THÔNG TƯ Sửa đổi Thông tư số 146/1999/TT-BTC ngày 17/12/1999 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện việc miễn thuế, giảm thuế cho các đối tượng được hưởng ưu dãi đầu tư theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP ngày 08/7/1999 của Chính phủ quy đinh chi tiết thi hành Luật Khuyến khích đầu tư trong nước (sửa đổi) số 03/1998/QH10

Điều 20 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP theo các mức thuế suất ưu đãi dưới đây:
2. Mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi:
2.1. Thuế suất 25% đối với dự án đầu tư vào ngành nghề quy định tại Danh mục A ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
2.2. Thuế suất 25% đối với dự án đầu tư thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục B ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
2.3. Thuế suất 20% đối với dự án đầu tư vào ngành nghề quy định tại Danh mục A và thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục B ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
2.4. Thuế suất 20% đối với dự án đầu tư thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục C ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
2.5. Thuế suất 15% đối với dự án đầu tư vào ngành nghề quy định tại Danh mục A và thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục C ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP.
Cơ sở sản xuất, kinh doanh nêu tại điểm 1

Điều 21 của Nghị định số 51/1999/NĐ-CP theo thời gian và các mức ưu đãi dưới đây:
b. Thời gian và mức miễn thuế, giảm thuế:
Được miễn hai năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp cho hai năm tiếp theo đối với dự án đáp ứng một điều kiện quy định tại

Điều 15 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Được miễn hai năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp cho bốn năm tiếp theo đối với dự án đáp ứng cả hai điều kiện quy định tại

Điều 15 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Được miễn ba năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp cho năm năm tiếp theo đối với dự án đầu tư vào ngành nghề quy định tại Danh mục A và thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục B ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Được miễn ba năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp cho bảy năm tiếp theo đối với dự án đầu tư đáp ứng cả hai điều kiện quy định tại

Điều 15 và được thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục B ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Được miễn bốn năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp cho bảy năm tiếp theo đối với dự án đầu tư vào ngành nghề quy định tại Danh mục A và thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục C ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Được miễn bốn năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp cho chín năm tiếp theo đối với dự án đầu tư đáp ứng cả hai điều kiện quy định tại

Điều 15 và được thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục C ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP.
Các mức ưu đãi miễn thuế, giảm thuế nêu trên chỉ áp dụng đối với phần thu nhập chịu thuế của ngành nghề, lĩnh vực kinh doanh được hưởng ưu đãi đầu tư. Trường hợp, cơ sở sản xuất kinh doanh không hạch toán riêng được phần thu nhập chịu thuế của ngành nghề, lĩnh vực kinh doanh được hưởng ưu đãi đầu tư, thì phần thu nhập chịu thuế được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế xác định tương ứng theo tỷ lệ (%) doanh thu của ngành nghề, lĩnh vực kinh doanh được hưởng ưu đãi đầu tư với tổng doanh thu của cơ sở sản xuất kinh doanh.
Đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập theo dự án đầu tư có thu nhập chịu thuế ngay từ năm hoàn thành đầu tư đưa vào sản xuất, kinh doanh, nhưng thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh của năm đầu dưới 6 tháng thì doanh nghiệp có thể đăng ký thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp với cơ quan thuế địa phương bắt đầu từ năm tiếp sau.
Đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư thành lập cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thuộc diện được hưởng ưu đãi đầu tư thì việc ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện như sau:
Nếu cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập là đơn vị được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, thực hiện hạch toán kết quả kinh doanh và thực hiện đăng ký, kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp với cơ quan thuế thì đơn vị được áp dụng thời gian và mức miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo hướng dẫn tại điểm 1 . 1.b

