THÔNG TƯ Hướng dẫn thực hiện việc miễn thuế, giảm theo quy đinh tại nghị định 51/1999/NĐ-CP ngày 08/7/1999 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật khuyến khích đầu tư trong nước (sửa đổi) số 03/1998/QH10

Điều 16 của nghị định thì được hưởng ưu đãi về thuế suất, miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại các

Điều 21 của nghị định. Trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, cơ sở sản xuất kinh doanh phải gửi hồ sơ đề nghị được hưởng các mức ưu đãi về thuế đã ghi trong giấy chứng nhận ưu đãi đầu tưu đến cơ quan thuế trực tiếp quản lý thu thuế cơ sở. Hồ sơ gồm có:
Văn bản đề ghị được hưởng các mức ưu đãi về thuế đã ghi trong giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư có đầy đủ chữ ký của của người đại diện hợp pháp và con dấu của đơn vị .
Quyết định thành lập và chứng nhận đăng ký kinh doanh (bản sao có công chứng hoặc bản sao y bản chính có ký tên đóng dấu của doanh nghiệp)
Quyết toán công trình hoặc biên vản bàn giao đưa công trình vào sử dụng (nếu chưa có quyết toán công trình)
Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư do Bộ kế hoạch đầu tư hặc Uỷ ban nhân dân tỉnh, Thành phố trực thuộc trung ương cấp (bản sao có công chứng hoặc bản sao ký tên đóng dấu của doanh nghiệp)
Tờ khai đăng ký thuế.
b) Đối với dự án đầu tư dây truyền sản xuất, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ.
Đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh có dự án đầu tư dây truyền sản xuất, mở rộng quy mô đổi mới công nghệ thuộc các ngành nghề, các lĩnh vực ưu đãi đầu tư quy định tại danh mục A Nghị định số 51/1999/NĐ-CPngày8/7/1999 của Chính phủ gồm: đầu tư thành lập phân xưởng sản xuất; lắp đặt dây truyền sản xuất mới, lắp đặt trang, thiết bị mới để bổ sung cho dây truyền sản xuất hiện có; lắp đặt máy móc, thiết bị mới thay thế cho toàn bộ hoặc từng bộ phận hoàn chỉnh máy móc, thiết bị của dây truyền sản xuất hiện có, ứng dụng công nghệ mới vào sản xuất được hưởng các mức ưu đãi về thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của

Điều 23 của Nghị định số 51/1999/NĐ-CP.
Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng hưởng ưu đãi này phải gửi hồ sơ cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý thu thuế cơ sở, hồ sơ gồm có:
Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư do Bộ kế hoạch đầu tư hoặc Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương cấp (bản sao có công chứng hoặc sao y bản chính có ký tên đóng dấu của doanh nghiệp)
Văn bản đề nghị của cơ sở kinh doanh nêu rõ lý do miễn, giảm thuế kèm theo:
Đối với doanh nghiệp Nhà nước là luận chứng đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt, quyết toán công trình hoặc biên bản bàn giao đưa công trình vào sử dụng (nếu chưa có quyết toán).
Đối với công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần là luận chứng đầu tư được hội đồng thành viên hay chủ sở hữu công ty phê duyệt, quyết toán công trình hoặc biên bản bàn giao đưa công trình vào sử dụng.
Đối với doanh nghiệp tư nhân là hợp đồng và bản quyết toán hợp đòng xây dựng, lắp đặt máy móc thiết bị, trường hợp tự xây dựng phải xuất trình hoá đơn, chứng từ mua vật tư, máy móc thiết bị và thực tế máy móc thiết bị đã dược lắp đặt sử dụng.
Báo cáo quyết toán tài chính và quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của cơ sở kinh doanh trước năm đầu tư và sau năm đầu tư xin miễn thuế, giảm thuế.
Cơ sở kinh doanh căn cứ vào mức độ miễn, giảm thuế phải tự tính toán và hạch toán riêng phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mới mang lại, số thuế được miễn, giảm và số thuế phải nộp từng kỳ cũng như cả năm, thực hiện quyết toán với cơ quan thuế theo quy định. Trường hợp cơ sở kinh doanh không hạch toán riêng được thu nhập chịu thuế tăng thêm do đầu tư dây truyền sản xuất, mở rộng quy mô đổi mới công nghệ thì thu nhập chịu thuế tăng thêm được xác định căn cứ theo tỷ lệ giữa giá trị đầu tư tăng thêm tên tổng trị giá tài sản cố định hiện có của cơ sở kinh doanh. Hàng năm khi quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, cơ quan thuế xác định chính thức số thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn, giảm.
c) Đối với dự án BOT, BTO.
Cơ sở kinh doanh thực hiện dự án BOT, BTOđược miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại

Điều 22 nghị định số 51/1999-NĐ-CP ngày 8/7/1999 của Chính phủ. Cơ sở kinh doanh phải gửi hồ sơ đến cơ quan thuế thực tiếp quản lý thu thuế, hồ sơ gồm:
Văn bản đề nghị của cơ sở kinh doanh.
Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư do Bộ kế hoạch và đầu tư UBND tỉnh. Thành phố trực thuộc trung ương (bản sao có công chứng hoặc bản sao có ký tên đóng dấu của doanh nghiệp).
Dự án đầu tư theo hình thức BOT hoặc BTO được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
2. Trình tự và thẩm quyền xét quyết định miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp.
Cơ quan thuế quản lý thu thuế cơ sở kinh doanh khi nhận được hồ sơ miễn, giảm thuế của cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nêu tại điểm 1a, 1b, 1c trên có trách nhiệm kiểm tra hồ sơ của đơn vị.
Trong thời hạn tối đa 30 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan thuế trực tiếp quản lý đơn vị phải ra quyết định về việc miễn thuế, giảm thuế và thời hạn được miễn giảm thuế đã ghi trong giấy chứng nhận đầu tư.
Trường hợp kiểm tra hồ sơ của đơn vị không hợp lệ hoặc không đúng đốí tượng quy định tại Thông tư này thì trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ, cơ quan thuế phải trả lời bằng văn bản cho đơn vị biết.
Căn cứ vào mức được miễn thuế, giảm thuế, cơ sở kinh doanh tự xác định số được miễn, giảm, số phải nộp thực hiện kê khai nộp thuế từng kỳ cũng như quyết toán cả năm, thực hiện quyết toán thuế với cơ quan thuế theo quy định. Hàng năm, khi quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp cơ quan thuế phải thông báo chính thức về số thuế phải nộp, số thuế đươc miễn, giảm theo giấy chứng nhận đầu tư. Nếu số thuế cơ sở đã tạm nộp trong chưa đư so vớ số thuế phải nộp ghi trong thông báo thuế thì cơ sơ phái nộp đủ số thuế còn thiếu theo dúng thời hạn ghi trong thôngbáo thuế, trường hợp cơ sở trong năm nộp thừa so vói so với số thuế đã ghi trong thông báo nộp thuế thì được trừ vào số thuế phải nộp vào kỳ tiếp theo. trong quảtình kiểm tra quyết toán thuế nếu phát hiện cơ sở kinh doanh có hành vi khai man, trốn thuế, thì ngoài việc chi thu thuế còn bị xử phạt theo luật định, số thuế cơ sở phải nộp do bị truy thu không được miễn thuế, giảm thuế theo giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư. Trường hợp các cơ sở kinh doanh không thực hiện đúng quy định nêu tại điểm 6