QUYẾT ĐỊNH Về việc ban hành Quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện thủ tục hải quan điện tử TỔNG CỤC TRƯỞNG TỔNG CỤC HẢI QUAN

Điều 29 Thông tư 222/2009/TT-BTC.
Chi cục trưởng quyết định cho phép chuyển cửa khẩu và được thể hiện tại ô số 15 Tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu, ô số 18 Tờ khai hải quan điện tử nhập khẩu. Trường hợp Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử thay đổi hình thức, mức độ kiểm tra, quyết định cho phép chuyển cửa khẩu được in tại ô số 9 Phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy.
2. Nhiệm vụ của Chi cục hải quan nơi có hàng xuất khẩu chuyển đi và hàng nhập khẩu chuyển đến (gọi là Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu).
Tiếp nhận hồ sơ hải quan, hàng hóa nhập khẩu chuyển cửa khẩu do Chi cục hải quan cửa khẩu chuyển đến và thực hiện kiểm tra hàng hóa theo quy định.
Nhận Bảng thống kê các tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu đã chuyển cửa khẩu do chi cục hải quan cửa khẩu fax trong trường hợp Chi cục hải quan cửa khẩu chưa nối mạng với hệ thống.
Sau thời điểm quyết định thông quan cho lô hàng xuất khẩu chuyển cửa khẩu, hoàn thành kiểm tra hồ sơ hải quan đối với lô hàng nhập khẩu chuyển cửa khẩu, hoặc sau thời điểm Chi cục hải quan cửa khẩu bàn giao hàng hóa nhập khẩu chuyển cửa khẩu cho người khai hải quan, thông tin về lô hàng chuyển cửa khẩu được thể hiện trên Hệ thống. Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu chịu trách nhiệm theo dõi tiến trình chuyển cửa khẩu căn cứ thông tin về lô hàng chuyển cửa khẩu trên Hệ thống hoặc thông tin do Chi cục hải quan cửa khẩu hồi báo.
Quá thời hạn 05 ngày kể từ khi có thông tin lô hàng chuyển cửa khẩu hoặc quá thời gian vận chuyển mà doanh nghiệp đăng ký với cơ quan hải quan tại đơn xin chuyển cửa khẩu (tùy vào thời gian nào có trước) mà trên Hệ thống hoặc trong hồi báo không có hàng xuất khẩu đến cửa khẩu xuất, hàng nhập khẩu đến địa điểm kiểm tra ngoài cửa khẩu, Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu có trách nhiệm truy tìm các lô hàng.
3. Nhiệm vụ của Chi cục hải quan cửa khẩu nơi có hàng xuất khẩu chuyển đến và hàng nhập khẩu chuyển đi (gọi là Chi cục hải quan cửa khẩu).
3.1. Đối với hàng xuất khẩu.
Hải quan giám sát kiểm tra, đối chiếu Tờ khai hải quan điện tử in xuất khẩu do người khai hải quan xuất trình với thông tin tờ khai trên Hệ thống, thực hiện việc kiểm tra như quy định tại Khoản 3

Điều 26 Thông tư số 222/2009/TT-BTC. Nếu kết quả kiểm tra phù hợp thì xác nhận vào Hệ thống, làm tiếp các thủ tục theo quy định. Nếu không phù hợp thì xử lý theo quy định.
3.2. Đối với hàng nhập khẩu chuyển cửa khẩu.
Kiểm tra đối chiếu Tờ khai hải quan điện tử in nhập khẩu do người khai hải quan xuất trình với thông tin tờ khai trên Hệ thống, thực hiện việc kiểm tra như quy định tại Khoản 3

Điều 26 Thông tư số 222/2009/TT-BTC. Nếu kết quả kiểm tra phù hợp thì thực hiện biện pháp giám sát hải quan (niêm phong, giám sát), lập 2 bản Biên bản bàn giao hàng chuyển cửa khẩu theo Mẫu số 5 Phụ lục 3 Quy trình này, giao cho người khai hải quan điện tử 01 bản cùng Tờ khai hải quan điện tử in, lưu 01 bản; cập nhật thông tin vào Hệ thống.
3.3. Trường hợp Chi cục Hải quan cửa khẩu không nối mạng với Hệ thống, Chi cục hải quan cửa khẩu:
a. Tiếp nhận 01 tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu, nhập khẩu có xác nhận của Chi cục Hải quan cửa khẩu để đối chiếu với hàng hóa. Nếu quá thời hạn hiệu lực của tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu mà chưa có hàng đến thì thông báo cho Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu biết để phối hợp xác minh, làm rõ.
b. Lập Bảng thống kê các tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu đã chuyển cửa khẩu và fax cho Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử định kỳ vào thứ 3 hàng tuần (hoặc ngày làm việc kế tiếp nếu thứ 3 là ngày nghỉ hoặc ngày lễ).
c. Lập sổ theo dõi hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chuyển cửa khẩu.
VII. Giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại khu vực giám sát hải quan.
Công chức hải quan giám sát thực hiện việc giám sát hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu ra, vào khu vực giám sát hải quan theo quy định tại

