chi cục hải quan (Chi cục) thực hiện;
2. Kết quả các cuộc kiểm tra sau thông quan;
3. Danh bạ quản lý doanh nghiệp hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu;
4. Dấu hiệu vi phạm, hồ sơ vụ việc do Cục Hải quan nơi đơn vị đăng ký hồ sơ hải quan chuyển đến Cục Hải quan nơi đơn vị đóng trụ sở.
5. Các thông tin khác mà đơn vị kiểm tra sau thông quan có được.
Bước 2: Phân loại thông tin từ cơ sở dữ liệu:
1. Thông tin được phân thành 02 loại:
a) Loại có dấu hiệu vi phạm pháp luật về hải quan (vi phạm).
b) Loại chưa phát hiện dấu hiệu vi phạm.
2. Căn cứ để phân loại:
a) Mặt hàng trọng điểm, trị giá tính thuế lớn, thuế suất cao, khả năng gian lận về định mức tiêu hao nguyên vật liệu, xuất xứ, khả năng lợi dụng được miễn kiểm tra thực tế hàng hoá để xuất thiếu, xuất khống, nhập hàng không đúng khai báo hải quan;
b) Doanh nghiệp trọng điểm;
c) Thông tin nhạy cảm (thời điểm thay đổi thuế suất, chính sách quản lý xuất nhập khẩu, địa điểm làm thủ tục hải quan,...).
Bước này do công chức được phân công theo từng lĩnh vực, địa bàn thực hiện.
Bước 3: Phân tích thông tin đã lựa chọn:
1. Loại có dấu hiệu vi phạm:
a) Phát hiện dấu hiệu vi phạm gì thì tập trung phân tích sâu vào dấu hiệu đó. Ví dụ: Dấu hiệu là khai thấp trị giá tính thuế thì tập trung phân tích sâu về trị giá; dấu hiệu là mã số hàng hoá và thuế suất thì tập trung phân tích sâu về mã hàng, thuế suất,...
b) Cách thức phân tích:
So sánh với các lô hàng cùng loại của người xuất khẩu/nhập khẩu khác.
So sánh với lô hàng cùng loại của chính người xuất khẩu/nhập khẩu đó nhưng tại thời điểm khác.
..v...v...
2. Loại chưa phát hiện dấu hiệu vi phạm:
a) Đối tượng phân tích là thông tin về doanh nghiệp:
Quá trình chấp hành pháp luật về hải quan;
Mặt hàng xuất khẩu, nhập khẩu chính, thường xuyên, làm thủ tục tại nhiều đơn vị hải quan;
Kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu;
..v..v..
b) Nguồn dữ liệu phân tích:
Danh bạ quản lý doanh nghiệp hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu;
Các nguồn thông tin khác.
Bước này do công chức được phân công nêu tại bước 2 thực hiện. Kết quả phân tích thông tin được báo cáo cho Trưởng phòng Kiểm tra sau thông quan (Trưởng phòng), trường hợp do Cục Kiểm tra sau thông quan thực hiện thì công chức thuộc Cục Kiểm tra sau thông quan báo cáo Trưởng phòng, Trưởng phòng báo cáo Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan.
Bước 4: Lựa chọn hồ sơ/ đối tượng kiểm tra:
Trên cơ sở kết quả của bước 3, Trưởng phòng quyết định việc lựa chọn các hồ sơ/đối tượng kiểm tra, công chức kiểm tra thực hiện lựa chọn. Trường hợp do Cục Kiểm tra sau thông quan thực hiện kiểm tra thì Trưởng phòng thuộc Cục Kiểm tra sau thông quan đề xuất, Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan quyết định và yêu cầu Hải quan các địa phương liên quan cung cấp hồ sơ hải quan. Hình thức cung cấp hồ sơ hải quan do Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan hướng dẫn.
