THÔNG TƯ Hướng dẫn về hoàn thuế giá trị gia tăng Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998, Thông tư số 175/1998/TT-BTC ngày 24/12/1998 hướng dẫn thi hành Nghị định số 28/1998/NĐ-CP ngày 11/5/1998 và Nghị định số 102/1998/NĐ-CP ngày 21/12/1998 của Chính phủ qui định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT; Quyết định số 1632 /1998/QĐ-BTC ngày 17/11/1998 ban hành qui chế lập, quản lý, sử dụng quĩ hoàn thuế GTGT. Để thực hiện hoàn thuế GTGT đúng chế độ, kịp thời, Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể một số vấn đề về hoàn thuế GTGT như sau: I. VỀ ĐỐI TƯỢNG ĐƯỢC HOÀN THUẾ GTGT 1- Đối tượng được hoàn thuế GTGT: Các cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được

Điều 15 Nghị định số 28/1998/NĐ-CP của Chính phủ.
d/ Ngoài các đối tượng nêu trên, đối với các trường hợp cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi sát nhập, chia tách, giải thể, phá sản, có số thuế GTGT nộp thừa, nếu cơ sở đề nghị hoàn trả thì được hoàn thuế, hoặc cơ sở kinh doanh có quyết định hoàn thuế của cơ quan có thẩm quyền (các trường hợp này không phân biệt cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế hay tính trực tiếp trên GTGT).
2- Đối tượng được hoàn thuế GTGT có trách nhiệm:
a/ Lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan thuế. Hồ sơ hoàn thuế được qui định đối với từng trường hợp theo điểm I - phần D - Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998 của Bộ Tài chính.
b/ Trường hợp hồ sơ không rõ ràng hoặc không đầy đủ, cơ quan thuế yêu cầu bổ sung hồ sơ hoặc giải trình thì cơ sở đề nghị hoàn thuế phải cung cấp hồ sơ bổ sung hoặc giải trình theo yêu cầu của cơ quan thuế.
c/ Doanh nghiệp đề nghị được hoàn thuế phải chịu trách nhiệm về tính chính xác của số liệu kê khai liên quan đến việc xác định về số thuế được hoàn. Mọi trường hợp sai sót nếu kiểm tra, phát hiện đều bị xử lý truy thu về thuế. Tuỳ theo nguyên nhân và mức độ vi phạm còn bị phạt hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự theo Pháp luật.
II. THẨM QUYỀN VÀ TRÁCH NHIỆM CỦA CƠ QUAN THUẾ
VÀ KHO BẠC NHÀ NƯỚC TRONG VIỆC GIẢI QUYẾT HOÀN THUẾ GTGT
1- Thẩm quyền giải quyết hoàn thuế:
a/ Cục trưởng Cục thuế xem xét, ra quyết định hoàn thuế cho các đối tượng được hoàn thuế GTGT thuộc đối tượng quản lý trực tiếp của Cục thuế và Chi cục thuế.
b/ Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế xem xét, ra quyết định hoàn thuế cho các đối tượng đặc biệt theo uỷ quyền của Bộ trưởng Bộ Tài chính và các Tổng công ty thành lập theo Quyết định số 90/TTg ngày 07/3/1994 và Quyết định số 91/TTg ngày 07/3/1994 của Thủ tướng Chính phủ (gọi tắt là các Tổng công ty 90, 91) nếu hoàn thuế tập trung tại các Văn phòng Tổng công ty.
2- Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc hoàn thuế:
a/ Thực hiện việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế của các ĐTNT. Bộ phận tiếp nhận ghi rõ ngày tiếp nhận và chuyển kịp thời tới bộ phận kiểm tra, xử lý.
b/ Thực hiện việc kiểm tra hồ sơ, xác định số hoàn thuế:
Bộ phận kiểm tra hồ sơ có trách nhiệm kiểm tra: bảng kê khai tổng hợp số thuế GTGT đầu ra, số thuế GTGT đầu vào phát sinh được khấu trừ, hợp đồng xuất khẩu, hợp đồng gia công xuất khẩu với nước ngoài, tờ khai hàng hoá xuất khẩu có xác nhận về số lượng hàng hoá thực xuất khẩu của Hải quan cửa khẩu...