Điều 23 của Nghị định số 51/1999/NĐ-CP theo thời gian và mức ưu đãi dưới đây:
b. Thời gian và mức ưu đãi:
Được miễn một năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong bốn năm tiếp theo;
Được miễn ba năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong năm năm tiếp theo đối với dự án đầu tư thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục B ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Được miễn bốn năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong bảy năm tiếp theo đối với dự án đầu tư thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục C ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP.
Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với dự án đầu tư mở rộng quy mô, đầu tư chiều sâu được xác định theo một trong hai cách sau đây:
Tính từ năm dự án đầu tư hoàn thành đưa vào sản xuất, kinh doanh;
Tính từ năm tiếp sau năm dự án đầu tư hoàn thành đưa vào sản xuất, kinh doanh.
Đối với những dự án đầu tư có thời gian thực hiện trên một năm và chia ra làm nhiều hạng mục đầu tư thì cơ sở sản xuất, kinh doanh được áp dụng thời gian tính miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo từng hạng mục đầu tư hoàn thành đưa vào sản xuất, kinh doanh hoặc tính chung cho cả dự án đầu tư hoàn thành đưa vào sản xuất, kinh doanh.
Căn cứ vào tình hình thực hiện dự án đầu tư và thời gian tính miễn thuế, giảm thuế nêu trên, cơ sở sản xuất, kinh doanh đăng ký với cơ quan thuế thời gian miễn thuế, giảm thuế cụ thể đối với đơn vị mình. Bản đăng ký thời gian miễn thuế, giảm thuế được lập và gửi cơ quan thuế cùng với bản sao giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư.
Cơ sở sản xuất, kinh doanh phải hạch toán riêng phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mang lại để xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn, giảm. Trường hợp cơ sở sản xuất, kinh doanh không hạch toán riêng được phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng quy mô, đầu tư chiều sâu thì thu nhập chịu thuế tăng thêm được xác định căn cứ theo tỷ lệ giữa giá trị tài sản cố định đầu tư mới đưa vào sử dụng trên tổng giá trị còn lại của tài sản cố định (bao gồm cả giá trị của tài sản đầu tư mới đưa vào sử dụng) tại thời điểm xét miễn thuế, giảm thuế.
1.3. Đối với dự án BOT, BTO:
a. Đối tượng áp dụng:
Cơ sở sản xuất, kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư thực hiện theo hình thức hợp đồng xây dựng - kinh doanh - chuyển giao (BOT) hoặc hợp đồng xây dựng - chuyển giao - kinh doanh (BTO) được ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại

Điều 22 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP theo thời gian và mức ưu đãi dưới đây:
b. Thời gian và mức ưu đãi:
Miễn thuế bốn năm, kể từ khi có thu nhập chịu thuế và giảm 50% số thuế phải nộp trong chín năm tiếp theo đối với phần thu nhập có được do thực hiện dự án đầu tư theo hình thức BOT và BTO cho các cơ sở sản xuất, kinh doanh nêu tại điểm I.3.a

Điều 24 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP
1.5. Ưu đãi bổ sung về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với cơ sở sản xuất kinh doanh hàng xuất khẩu:
a. Đối tượng áp dụng:
Cơ sở sản xuất, kinh doanh hàng xuất khẩu thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư, ngoài các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại các

Điều 20, 21, 22, 23 và 24 của Nghị định số 51/1999/NĐ-CP còn được hưởng thêm ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại

Điều 27 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP theo thời gian và mức ưu đãi dưới đây:
b. Thời gian và mức ưu đãi:
b.1. Được giảm 50% số thuế phải nộp cho phần thu nhập có được trong các trường hợp:
+ Năm đầu tiên xuất khẩu được thực hiện bằng cách xuất khẩu trực tiếp;
+ Năm đầu tiên xuất khẩu mặt hàng mới có tính năng kinh tế - kỹ thuật, tính năng sử dụng khác với mặt hàng trước đây doanh nghiệp đã xuất khẩu;
+ Năm đầu tiên xuất khẩu ra thị trường một quốc gia mới, hoặc lãnh thổ mới khác với thị trường trước đây.
b.2. Được giảm 50% số thuế phải nộp cho phần thu nhập tăng thêm do xuất khẩu trong năm tài chính đối với cơ sở có doanh thu xuất khẩu năm sau cao hơn năm trước;
b.3. Được giảm 20% số thuế phải nộp cho phần thu nhập có được do xuất khẩu trong năm tài chính đối với các trường hợp:
+ Có doanh thu xuất khẩu đạt tỷ trọng trên 50% tổng doanh thu;
+ Duy trì thị trường xuất khẩu ổn định về số lượng hoặc giá trị hàng hoá xuất khẩu trong ba năm liên tục trước đó.
b.4. Được giảm thêm 25% số thuế phải nộp cho phần thu nhập có được do xuất khẩu trong năm tài chính đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi về thuế theo hướng dẫn tại tiết b.1 , b.2 và b.3 điểm này, nếu dự án đầu tư thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục B ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP.
b.5. Được miễn toàn bộ số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp cho phần thu nhập có được do xuất khẩu trong năm tài chính đối với các cơ sở sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi về thuế theo hướng dẫn tại tiết b.1 , b.2 và b.3 điểm này, nếu thực hiện dự án đầu tư tại địa bàn quy định tại Danh mục C ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP.
Để có cơ sở thực hiện các mức ưu đãi bổ sung về thuế thu nhập doanh nghiệp theo hướng dẫn tại điểm 1.5