1. Đối với loại có dấu hiệu vi phạm:
a) Rút toàn bộ hồ sơ xuất khẩu, nhập khẩu mặt hàng đó của doanh nghiệp đó trong một giai đoạn nhất định để thực hiện kiểm tra.
b) Rút toàn bộ hồ sơ xuất khẩu, nhập khẩu mặt hàng đó của tất cả các doanh nghiệp trong một giai đoạn nhất định để phân loại cần làm ngay và loại sẽ làm sau. Trong đó:
Loại có kim ngạch lớn hoặc có dấu hiệu vi phạm lớn hơn thì đưa vào diện kiểm tra trước.
Loại có kim ngạch nhỏ hoặc có dấu hiệu vi phạm nhỏ hơn thì đưa vào diện kiểm tra sau.
c) Trường hợp có dấu hiệu người xuất khẩu/nhập khẩu vi phạm có hệ thống thì đưa vào diện kiểm tra tất cả các lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu của người đó trong một giai đoạn nhất định.
2. Đối với loại chưa phát hiện dấu hiệu vi phạm thì đưa vào diện kiểm tra theo kế hoạch, theo trật tự ưu tiên:
Doanh nghiệp có kim ngạch nhập khẩu lớn, doanh nghiệp thường nhập khẩu mặt hàng nhạy cảm, có thuế suất cao, doanh nghiệp thường làm thủ tục hải quan ở nhiều đơn vị hải quan khác nhau thì đưa vào diện kiểm tra trước;
Mặt hàng nhạy cảm có trị giá lớn, thuế suất cao thì đưa vào diện kiểm tra trước;
Các trường hợp khác thì đưa vào diện kiểm tra sau.
Bước 5: Kiểm tra hồ sơ hải quan:
1. Kiểm tra sự đầy đủ, tính hợp pháp, hợp lệ của các chứng từ trong hồ sơ hải quan đối chiếu với các nội dung khai trong tờ khai hải quan;
2. Tuỳ theo từng trường hợp cụ thể (kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm hay kiểm tra theo kế hoạch), tuỳ theo từng loại hình xuất nhập khẩu mà kiểm tra sâu về:
Trị giá tính thuế, thuế suất, định mức, lượng hàng, xuất xứ,...;
Các điều kiện được hưởng ưu đãi về thuế(miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế...);
Việc tuân thủ các quy định về chính sách quản lý hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, quyền sở hữu trí tuệ và các quy định khác.
Bước này do công chức kiểm tra thực hiện theo quyết định của Trưởng phòng. Trường hợp Cục Kiểm tra sau thông quan thực hiện kiểm tra thì Trưởng nhóm kiểm tra (do Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan quyết định thành lập) đề xuất, Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan quyết định danh sách công chức thực hiện.
Bước 6: Kết luận kiểm tra:
Trên cơ sở kết quả kiểm tra nêu tại bước 5, công chức kiểm tra đề xuất để Trưởng phòng ký "Bản kết luận kiểm tra tại trụ sở cơ quan hải quan" (mẫu số 04-BKL/KTSTQ - đính kèm). Trường hợp Cục Kiểm tra sau thông quan thực hiện kiểm tra thì Trưởng nhóm kiểm tra đề xuất, Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan ký Bản kết luận này.
Những hồ sơ hải quan đã đầy đủ, rõ ràng, chưa phát hiện có dấu hiệu sai phạm thì xác nhận kết quả kiểm tra, cập nhật vào hệ thống cơ sở dữ liệu, chuyển bộ phận lưu trữ; hoặc kiểm tra theo kế hoạch tại trụ sở đơn vị được kiểm tra.
Những hồ sơ có vi phạm thì yêu cầu đơn vị được kiểm tra/Chi cục Hải quan làm thủ tục thông quan lô hàng giải trình.
Bước 7: Giải trình, xác minh:
1. Giải trình:
a) Người có quyền yêu cầu giải trình: Trưởng Phòng Kiểm tra sau thông quan thuộc Cục Hải quan tỉnh, thành phố; Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan;
b) Đối tượng giải trình là: Đơn vị được kiểm tra và Chi cục Hải quan làm thủ tục thông quan lô hàng;
c) Đơn vị Kiểm tra sau thông quan phải nêu cụ thể nội dung yêu cầu giải trình, tài liệu đối tượng giải trình phải cung cấp;
d) Để tạo thuận lợi cho đối tượng giải trình, đối tượng giải trình được lựa chọn hình thức giải trình: làm văn bản giải trình; đến trụ sở đơn vị Kiểm tra sau thông quan để giải trình; hoặc có văn bản yêu cầu đơn vị Kiểm tra sau thông quan đến trụ sở của mình để được giải trình.