Điều 26 Thông tư số 222/2009/TT-BTC.
1. Đối với các Khu vực giám sát hải quan có nối mạng với Hệ thống: công chức hải quan giám sát có trách nhiệm đối chiếu tờ khai hải quan điện tử do doanh nghiệp xuất trình với thông tin trên Hệ thống để xác nhận hàng đã qua khu vực giám sát.
2. Đối với khu vực giám sát hải quan chưa có kết nối với hệ thống:
2.1. Trường hợp hàng hóa phải làm thủ tục chuyển cửa khẩu: Công chức hải quan giám sát đối chiếu tờ khai hải quan điện tử in có xác nhận của Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu do doanh nghiệp xuất trình với hàng hóa để xác nhận hàng đã qua khu vực giám sát.
2.2. Trường hợp hàng hóa đã được quyết định cho phép thông quan, giải phóng, đưa hàng hóa về bảo quản nhưng không phải làm thủ tục chuyển cửa khẩu:
a. Trường hợp người khai hải quan không thực hiện việc xác nhận lên tờ khai hải quan điện tử in trước khi xuất trình hàng tại khu vực giám sát:
a.1. Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu: in 01 tờ khai hải quan điện tử, ký tên, đóng dấu công chức xác nhận thông quan, giải phóng, đưa hàng hóa về bảo quản và fax cho chi cục hải quan cửa khẩu.
a.2. Công chức hải quan giám sát có trách nhiệm tiếp nhận bản fax tờ khai đã được quyết định cho phép thông quan, giải phóng, đưa hàng hóa về bảo quản của Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu để đối chiếu với tờ khai hải quan điện tử in do doanh nghiệp xuất trình.
b. Trường hợp người khai hải quan xác nhận lên tờ khai hải quan điện tử in trước khi xuất trình hàng tại khu vực giám sát:
b.1. Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu xác nhận lên tờ khai hải quan điện tử in do doanh nghiệp xuất trình.
b.2. Công chức hải quan giám sát đối chiếu tờ khai hải quan điện tử in có xác nhận của chi cục hải quan ngoài cửa khẩu do doanh nghiệp xuất trình với hàng hóa để xác nhận hàng đã qua khu vực giám sát.
3. Xử lý kết quả kiểm tra.
Công chức hải quan giám sát sau khi kiểm tra nếu phù hợp thì xác nhận vào Hệ thống và thực hiện tiếp các công việc theo quy định. Trường hợp có sự sai khác giữa nội dung trên Tờ khai hải quan điện tử in và thông tin trên Hệ thống hoặc thông tin trên tờ khai hải quan điện tử do Chi cục hải quan ngoài cửa khẩu fax, công chức hải quan giám sát báo cáo Chi cục trưởng xem xét giải quyết cụ thể theo thẩm quyền hoặc phối hợp với Chi cục Hải quan ngoài cửa khẩu xử lý theo quy định hiện hành.
VIII. Thủ tục hải quan điện tử cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu khi Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan có sự cố tạm dừng hoạt động hoặc các sự cố ngoài Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
1. Theo dõi, quản lý sự cố hệ thống.
Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử bố trí công chức tiếp nhận thông tin sự cố, kiểm tra và tiến hành phân loại đề xuất xử lý và thực hiện các công việc sau:
1.1. Lập sổ nhật ký theo dõi Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan với các nội dung cơ bản gồm:
Ngày, giờ xảy ra sự cố;
Nội dung, nguyên nhân sự cố;
Ngày, giờ khắc phục;
Đề xuất phương án khắc phục;
Đội trưởng Đội thủ tục xác nhận, ký tên;
Chi cục trưởng phê duyệt.
1.2. Trả lời cho doanh nghiệp hướng xử lý.
1.3. Lập sổ theo dõi, cấp số tờ khai sự cố với các nội dung cơ bản gồm:
Số tờ khai, ngày, tháng, năm;
Loại hình hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu: Sử dụng tên ký hiệu loại hình có thêm ký hiệu “SC”;
Tên người khai hải quan;
Mã số xuất nhập khẩu;
Mã số thuế của hàng hóa xuất nhập khẩu (HS);
Số thuế phải nộp cho từng sắc thuế (XK, NK, VAT, TTĐB…).
2. Thủ tục hải quan khi Hệ thống có sự cố.
2.1. Sự cố ngoài Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan: Chi cục hải quan nơi tiếp nhận và xử lý Tờ khai hải quan điện tử thực hiện theo quy định tại Khoản 2,

Điều 30 Thông tư 222/2009/TT-BTC.
Trường hợp doanh nghiệp khai trên tờ khai hải quan điện tử in trước khi đến cơ quan hải quan để khai trên Hệ thống khai hải quan dự phòng thì công chức hải quan tiếp nhận tờ khai hải quan điện tử in, ghi “kết quả phân luồng và hướng dẫn thủ tục hải quan điện tử” vào ô số 18 của Tờ khai hải quan điện tử in nhập khẩu hoặc ô số 15 của Tờ khai hải quan điện tử in xuất khẩu, đóng dấu công chức.
2.2. Sự cố Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
Chi cục trưởng Chi cục hải quan quyết định việc cho phép làm thủ tục hải quan cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu khi Hệ thống có sự cố tạm dừng hoạt động chưa khắc phục kịp thời.
Công chức tiếp nhận hồ sơ hải quan thực hiện việc tiếp nhận, kiểm tra chi tiết bộ hồ sơ hải quan trên cơ sở các chứng từ giấy theo quy định hiện hành, đề xuất hình thức, mức độ kiểm tra trên Phiếu kiểm tra hồ sơ giấy, trình Chi cục trưởng quyết định. Các bước nghiệp vụ tiếp theo giải quyết thủ tục theo quy định hiện hành căn cứ trên bộ hồ sơ hải quan đã được tiếp nhận.
Sau khi Hệ thống được khắc phục, công chức được giao nhiệm vụ thực hiện đồng bộ dữ liệu với người khai hải quan; cập nhật thông tin do cơ quan hải quan xử lý vào Hệ thống của Tờ khai hải quan điện tử đã được làm thủ tục khi có sự cố. Việc theo dõi tờ khai được thực hiện theo hệ thống số tờ khai, mã loại hình có ký hiệu riêng theo quy định trên.

Điều 16 Thông tư số 222/2009/TT-BTC.
3. Kiểm tra sự đầy đủ các tiêu chí trên Tờ khai hải quan điện tử quy định tại