Điều 19 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP theo thời gian và mức ưu đãi dưới đây:
2.2. Thời gian và mức ưu đãi:
a. Cơ sở sản xuất, kinh doanh được Nhà nước giao đất để thực hiện dự án đầu tư thuộc ngành nghề quy định tại Danh mục A ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP được miễn thuế, giảm thuế sử dụng đất, kể từ khi được giao đất như sau:
Được giảm 50% thuế sử dụng đất trong bảy năm đối với dự án đầu tư thuộc ngành nghề quy định tại

Điều 15 Nghị định 51/1999/NĐ-CP được miễn nộp thuế sử dụng đất, kể từ khi được giao đất như sau:
Được miễn mười một năm đối với dự án đầu tư thuộc ngành nghề quy định tại Danh mục A ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Được miễn mười lăm năm đối với dự án đáp ứng đồng thời hai điều kiện quy định tại khoản 1, khoản 2

Điều 15 Nghị định 51/1999/NĐ-CP.
d. Cơ sở sản xuất, kinh doanh được Nhà nước giao đất để thực hiện dự án đầu tư tại địa bàn quy định tại Danh mục C ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP được miễn nộp thuế sử dụng đất, kể từ khi được giao đất như sau:
Được miễn mười một năm đối với dự án tại địa bàn quy định tại

Điều 26 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP theo mức ưu đãi dưới đây.
3.2. Mức ưu đãi:
Thiết bị, máy móc tạo thành tài sản cố định loại trong nước chưa sản xuất được hoặc trong nước đã sản xuất được nhưng chưa đáp ứng được yêu cầu chất lượng được miễn thuế nhập khẩu, bao gồm:
Thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng (nằm trong dây chuyền công nghệ) nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp hoặc mở rộng quy mô đầu tư, đổi mới công nghệ. Phương tiện vận chuyển chuyên dùng đưa đón công nhân.
Thiết bị, máy móc và phương tiện chuyên dùng nêu trên muốn được hưởng miễn thuế nhập khẩu phải được cơ quan có thẩm quyền quyết định cho hưởng ưu đãi đầu tư chấp nhận và phải đăng ký với hải quan cửa khẩu để thực hiện.
4. Về thuế chuyển lợi nhuận (thu nhập) ra nước ngoài
4.1. Đối tượng áp dụng:
Người Việt Nam định cư ở nước ngoài, người nước ngoài thường trú ở Việt Nam, người nước ngoài góp vốn, mua cổ phần khi chuyển thu nhập hợp pháp ra nước ngoài được ưu đãi về thuế chuyển lợi nhuận (thu nhập) ra nước ngoài quy định tại khoản 4

Điều 1 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP theo mức ưu đãi dưới đây:
4.2. Mức ưu đãi:
Nộp một khoản thuế bằng 5% số thu nhập hợp pháp chuyển ra nước ngoài.
Cách xác định số thuế phải nộp, thủ tục nộp thuế thực hiện theo

Điều 25 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP.
III. MIỄN, GIẢM TIỀN SỬ DỤNG ĐẤT
1. Đối tượng áp dụng:
Cơ sở sản xuất, kinh doanh được nhà nước giao đất để thực hiện hoạt động sản xuất, kinh doanh được ưu đãi về miễn, giảm tiền sử dụng đất phải nộp quy định tại