đ) Xử lý kết quả giải trình:
Trường hợp chấp nhận sai phạm thì yêu cầu chấn chỉnh kịp thời, khắc phục hậu quả, cập nhật thông tin vào hệ thống cơ sở dữ liệu, chuyển hồ sơ sang bộ phận lưu trữ.
Trường hợp đối tượng không giải trình, hoặc có giải trình với nội dung không chấp nhận sai phạm, nhưng không nêu được căn cứ thuyết phục thì Trưởng phòng (trường hợp do Cục Kiểm tra sau thông quan thực hiện là Trưởng nhóm kiểm tra) báo cáo Lãnh đạo Cục quyết định việc xác minh tại các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan làm cơ sở cho việc quyết định kiểm tra sau thông quan tại trụ sở đơn vị được kiểm tra.
2. Xác minh:
a) Người có quyền yêu cầu xác minh: Trưởng Phòng Kiểm tra sau thông quan thuộc Cục Hải quan tỉnh, thành phố; Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan;
b) Đối tượng xác minh: Cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan, gồm cả đối tượng kiểm tra sau thông quan;
c) Nội dung xác minh, tài liệu cần được cung cấp, đơn vị Kiểm tra sau thông quan phải thông báo cụ thể, đủ sớm để đối tượng xác minh chuẩn bị đầy đủ, chính xác, tránh phải làm nhiều lần.
d) Hình thức xác minh và trả lời xác minh:
Yêu cầu bằng văn bản và trả lời bằng văn bản;
Công chức hải quan đến trụ sở đối tượng xác minh để xác minh. Kết quả xác minh phải được ghi nhận bằng biên bản, có ký xác nhận của bên xác minh và đối tượng xác minh. Biên bản xác minh là một căn cứ để tiến hành các bước tiếp theo.
II. KIỂM TRA TẠI TRỤ SỞ ĐƠN VỊ ĐƯỢC KIỂM TRA (lưu hành công khai) (Mô hình theo Phụ lục 2 đính kèm)
Trên cơ sở kết quả kiểm tra tại cơ quan hải quan, xác định trường hợp phải kiểm tra tại trụ sở đơn vị được kiểm tra thì tiến hành các bước công việc sau:
Bước 1: Lập kế hoạch kiểm tra:
Kế hoạch kiểm tra được lập theo mẫu "Kế hoạch kiểm tra sau thông quan tại đơn vị..." (mẫu số 01-KH/KTSTQ - đính kèm);
Trường hợp kiểm tra sau thông quan tại đơn vị đóng trụ sở ngoài địa bàn quản lý: Trước khi tiến hành kiểm tra phải có văn bản báo cáo Tổng cục Hải quan và gửi Cục Hải quan nơi đơn vị đóng trụ sở, gồm những nội dung:
Lý do kiểm tra;
Dự kiến thời gian kiểm tra;
Những vấn đề cần phối hợp, hỗ trợ;
Những đề xuất khác (nếu có).
Bước 2: Ban hành quyết định kiểm tra:
1. Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố phê duyệt kế hoạch kiểm tra; ký và ban hành "Quyết định kiểm tra của cơ quan hải quan về kiểm tra sau thông quan tại trụ sở đơn vị..." ( mẫu số 02-QĐ/KTSTQ - đính kèm).
2. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan phê duyệt kế hoạch kiểm tra; ký và ban hành "Quyết định kiểm tra của cơ quan hải quan về kiểm tra sau thông quan tại trụ sở đơn vị..." ( mẫu số 02-QĐ/KTSTQ đính kèm) đối với các trường hợp có nội dung kiểm tra phức tạp, phạm vi kiểm tra liên quan đến nhiều tỉnh, thành phố.