Điều 16 Thông tư 222/2009/TT-BTC. Cụ thể:
Căn cứ vào tên hàng và mã số hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, công chức kiểm tra đầy đủ các tiêu chí cần phải có cho mặt hàng đó như: thông tin giấy phép, thông tin cần thiết cho thủ tục miễn, hoàn thuế….
4. Trường hợp thông tin khai của người khai hải quan gửi đến chưa phù hợp theo quy định, công chức kiểm tra thông qua hệ thống hướng dẫn người khai hải quan điều chỉnh cho phù hợp hoặc từ chối đăng ký và nêu rõ lý do bằng “Thông báo từ chối tờ khai hải quan điện tử”.
5. Nếu thông tin khai báo phù hợp và đầy đủ thì chấp nhận đăng ký tờ khai hải quan điện tử, cập nhật kết quả kiểm tra vào hệ thống để hệ thống cấp số đăng ký, phân luồng tờ khai.
5.1. Trường hợp lô hàng được Hệ thống chấp nhận “Thông quan” nhưng không thuộc diện “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hóa về bảo quản” thì chuyển sang Bước 4 của Quy trình này;
5.2. Trường hợp lô hàng được Hệ thống chấp nhận “Thông quan” trên cơ sở thông tin khai hải quan điện tử, nhưng thuộc diện “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hóa về bảo quản” thì công chức đề xuất Đội trưởng Đội thủ tục quyết định và chuyển sang Bước 4 của Quy trình này;
5.3. Đối với lô hàng hệ thống yêu cầu phải xuất trình chứng từ để kiểm tra, hoặc kiểm tra trị giá tính thuế hoặc xuất trình chứng từ và kiểm tra thực tế hàng hóa thì chuyển sang Bước 2 để kiểm tra hồ sơ, kiểm tra trị giá tính thuế.
6. Trường hợp doanh nghiệp khai tờ khai chưa hoàn chỉnh, nợ chứng từ, và các vướng mắc (nếu có) công chức thực hiện các công việc kiểm tra tại Điểm 1, 2, 3 Bước này; báo cáo đề xuất Chi cục trưởng xem xét chấp nhận theo quy định và thực hiện tiếp công việc tại Điểm 4, 5 Bước này.
7. Đối với trường hợp người khai hải quan làm thủ tục hải quan cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu không đúng với thời hạn đăng ký tờ khai hải quan theo quy định, công chức thực hiện các công việc kiểm tra tại Điểm 1, 2, 3 Bước này; báo cáo lãnh đạo Chi cục và thực hiện tiếp các công việc tại Điểm 4, 5 Bước này. Trường hợp này Chi cục trưởng phải chuyển luồng kiểm tra hồ sơ giấy hoặc kiểm tra hồ sơ giấy và kiểm tra thực tế hàng hóa.
Bước 2: Kiểm tra hồ sơ hải quan.
1. Kiểm tra hồ sơ hải quan bao gồm các công việc: Kiểm tra hồ sơ; kiểm tra, xác định trị giá tính thuế (nếu có).
1.1. Hình thức, mức độ kiểm tra hồ sơ hải quan và nội dung kiểm tra thực hiện theo

Điều 18;

Điều 20;

Điều 21 Thông tư 222/2009/TT-BTC.
1.2. Việc kiểm tra, xác định trị giá tính thuế thực hiện theo quy định tại Phụ lục 1 Quy trình này.
2. Nếu kết quả kiểm tra phù hợp với các quy định của pháp luật thì công chức kiểm tra hồ sơ:
2.1. Đối với trường hợp kiểm tra hồ sơ giấy: in “Phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy” theo quy định tại Điểm 3.3 Khoản 3

Điều 16 Thông số 222/2009/TT-BTC;
2.2. Quyết định “Thông quan” trên Hệ thống;
2.3. Đề xuất Đội trưởng Đội thủ tục quyết định “Giải phóng”, “Đưa hàng về bảo quản” trên hệ thống.
3. Nếu kiểm tra hồ sơ phát hiện có sự sai lệch, chưa phù hợp giữa chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan và thông tin khai, cần phải điều chỉnh thì công chức kiểm tra hồ sơ yêu cầu người khai hải quan sửa đổi bổ sung. Trường hợp có nghi vấn, công chức đề xuất Chi cục trưởng quyết định thay đổi hình thức, mức độ kiểm tra.
4. Đối với lô hàng phải kiểm tra thực tế hàng hóa: công chức thực hiện kiểm tra chi tiết hồ sơ; cập nhật kết quả kiểm tra vào hệ thống; chuyển hồ sơ sang Bước 3 của quy trình.
Trường hợp phải thực hiện kiểm tra hàng hóa tại địa điểm làm thủ tục ngoài cửa khẩu chưa có kết nối với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, công chức kiểm tra hồ sơ in hai phiếu “Phiếu ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa” lưu cùng bộ hồ sơ chuyển cho công chức kiểm tra thực tế hàng hóa.
Bước 3: Kiểm tra thực tế hàng hóa.
1. Công chức kiểm tra thực tế hàng hóa thực hiện việc kiểm tra quy định tại

Điều 19;

Điều 20;