Kiểm tra số thuế đề nghị hoàn; đối chiếu giữa bảng kê hoá đơn mua vào, bán ra, thuế đầu ra, thuế đầu vào được khấu trừ ...đối chiếu với tình hình kinh doanh, thu nộp của tháng trước, từ đó xác định số thuế thực tế được hoàn để làm thủ tục hoàn thuế cho doanh nghiệp.
Trường hợp kiểm tra hồ sơ nếu thiếu, thì yêu cầu đơn vị bổ sung; nếu phát hiện kê khai không đúng hoặc chưa rõ, có thể trao đổi với đơn vị để xác định rõ. Trong trường hợp cụ thể có thể yêu cầu đơn vị giải trình hoặc bổ sung hồ sơ chứng minh (chưa phải là kiểm tra).
Cơ quan thuế có trách nhiệm xem xét hồ sơ và giải quyết hoàn thuế cho đơn vị trong thời gian 15 ngày, kể từ ngày nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế của đơn vị gửi đến. Trường hợp phải kiểm tra, xác minh, bổ sung hồ sơ ...thì thời gian tối đa là 30 ngày. Nếu không đủ thủ tục và điều kiện được hoàn thuế phải trả lời cho đơn vị biết trong khoảng thời gian 7 ngày, kể từ ngày nhận được hhồ sơ.
c/ Lập quyết định hoàn thuế: sau khi kiểm tra, nếu đủ thủ tục, điều kiện theo qui định tại điểm I - phần D - Thông tư số 89/1998/TT-BTC ngày 27/6/1998 của Bộ Tài chính thì xác định số thuế hoàn trả, trình Cục trưởng Cục thuế ra quyết định hoàn thuế cho đối tượng nộp thuế theo đúng luật định.
Sau khi hoàn thuế, trường hợp nghi vấn hoặc cần tổ chức kiểm tra, thanh tra tại cơ sở để xác định đúng số hoàn thuế, thì cơ quan thuế quyết định kiểm tra hoặc thanh tra.
3- Trách nhiệm của Kho bạc Nhà nước:
Nhận được quyết định hoàn thuế và uỷ nhiệm chi hoàn thuế GTGT do cơ quan Thuế gửi đến, Kho bạc Nhà nước tỉnh, thành phố thực hiện việc chi hoàn thuế GTGT cho các đối tượng trong thời gian tối đa là 3 ngày kể từ ngày nhận được chứng từ chi hoàn thuế . Đồng thời Kho bạc Nhà nước tỉnh, thành phố có trách nhiệm làm ngay thủ tục thanh toán với quĩ hoàn thuế GTGT mở tại Kho bạc Nhà nước Trung ương.
III. TỔ CHỨC THỰC HIỆN
Để việc hoàn thuế GTGT theo đúng Luật định, đề nghị UBND tỉnh, thành phố tích cực chỉ đạo ngành Thuế thực hiện hoàn thuế GTGT cho các đối tượng nộp thuế đảm bảo kịp thời, chính xác, đúng đối tượng . Đồng thời yêu cầu các ngành phối hợp với ngành Thuế tăng cường kiểm tra, hướng dẫn các đối tượng nộp thuế thực hiện nghiêm chỉnh chế độ kế toán, thống kê, hoá đơn, chứng từ; kê khai đầy đủ, chính xác số thuế phải nộp cũng như số thuế đề nghị hoàn.
Thông tư này có hiệu lực sau 15 ngày kể từ ngày ký. Những qui định trước đây về việc hoàn thuế GTGT trái với qui định tại Thông tư này đều bãi bỏ. Trong quá trình thực hiện, nếu có vướng mắc liên quan đến việc giải quyết hoàn thuế, đề nghị các đối tượng nộp thuế, các ngành, các địa phương phản ánh kịp thời để Bộ Tài chính nghiên cứu, giải quyết.