Trường hợp cần thiết, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan uỷ quyền cho Cục trưởng Cục Kiểm tra sau thông quan ký Quyết định kiểm tra.
3. Quyết định kiểm tra phải gửi cho đơn vị được kiểm tra chậm nhất là 5 (năm) ngày làm việc trước khi tiến hành kiểm tra.
4. Trường hợp cơ quan Hải quan có cơ sở khẳng định việc đơn vị được kiểm tra tiêu huỷ chứng từ, tài liệu có liên quan nhằm đối phó với mục đích kiểm tra thì tiến hành kiểm tra ngay.
5. Trường hợp hết thời hạn kiểm tra mà chưa thực hiện xong nội dung kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ra quyết định kiểm tra để xem xét ký "Quyết định của cơ quan hải quan về gia hạn thời hạn kiểm tra sau thông quan đối với đơn vị..." (Mẫu số 03-GH/KTSTQ - đính kèm).
Bước 3: Tiến hành kiểm tra:
1. Công bố quyết định kiểm tra và giới thiệu các thành viên đoàn kiểm tra cho người đứng đầu đơn vị được kiểm tra hoặc người được uỷ quyền hợp pháp tại trụ sở đơn vị được kiểm tra;
2. Có văn bản yêu cầu về việc xuất trình, cung cấp các sổ sách, hồ sơ, chứng từ liên quan... của đơn vị được kiểm tra và yêu cầu chỉ định các cá nhân liên quan trực tiếp đến nội dung kiểm tra, có trách nhiệm và thẩm quyền làm việc với Đoàn kiểm tra;
3. Thực hiện kiểm tra:
a) Kiểm tra sự đầy đủ, tính hợp pháp, hợp lệ, đồng bộ, chính xác, trung thực của hồ sơ hải quan lưu tại đơn vị được kiểm tra, đối chiếu với hồ sơ hải quan lưu tại cơ quan Hải quan của lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu thuộc đối tượng kiểm tra;
b) Kiểm tra việc chấp hành các quy định của pháp luật về thuế và thu khác; việc chấp hành chính sách quản lý hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và các quy định khác của pháp luật có liên quan đến lô hàng của đơn vị được kiểm tra;
c) Kiểm tra các chứng từ khác có liên quan đến lô hàng, mặt hàng đang kiểm tra;
d) Kiểm tra chứng từ kế toán, sổ kế toán, báo cáo tài chính có liên quan đến lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu;
đ) Trường hợp cần thiết thì kiểm tra:
Dây chuyền sản xuất, máy móc thiết bị có liên quan đến việc sản xuất, chế biến hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu;
Kiểm tra thực tế hàng hoá nhập khẩu hoặc hàng hoá là sản phẩm của quá trình gia công, sản xuất, chế biến từ hàng hoá nhập khẩu đang được lưu giữ tại các kho hàng của đơn vị. Việc kiểm tra thực tế hàng hoá được thực hiện khi đủ điều kiện, nếu hàng hoá đó không mất đi những đặc tính cơ bản so với thời điểm thông quan và đang được cơ quan Hải quan, đơn vị được kiểm tra, các cơ quan, tổ chức, cá nhân khác lưu giữ;
e) Trường hợp phát sinh:
Nếu phát hiện có hành vi vi phạm pháp luật về hải quan thì cần lập ngay biên bản làm việc để xác nhận hành vi vi phạm đó;
Tiến hành xác minh tiếp các dấu hiệu vi phạm tại các cơ quan tổ chức cá nhân có liên quan;
Tiến hành thẩm vấn người đại diện hợp pháp của đơn vị được kiểm tra hoặc những cá nhân có liên quan;
Báo cáo cấp trên tiến độ công việc, các phát hiện dấu hiệu vi phạm của đơn vị, những vướng mắc phát sinh vượt thẩm quyền và đề xuất biện pháp xử lý.