Điều 22 Thông tư 222/2009/TT-BTC và quyết định hình thức mức độ kiểm tra của Chi cục trưởng ghi tại ô số 9 Phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy.
Trường hợp phải thực hiện kiểm tra hàng hóa tại địa điểm làm thủ tục ngoài cửa khẩu chưa có kết nối với Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, công chức kiểm tra thực tế hàng hóa ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa vào mẫu “Phiếu ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa” sau đó cập nhật kết quả kiểm tra hàng hóa vào hệ thống.
2. Nếu kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa phù hợp với các quy định của pháp luật thì công chức kiểm tra thực tế hàng hóa quyết định thông quan hoặc đề xuất Đội trưởng Đội thủ tục quyết định “Giải phóng”, “Đưa hàng về bảo quản”.
Việc quyết định được thực hiện trên Hệ thống hoặc trên Tờ khai điện tử in nhưng sau đó phải cập nhật vào Hệ thống.
3. Nếu kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa không đúng so với khai báo của người khai hải quan thì công chức kiểm tra thực tế hàng hóa đề xuất biện pháp xử lý và chuyển hồ sơ cho Đội trưởng Đội thủ tục để xem xét, xử lý.
4. Nếu lô hàng thuộc trường hợp phải kiểm tra trị giá tính thuế, tính lại thuế thì ghi nhận kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa chuyển toàn bộ hồ sơ về Bước 2 để kiểm tra trị giá tính thuế, tính lại thuế.
Bước 4: Xác nhận Đã thông quan điện tử; Giải phóng hàng; Đưa hàng hóa về bảo quản; Hàng chuyển cửa khẩu, trao đổi thông tin với chi cục hải quan cửa khẩu
1. Thu thuế và lệ phí hải quan theo quy định.
2. Kiểm tra đối chiếu đúng nội dung tờ khai hải quan điện tử in với thông tin của tờ khai hải quan điện tử trên hệ thống; hình thức tờ khai hải quan điện tử in và căn cứ quyết định trên hệ thống; thực hiện xác nhận vào ô số 32 đối với tờ khai hải quan điện tử in xuất khẩu, ô 35, 36 đối với tờ khai hải quan điện tử in nhập khẩu.
Trường hợp tờ khai hải quan điện tử in có phụ lục tờ khai, các bản kê (nếu có) đi kèm thì công chức thực hiện việc đối chiếu và ký tên, đóng dấu số hiệu công chức vào góc phải phía trên hàng mã vạch các chứng từ này.
3. Công chức được giao nhiệm vụ xác nhận “Thông quan”, “Giải phóng hàng”, “Cho phép đưa hàng về bảo quản”, “Hàng chuyển cửa khẩu” thực hiện việc xác nhận đúng nội dung quyết định trên hệ thống vào tờ khai hải quan điện tử in. Công chức xác nhận vào 02 bản Tờ khai hải quan điện tử in, lưu 01 bản, trả người khai hải quan 01 bản, đồng thời cập nhật thông tin xác nhận vào hệ thống.
Bước 5: Quản lý, hoàn chỉnh hồ sơ.
1. Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử bố trí công chức theo dõi và quản lý, hoàn chỉnh hồ sơ của các lô hàng đã được “Thông quan”, “Giải phóng hàng”, “Cho phép đưa hàng về bảo quản”, “Hàng chuyển cửa khẩu” mà còn nợ các chứng từ được phép chậm nộp thuộc bộ hồ sơ hải quan hoặc còn vướng mắc chưa hoàn tất thủ tục hải quan.
2. Công chức hải quan đã giải quyết thủ tục cho lô hàng tại các Bước 1, 2, 3, 4 có trách nhiệm tiếp nhận các chứng từ chậm nộp, xử lý các vướng mắc của lô hàng; Sau khi hoàn thành thì chuyển cho công chức được giao nhiệm vụ quản lý, hoàn tất hồ sơ. Công chức quản lý hoàn tất hồ sơ kiểm tra việc hoàn chỉnh của hồ sơ, cập nhật thông tin vào hệ thống và chuyển sang Bước 6.
Bước 6. Phúc tập hồ sơ
Việc phúc tập hồ sơ hải quan điện tử thực hiện theo quy định về phúc tập hồ sơ hải quan hiện hành và thực hiện một số công việc sau:
Kiểm tra, đối chiếu các số liệu tại Tờ khai hải quan điện tử in với tờ khai hải quan điện tử trên Hệ thống trong trường hợp không có tờ khai hải quan điện tử in;
Kiểm tra sự thống nhất các số liệu của tờ khai hải quan điện tử trên Hệ thống và các hệ thống phần mềm nghiệp vụ khác.
II. Trường hợp hàng xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký làm thủ tục hải quan tại Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử, nhưng việc kiểm tra thực tế hàng hóa do Chi cục Hải quan cửa khẩu thực hiện.
1. Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử thực hiện.
1.1. Làm thủ tục đăng ký tờ khai, kiểm tra hồ sơ hải quan theo quy định tại Thông tư số 222/2009/TT-BTC;
1.2. Công chức kiểm tra hồ sơ ghi vào tờ khai hải quan điện tử in ô ghi chép khác nội dung “Đã tiếp nhận tờ khai hải quan điện tử. Đề nghị Hải quan cửa khẩu kiểm tra thực tế hàng hóa”; ký tên, đóng dấu công chức; in 02 mẫu Phiếu kiểm tra thực tế hàng hóa;
1.3. Niêm phong hồ sơ hải quan giao cho người khai hải quan chuyển đến hải quan cửa khẩu gồm: 02 tờ khai hải quan điện tử, 02 Phiếu ghi kết quả kiểm tra hồ sơ giấy, 02 mẫu Phiếu ghi kết quả kiểm tra hàng hóa, 02 bản kê chi tiết (nếu có);
1.4. Sau khi có kết quả kiểm tra hàng hóa thực tế:
Nhận hồ sơ từ hải quan cửa khẩu chuyển đến, cập nhật kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa vào Hệ thống, kiểm tra hồ sơ, hoàn tất hồ sơ theo quy định.
Xử lý vi phạm hành chính (nếu có), thông báo cho chi cục hải quan cửa khẩu kết quả xử lý vi phạm.