Bước 4: Lập Bản kết luận kiểm tra:
1. Lập bản kết luận kiểm tra:
a) Lập, ký và chịu trách nhiệm về nội dung “Bản kết luận kiểm tra sau thông quan tại trụ sở đơn vị ...” (Mẫu số 05-BKL/KTSTQ - đính kèm);
b) Công bố với người đứng đầu đơn vị được kiểm tra hoặc người được uỷ quyền hợp pháp.
2. Nếu đơn vị được kiểm tra không chấp hành quyết định kiểm tra, không cung cấp đầy đủ hồ sơ, tài liệu, chứng từ, sổ kế toán, báo cáo tài chính và các chứng từ khác có liên quan đến nội dung kiểm tra thì: Trưởng đoàn kiểm tra ghi rõ ý kiến của đơn vị được kiểm tra vào "Bản kết luận kiểm tra sau thông quan", đồng thời báo cáo người ký quyết định kiểm tra để áp dụng các biện pháp xử lý theo quy định của pháp luật đối với đơn vị được kiểm tra.
Bước 5: Tổ chức thực hiện kết luận kiểm tra:
1. Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ký quyết định kiểm tra về toàn bộ nội dung đã thực hiện, kết quả kiểm tra và đề xuất xử lý:
a) Trường hợp hành vi vi phạm hành chính thuộc thẩm quyền xử lý của Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố thì căn cứ vào ý kiến chỉ đạo của người ký quyết định kiểm tra hoàn chỉnh hồ sơ chuyển bộ phận tham mưu xử lý để thực hiện thủ tục xử phạt theo qui định của pháp luật;
b) Trường hợp hành vi vi phạm hành chính không thuộc thẩm quyền xử lý của cơ quan Hải quan thì báo cáo người ký quyết định kiểm tra và hoàn chỉnh hồ sơ chuyển cơ quan có thẩm quyền xử lý theo quy định của pháp luật;
c) Trường hợp phải truy thu thuế và hoặc các khoản thu khác thì hoàn chỉnh hồ sơ báo cáo người ký quyết định kiểm tra ra quyết định truy thu theo quy định của pháp luật. Trường hợp vừa phải truy thu, vừa phải ra quyết định xử phạt thì làm các thủ tục truy thu, đồng thời chuyển hồ sơ cho bộ phận tham mưu xử lý để thực hiện thủ tục xử phạt theo qui định của pháp luật;
d) Trường hợp phải truy hoàn thuế và hoặc truy hoàn các khoản thu khác thì hoàn chỉnh hồ sơ báo cáo người ký quyết định kiểm tra ra thông báo bằng văn bản và chuyển hồ sơ cho: Chi cục Hải quan nơi thông quan hàng hoá (tại địa bàn quản lý) và hoặc cho Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố nơi thông quan cho lô hàng (ngoài địa bàn quản lý) để ra quyết định truy hoàn và thực hiện việc truy hoàn theo quy định;
đ) Trường hợp có hành vi vi phạm ở mức độ phải truy cứu trách nhiệm hình sự thì báo cáo người ký quyết định kiểm tra và hoàn chỉnh hồ sơ chuyển cho cơ quan có thẩm quyền xử lý theo qui định của pháp luật.
2. Thông báo cho Cục Hải quan tỉnh, thành phố có liên quan về kết luận của đoàn kiểm tra, các biện pháp xử lý vi phạm.
3. Tổng hợp, báo cáo và cập nhật thông tin:
a) Tổng hợp kết quả kiểm tra;
b) Cập nhật thông tin vào hệ thống cơ sở dữ liệu;
c) Báo cáo Tổng cục bằng thư điện tử. Trường hợp mật thì báo cáo bằng văn bản.
4. Chuyển trả bộ hồ sơ hải quan cho bộ phận lưu trữ.
5. Lưu trữ, bảo quản hồ sơ kiểm tra tại Phòng kiểm tra sau thông quan: Sắp xếp, hoàn chỉnh toàn bộ các giấy tờ hồ sơ liên quan đến quyết định kiểm tra tiến hành ký, đóng dấu nghiệp vụ “Đã kiểm tra sau thông quan” và lưu trữ theo qui định.