2. Chi cục Hải quan cửa khẩu thực hiện
2.1. Tiếp nhận hồ sơ hải quan, kiểm tra thực tế hàng hóa theo hình thức, mức độ kiểm tra do Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử quyết định thể hiện trên tờ khai hải quan điện tử, ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa lên 02 phiếu ghi kết quả kiểm hóa gửi kèm trong bộ hồ sơ hải quan;
2.2. Niêm phong 01 bộ hồ sơ, gồm 01 tờ khai hải quan điện tử, 01 phiếu ghi kết quả kiểm tra chứng từ giấy, 01 Phiếu ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa; giao cho người khai hải quan chuyển trả Chi cục hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử;
2.3. Trường hợp kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa phù hợp với khai của người khai hải quan:
Hàng hóa được thông quan: Công chức kiểm tra thực tế hàng hóa quyết định, ký tên, đóng dấu công chức vào ô 32 đối với tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu, ô 36 đối với tờ khai hải quan điện tử nhập khẩu; trả 01 bộ hồ sơ hải quan cho người khai hải quan.
Hàng hóa thuộc diện được giải phóng hoặc đưa hàng hóa về bảo quản tại địa điểm của người khai hải quan thì Chi cục trưởng Chi cục hải quan cửa khẩu quyết định, căn cứ theo quyết định của Chi cục trưởng công chức kiểm tra thực tế ghi “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hóa về bảo quản” vào ô 35 trên tờ khai hải quan điện tử nhập khẩu, ghi “Giải phóng hàng” vào ô 28 trên tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu và ký tên, đóng dấu công chức; trả 01 bộ hồ sơ hải quan cho người khai hải quan.
2.4. Trường hợp thực tế hàng hóa nhập khẩu có sự sai lệch so với khai của người khai hải quan dẫn đến một phần hàng không được nhập khẩu thì:
Công chức kiểm tra thực tế hàng hóa ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa vào Phiếu ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa;
Lập biên bản vi phạm: 02 bản (01 bản giao cho người khai hải quan, 01 bản gửi Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử), sao 01 bản để lưu;
Chi cục trưởng quyết định tạm giữ với số hàng khai sai; quyết định cho phép đưa hàng hóa về bảo quản hoặc giải phóng hàng đối với số hàng đúng; căn cứ theo quyết định của Chi cục trưởng công chức kiểm tra thực tế ghi những mục hàng bị tạm giữ vào ô số 32, ghi “Giải phóng hàng” hoặc “Đưa hàng hóa về bảo quản” vào ô 35 trên tờ khai hải quan điện tử nhập khẩu và ký tên, đóng dấu công chức;
Niêm phong hồ sơ hải quan và mẫu hàng hóa (nếu có); gửi bằng thư bảo đảm cho Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử để xử lý theo quy định đối với hàng hóa vi phạm;
Thực hiện theo quyết định xử lý vi phạm của Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử đối với số hàng tạm giữ.
2.5. Trường hợp thực tế hàng hóa xuất khẩu thiếu so với khai của người khai hải quan:
Công chức kiểm tra thực tế hàng hóa ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa vào Phiếu ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa;
Lập biên bản vi phạm: 02 bản (01 bản giao cho người khai hải quan, 01 bản gửi Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử), sao 01 bản để lưu;
Chi cục trưởng xem xét, quyết định thông quan hàng hóa. Căn cứ theo quyết định của Chi cục trưởng, công chức kiểm tra thực tế, ký tên, đóng dấu công chức vào ô 32 đối với tờ khai hải quan điện tử xuất khẩu, trả 01 bộ hồ sơ hải quan cho người khai hải quan.
Niêm phong hồ sơ hải quan; gửi bằng thư bảo đảm cho Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử để xử lý theo quy định đối với hàng hóa vi phạm;
Thực hiện theo quyết định xử lý vi phạm của Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử đối với số hàng tạm giữ.
2.6. Trường hợp thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có sự sai lệch so với khai của người khai hải quan dẫn đến phải điều chỉnh số thuế phải nộp hoặc vi phạm chính sách mặt hàng, khai báo sai chủng loại đối với hàng hóa xuất khẩu của toàn bộ lô hàng thì:
Công chức kiểm tra thực tế hàng hóa ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa vào Phiếu ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa;
Lập biên bản vi phạm: 02 bản (01 bản giao cho người khai hải quan, lưu 01 bản sao (photo), 01 bản gửi Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử);
Niêm phong hồ sơ lô hàng gửi bằng thư bảo đảm cho Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử để xử lý theo quy định đối với hàng hóa vi phạm;
Thực hiện theo quyết định xử lý vi phạm của Chi cục Hải quan nơi thực hiện thủ tục hải quan điện tử.
III. Xác nhận thực xuất
1. Công chức thực hiện xác nhận thực xuất căn cứ trên thông tin về chứng từ vận tải chính thức, hóa đơn tài chính (hoặc chứng từ xác nhận hàng hóa đưa vào khu phi thuế quan đối với hàng hóa bán cho doanh nghiệp chế xuất, khu phi thuế quan) do người khai hải quan khai để xác nhận thực xuất trên hệ thống.
Trường hợp hệ thống yêu cầu người khai hải quan xuất trình một trong các chứng từ quy định tại Khoản 1

Điều 27 Thông tư 222/2009/TT-BTC, công chức được phân công kiểm tra đối chiếu chứng từ với các thông tin của tờ khai trên hệ thống. Nếu kết quả kiểm tra phù hợp thì cập nhật kết quả xác nhận thực xuất vào hệ thống, lưu chứng từ theo bộ hồ sơ hải quan, xác nhận thực xuất vào ô 33 trên tờ khai hải quan điện tử in.
2. Khi người khai hải quan đề nghị xác nhận thực xuất vào Tờ khai hải quan điện tử in, công chức được phân công xác nhận thực xuất căn cứ thông tin thực xuất trên hệ thống ký, đóng dấu số hiệu công chức vào ô 33 trên tờ khai hải quan điện tử in (Bản của người khai HQ), cập nhật thông tin vào hệ thống.

Điều 178 Luật Thương mại, đối chiếu nội dung của hợp đồng gia công với quy định tại

Điều 30 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/1/2006 của Chính phủ và các quy định khác của pháp luật có liên quan.
b. Để xác định mặt hàng được phép nhận gia công: Đối chiếu mặt hàng gia công ghi trong hợp đồng gia công với quy định tại

Điều 29, Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/1/2006 của Chính phủ; điểm 1, điểm 2

Điều 32 Thông tư số 222/2009/TT-BTC.
2.2. Thủ tục kiểm tra.
a. Trường hợp việc kiểm tra được thực hiện tại Chi cục Hải quan quản lý hợp đồng gia công:
a.1. Kiểm tra giấy tờ chứng minh quyền sử dụng hợp pháp về nhà xưởng, mặt bằng sản xuất. Nếu là hợp đồng thuê nhà xưởng, mặt bằng sản xuất thì thời hạn hiệu lực của hợp đồng thuê phải bằng hoặc kéo dài hơn thời hạn hiệu lực của hợp đồng gia công.
a.2. Kiểm tra quyền sở hữu, quyền sử dụng đối với máy móc, thiết bị tại cơ sở sản xuất với khai của người khai hải quan trong văn bản giải trình để xác định máy móc, thiết bị có thuộc quyền sở hữu hoặc sử dụng của người khai hải quan. Nội dung kiểm tra: kiểm tra các tờ khai nhập khẩu (nếu có); hóa đơn, chứng từ mua máy móc, thiết bị (nếu mua trong nước); hợp đồng thuê tài chính (nếu thuê tài chính). Đối với hợp đồng thuê tài chính thì thời hạn hiệu lực của hợp đồng thuê phải bằng hoặc kéo dài hơn thời hạn hiệu lực của hợp đồng gia công.
a.3. Kiểm tra năng lực quản lý đối với doanh nghiệp đã hoạt động: Kiểm tra việc tổ chức theo dõi, quản lý thực hiện hợp đồng gia công; quản lý định mức; quản lý nguyên liệu nhập khẩu, sản phẩm xuất khẩu; thanh khoản hợp đồng gia công … trên sổ sách hoặc trên hệ thống máy tính của doanh nghiệp nhằm đánh giá hoạt động thực chất của doanh nghiệp về hợp đồng gia công cần kiểm tra.
a.4. Kết thúc kiểm tra, công chức Hải quan lập Biên bản chứng nhận kết quả kiểm tra (theo mẫu biên bản chứng nhận ban hành kèm theo Thông tư hướng dẫn Nghị định số 97/2007/NĐ-CP ngày 07/06/2007 và Nghị định số 18/2009/NĐ-CP ngày 18/2/2009), trong đó xác định rõ:
a.4.1. Quyền sử dụng đất đai, nhà xưởng (giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc hợp đồng thuê đất, nhà xưởng …);
a.4.2. Quyền sở hữu, quyền sử dụng của doanh nghiệp đối với máy móc, thiết bị nhập khẩu theo tờ khai nhập khẩu ….; mua trong nước theo hợp đồng …; hoặc thuê theo hợp đồng thuê …;
a.4.3. Số lượng, chủng loại máy móc, thiết bị thực tế hiện có so với khai của doanh nghiệp trong văn bản giải trình;
a.4.4. Tình trạng hoạt động của doanh nghiệp (tình hình nhân lực bố trí trên dây chuyền sản xuất, số lao động hiện có tại thời điểm kiểm tra, bảng lương, bảo hiểm …).
Biên bản chứng nhận kết quả kiểm tra phải có đầy đủ chữ ký, đóng dấu của công chức Hải quan thực hiện kiểm tra cơ sở sản xuất và đại diện doanh nghiệp cùng ký (Giám đốc hoặc người được Giám đốc ủy quyền bằng văn bản).
a.5. Trên cơ sở biên bản chứng nhận kết quả kiểm tra, lập kết luận kiểm tra (theo Mẫu số 8 Phụ lục 3: 01/KLCSSX-GC/2009).
a.6. Gửi kết luận kiểm tra cho Giám đốc doanh nghiệp để thực hiện.
b. Trường hợp việc kiểm tra cơ sở sản xuất do Chi cục hải quan khác nơi có cơ sở sản xuất hoặc trụ sở của doanh nghiệp đóng trên địa bàn thực hiện:
b.1. Công việc của Chi cục Hải quan nơi đăng ký hợp đồng gia công:
b.1.1. Niêm phong hồ sơ hải quan do doanh nghiệp nộp theo quy định tại tiết b.2.2 điểm 2.1

Điều 32 Thông tư số 222/2009/TT-BTC và lập văn bản đề nghị gửi đến Chi cục Hải quan nơi có cơ sở sản xuất hoặc trụ sở của doanh nghiệp đóng trên địa bàn thực hiện việc kiểm tra cơ sở sản xuất; giao doanh nghiệp chuyển cho Chi cục Hải quan nơi thực hiện kiểm tra cơ sở sản xuất;
b.1.2. Quyết định việc có đảm bảo hay không đảm bảo điều kiện thực hiện hợp đồng gia công trên cơ sở kết luận kiểm tra cơ sở sản xuất của Chi cục hải quan nơi thực hiện việc kiểm tra cơ sở sản xuất; gửi thông tin phản hồi đến người khai hải quan;
b.1.3. Lưu hồ sơ hải quan theo quy định.
b.2. Công việc của Chi cục hải quan khác nơi có cơ sở sản xuất hoặc trụ sở của doanh nghiệp đóng trên địa bàn:
b.2.1. Tiếp nhận bộ hồ sơ đăng ký hợp đồng gia công và thực hiện việc kiểm tra cơ sở sản xuất theo yêu cầu của Chi cục hải quan nơi quản lý hợp đồng gia công tại văn bản;
b.2.2. Thực hiện các nội dung kiểm tra theo quy định tại a.1, a.2, a.3, a.4, a.5 Tiết 2.2 Điểm 2 Khoản I

Điều 32 Thông tư 222/2009/TT-BTC, công chức tiếp nhận hợp đồng/phụ lục hợp đồng trực tiếp kiểm tra nội dung thông tin sửa trên hệ thống, căn cứ kết quả kiểm tra để quyết định việc đăng ký sửa đổi hợp đồng/phụ kiện hợp đồng của người khai hải quan.
3.2. Trường hợp sửa đổi, bổ sung hợp đồng/phụ lục hợp đồng quy định tại Tiết c Điểm 4.1 Khoản 4

Điều 32 Thông tư 222/2009/TT-BTC, công chức tiếp nhận hợp đồng/phụ lục hợp đồng đề xuất, Chi cục trưởng Chi cục hải quan nơi quản lý hợp đồng gia công quyết định việc cho phép sửa đổi sai sót trong khai báo hợp đồng/phụ lục hợp đồng.
II. Thủ tục nhập khẩu nguyên liệu, vật tư
1. Thủ tục hải quan điện tử đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công cho thương nhân nước ngoài thực hiện theo quy trình thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa nhập khẩu theo hợp đồng mua bán (trừ việc kiểm tra tính thuế).
Khi có yêu cầu kiểm tra hồ sơ thì thực hiện việc kiểm tra theo quy định tại Bước 2, Khoản I,

Điều 22 Thông tư số 222/2009/TT-BTC.
2.2. Thủ tục lấy mẫu.
a. Đối với lô hàng nhập khẩu phải kiểm tra thực tế hàng hóa (việc kiểm tra thực tế hàng hóa do Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai thực hiện).
Khi kiểm tra thực tế hàng hóa, công chức hải quan thực hiện việc lấy mẫu theo trình tự sau:
a.1. Lập phiếu lấy mẫu (theo Mẫu số 9 Phụ lục 3: 02-PLM/2009 ban hành kèm theo Quyết định này): 02 bản; 01 bản hải quan lưu, 01 bản giao doanh nghiệp;
a.2. Lấy mẫu, niêm phong mẫu nguyên liệu cùng phiếu lấy mẫu, cùng đại diện chủ hàng ký lên phiếu lấy mẫu, giao doanh nghiệp tự bảo quản để xuất trình cho cơ quan hải quan khi có yêu cầu;
a.3. Ghi tên nguyên liệu, vật tư đã lấy mẫu lên Phiếu ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hóa, cập nhật kết quả lấy mẫu vào Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
b. Đối với lô hàng nhập khẩu phải kiểm tra thực tế hàng hóa (việc kiểm tra thực tế hàng hóa do Chi cục Hải quan khác Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai thực hiện).
b.1. Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai nhập khẩu đề nghị Chi cục hải quan kiểm tra hàng hóa lấy mẫu. Nội dung lấy mẫu được thể hiện trên tờ khai hải quan điện tử in;
b.2. Chi cục hải quan kiểm tra hàng hóa: thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa và lấy mẫu nguyên liệu theo đề nghị của Chi cục Hải quan thực hiện thủ tục hải quan điện tử. Trình tự lấy mẫu thực hiện theo hướng dẫn tại a, Tiết 2.2, Điểm 2, Khoản II

Điều 40 Thông tư 222/2009/TT-BTC.
1.4. Bước 4: Xác nhận hoàn thành thanh khoản.
a. Báo cáo Lãnh đạo Chi cục phê duyệt kết quả thanh khoản;
b. Lập biên bản vi phạm hành chính đối với các trường hợp vi phạm về thủ tục thanh khoản và xử lý vi phạm theo quy định;
c. Xác nhận hoàn thành thủ tục thanh khoản.
c.1. Đối với trường hợp không phải kiểm tra chi tiết hồ sơ thanh khoản: Xác định việc hoàn thành việc thanh khoản trên hệ thống và phản hồi “Thông báo chấp nhận kết quả thanh khoản” cho doanh nghiệp;
c.2. Đối với trường hợp phải kiểm tra chi tiết hồ sơ thanh khoản:
Xác nhận việc hoàn thành thủ tục thanh khoản trên hệ thống cùng với thực hiện xác nhận lên 02 bản của Bảng thanh khoản hợp đồng gia công do doanh nghiệp nộp.
Nội dung xác nhận tại Bảng thanh khoản hợp đồng gia công phải ghi rõ nguyên liệu dư thừa; máy móc, thiết bị thuê, mượn (nếu có) đã chuyển sang hợp đồng/phụ kiện hợp đồng gia công nào, theo tờ khai nào, hoặc đã tái xuất/tiêu thụ nội địa, biếu tặng theo tờ khai nào, phế liệu, phế phẩm đã tiêu thụ nội địa/biếu tặng/tái xuất theo tờ khai nào hoặc đã tiêu hủy theo biên bản nào;
Ghi ngày, tháng, năm, ký tên, đóng dấu công chức tại 02 Bảng thanh khoản hợp đồng gia công; Trả doanh nghiệp 01 bản, lưu 01 bản cùng bộ hồ sơ thanh khoản.
2. Tổ chức thực hiện thanh khoản
2.1. Tùy theo điều kiện cụ thể tại từng Chi cục hải quan để bố trí bộ phận chuyên trách theo dõi thanh khoản hoặc phân công công chức chuyên theo dõi, thanh khoản hợp đồng gia công/phụ lục hợp đồng gia công.
Nhiệm vụ của bộ phận công chức chuyên theo dõi, thanh khoản hợp đồng gia công/phụ lục hợp đồng gia công (nếu không thành lập bộ phận chuyên trách):
a. Theo dõi được toàn bộ số lượng hợp đồng gia công/phụ lục hợp đồng gia công đăng ký tại đơn vị; tình trạng hoạt động của doanh nghiệp; thời hạn thanh khoản của các hợp đồng gia công/phụ lục hợp đồng gia công để áp dụng biện pháp xử lý thích hợp theo hướng dẫn tại Thông tư số 77/2008/TT-BTC ngày 15/9/2008 của Bộ Tài chính; công văn số 1301/TCHQ-GSQL ngày 02/3/2007; Công văn số 7264/TCHQ-GSQL ngày 27/12/2007 của Tổng cục Hải quan.
b. Thanh khoản dứt điểm các hợp đồng gia công/phụ lục hợp đồng gia công được phân công theo dõi.
c. Đề xuất biện pháp xử lý đối với trường hợp khi thanh khoản phát hiện có nghi vấn về cơ sở sản xuất, định mức, về nguyên liệu cấu thành trên sản phẩm xuất khẩu (về chất liệu, quy cách phẩm chất, xuất xứ) không phù hợp với nguyên liệu nhập khẩu hoặc nguyên liệu cấu thành trên sản phẩm xuất khẩu không phù hợp về tên gọi, chủng loại với nguyên liệu khai trong bảng định mức … trình Lãnh đạo Chi cục xử lý kịp thời.
d. Đề xuất và tham gia xác minh doanh nghiệp bỏ trốn, mất tích.
e. Chủ động phối hợp với các cơ quan như Cục Thuế địa phương, Sở Kế hoạch và Đầu tư, Công an và chính quyền địa phương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở để nắm tình hình hoạt động của từng doanh nghiệp để có biện pháp quản lý phù hợp.
2.2. Nếu phát hiện dấu hiệu nghi vấn doanh nghiệp có hành vi vi phạm pháp luật hải quan (trong đó có nghi vấn về định mức gia công) thì đề xuất lãnh đạo Chi cục tổ chức kiểm tra định mức theo hướng dẫn tại

Điều 35 Thông tư số 222/2009/TT-BTC hoặc có văn bản trình lãnh đạo Cục Hải quan duyệt chuyển Chi cục Kiểm tra sau thông quan.

Điều 42 Thông tư số 222/2009/TT-BTC.
2. Trình tự các bước đăng ký hợp đồng gia công được thực hiện tương tự Khoản I,

Điều 44 Thông tư số 222/2009/TT-BTC.
2. Thủ tục đăng ký, điều chỉnh, kiểm tra định mức thực hiện như quy định tại Khoản III,

Điều 45 Thông tư số 222/2009/TT-BTC, trình tự thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa nhập khẩu theo hợp đồng mua bán ban hành kèm theo Quyết định này. Ngoài ra hệ thống còn kiểm tra đối chiếu sự phù hợp mã sản phẩm, đơn vị tính, tên hàng với danh mục sản phẩm nhập khẩu, định mức sản phẩm nhập khẩu.
V. Thủ tục thanh khoản hợp đồng gia công tại nước ngoài
1. Trình tự tiến hành các bước thanh khoản
1.1. Bước 1: Trên cơ sở thông tin khai báo của người khai hải quan đã được hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan tiếp nhận, công chức được giao nhiệm vụ thanh khoản hợp đồng gia công thực hiện các nhiệm vụ tại bước 2.
1.2. Bước 2: Công chức thanh khoản hợp đồng gia công thực hiện việc kiểm tra đối chiếu; kiểm tra chứng từ thanh khoản do người khai hải quan xuất trình như đối với trường hợp hàng hóa gia công cho thương nhân nước ngoài.
1.3. Bước 3: Công chức thanh khoản hợp đồng gia công giải quyết nguyên liệu thừa, máy móc, thiết bị, tạm xuất phục vụ gia công. Đồng thời thông báo cho công chức kiểm tra chi tiết hồ sơ, thuế, giá thực hiện tính thuế xuất khẩu đối với sản phẩm gia công bán tại nước ngoài.
Việc giải quyết nguyên liệu thừa; máy móc, thiết bị tạm xuất thực hiện như sau:
a. Nhập trở lại Việt Nam:
a.1. Nếu là nguyên liệu, máy móc, thiết bị trong nước xuất ra nước ngoài để phục vụ gia công thì các bước thủ tục thực hiện theo hàng tái nhập.
a.2. Nếu từ nguồn nguyên liệu, máy móc, thiết bị mua tại nước ngoài thì làm thủ tục như hàng nhập khẩu theo hợp đồng mua bán.
b. Bán tại nước ngoài: nếu là nguyên liệu, máy móc, thiết bị từ trong nước xuất ra nước ngoài để phục vụ gia công thì thu thuế xuất khẩu (nếu có).
1.4. Bước 4: Phản hồi “Thông báo chấp nhận kết quả thanh khoản”, hướng dẫn các thủ tục tiếp theo hoặc “Thông báo từ chối kết quả thanh khoản” kèm theo lý do từ chối cho người khai hải quan.

Điều 49 Thông tư số 222/2009/TT-BTC. Ngoài ra, hướng dẫn thêm như sau:
1. Mẫu dấu chữ, mẫu xác nhận lượng nguyên liệu vật tư chưa thanh khoản.
1.1. Mẫu dấu chữ thanh khoản theo Mẫu số 4, Phụ lục 3.
1.2. Mẫu xác nhận lượng nguyên liệu, vật tư chưa sử dụng thanh khoản cho tờ khai điện tử xuất khẩu sản phẩm theo Mẫu số 10 Phụ lục 3.
2. Thủ tục thanh khoản số lượng nguyên liệu, vật tư.
2.1. Bước 1: Tiếp nhận yêu cầu thanh khoản
Khi tiếp nhận yêu cầu thanh khoản, công chức kiểm tra, đối chiếu kết quả thanh khoản tại hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan và thực hiện các công việc sau:
Trường hợp kiểm tra các nội dung phù hợp công chức thanh khoản phản hồi trên hệ thống “Thông báo chấp nhận kết quả thanh khoản” cho người khai hải quan biết;
Trường hợp kiểm tra kết quả thanh khoản còn tồn một lượng nguyên liệu nhỏ trên các tờ khai nhập khẩu (lượng nguyên liệu này không ảnh hưởng đến kết quả thanh khoản), cán bộ thanh khoản có báo cáo tất toán số nguyên liệu trên trình Chi cục trưởng phê duyệt.
Trường hợp kiểm tra kết quả thanh khoản có cân đối âm và các sai sót, cán bộ thanh khoản báo cáo Chi cục trưởng đề nghị người khai hải quan có giải trình. Trên cơ sở ý kiến phê duyệt của Chi cục trưởng, công chức thanh khoản nhập máy các yêu cầu đề nghị giải trình và phản hồi trên hệ thống cho người khai hải quan biết để thực hiện. Sau khi tiếp nhận giải trình từ người khai hải quan, công chức thanh khoản hồ sơ có nhiệm vụ kiểm tra giải trình nếu giải trình phù hợp, công chức thanh khoản báo cáo Chi cục trưởng chấp nhận giải trình và gửi “Thông báo chấp nhận kết quả thanh khoản” cho người khai hải quan.
Trường hợp kết quả giải trình phát hiện sai phạm của người khai hải quan tại khâu thanh khoản thì lập biên bản vi phạm và đề xuất xử lý theo quy định, báo cáo Chi cục trưởng Chi cục hải quan thực hiện thủ tục hải quan điện tử để hủy kết quả thanh khoản. Thông qua hệ thống, gửi thông báo hủy thanh khoản tới người khai hải quan.
2.2. Bước 2: Tiếp nhận hồ sơ thanh khoản do doanh nghiệp nộp, xuất trình.
Căn cứ trên cơ sở chấp nhận kết quả thanh khoản và hồ sơ do doanh nghiệp nộp/xuất trình, Chi cục hải quan nơi làm thủ tục thanh khoản xét hoàn thuế, không thu thuế theo khoản 2

Điều 49 Thông tư 222/2009/TT-BTC,

Điều 117,

Điều 126,

Điều 127,

Điều 128,

Điều 131 Thông tư 79/2009/TT-BTC và Quy trình xét hoàn thuế, không thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu ban hành kèm theo Quyết định số 2424/QĐ-TCHQ ngày 27/11/2008 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan.
3. Sửa đổi, bổ sung nội dung thông tin thanh khoản.
3.1. Thời gian sửa đổi, bổ sung: trước khi cơ quan hải quan kiểm tra, đối chiếu được sửa đổi, bổ sung tất cả các thông tin. Ngoài thời gian trên việc sửa đổi, bổ sung phải có lý do hợp lý và được cơ quan hải quan chấp nhận. Chi cục trưởng quyết định đối với từng trường hợp cụ thể.
3.2. Công chức được giao nhiệm vụ thực hiện việc thanh khoản lại theo các bước đã được quy định tại Điểm 2 Khoản IV