Điều 17 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP theo mức ưu đãi dưới đây.
2. Mức ưu đãi:
a. Được giảm 50% tiền sử dụng đất, nếu dự án đầu tư thuộc ngành, nghề, lĩnh vực quy định tại Danh mục A phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 51/199/NĐ-CP
b. Được giảm 75% tiền sử dụng đất, nếu dự án đầu tư được thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục B phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP.
c. Được miễn nộp tiền sử dụng đất trong các trường hợp:
Dự án đầu tư thuộc ngành, nghề, lĩnh vực quy định lại Danh mục A và được thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục B phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Dự án đầu tư được thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục C phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Các mức ưu đãi về tiền sử dụng đất nêu trên được xác định một lần tại thời điểm cơ sở sản xuất, kinh doanh được giao đất và phải tính số tiền sử dụng đất phải nộp ngân sách nhà nước theo quy định.
IV. MIỄN, GIẢM TIỀN THUÊ ĐẤT
1. Đối tượng áp dụng:
Cơ sở sản xuất, kinh doanh được nhà nước cho thuê đất để hoạt động sản xuất kinh doanh, được ưu đãi về tiền thuê đất quy định tại

Điều 18 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP theo thời gian và mức ưu đãi dưới đây.
2. Thời gian và mức ưu đãi:
a. Cơ sở sản xuất, kinh doanh được nhà nước cho thuê đất để thực hiện dự án đầu tư hoạt động sản xuất kinh doanh, nếu dự án đầu tư đáp ứng các điều kiện quy định tại

Điều 15 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP được miễn tiền thuê đất, kể từ khi ký hợp đồng thuê đất như sau:
Được miễn ba năm đối với dự án đầu tư đáp ứng một điều kiện quy định tại

Điều 15 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Được miễn sáu năm đối với dự án đầu tư đáp ứng đủ hai điều kiện quy định tại

Điều 15 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
b. Cơ sở sản xuất, kinh doanh được nhà nước cho thuê đất để thực hiện dự án đầu tư hoạt động sản xuất kinh doanh, nếu dự án đầu tư thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục B ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP được miễn nộp tiền thuê đất, kể từ khi ký hợp đồng thuê đất như sau:
Được miễn bảy năm đối với dự án tại địa bàn quy định tại

Điều 15 Nghị định 51/1999/NĐ-CP được miễn tiền thuê đất, kể từ khi ký hợp đồng thuê đất như sau:
Được miễn mười một năm đối với dự án đầu tư thuộc ngành nghề quy định tại Danh mục A ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP;
Được miễn mười ba năm đối với dự án đầu tư đáp ứng đồng thời hai điều kiện quy định tại khoản 1, khoản 2

Điều 15 Nghị định 51/1999/NĐ-CP.
d. Cơ sở sản xuất, kinh doanh được nhà nước cho thuê đất để thực hiện dự án đầu tư hoạt động sản xuất kinh doanh, nếu dự án đầu tư thực hiện tại địa bàn quy định tại Danh mục C ban hành kèm theo Nghị định số 51/1999/NĐ-CP được miễn nộp tiền thuê đất, kể từ khi ký hợp đồng thuê đất như sau:
Được miễn mười một năm đối với dự án tại địa bàn quy định tại

Điều 37 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP .
Hàng năm, căn cứ theo giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã được cấp, cơ sở sản xuất, kinh doanh tự xác định các khoản được ưu đãi về thuế, các khoản còn phải nộp vào Ngân sách nhà nước và thực hiện kê khai, nộp Ngân sách nhà nước theo từng kỳ cũng như quyết toán cả năm với cơ quan thuế theo chế độ qui định.
2. Riêng đối với các cơ sở sản xuất kinh doanh thuộc diện được hưởng ưu đãi về thuế theo hướng dẫn tại điểm 3

Điều 34 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP.
Hàng năm, khi thực hiện quyết toán thuế cơ quan thuế phải xác định chính thức các khoản ưu đãi về thuế mà cơ sở sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi đầu tư, số còn phải nộp Ngân sách nhà nước của cơ sở sản xuất, kinh doanh và thông báo cho cơ sở biết để nộp đủ số còn thiếu trong thời hạn quy định, hoặc số nộp thừa so với số phải nộp đã ghi trong thông báo của cơ quan thuế để giảm trừ vào số phải nộp của kỳ tiếp theo.
3. Cơ quan thuế trong quá trình kiểm tra quyết toán thuế, nếu phát hiện cơ sở sản xuất, kinh doanh có hành vi khai man, trốn thuế, thì không được giải quyết ưu đãi về thuế cho cơ sở sản xuất, kinh doanh. Cơ quan thuế phải thực hiện truy thu đủ số thuế đối với cơ sở sản xuất, kinh doanh có hành vi khai man, trốn thuế và áp dụng các biện pháp xử phạt theo luật định.
4. Cơ quan thuế các cấp phải mở hồ sơ, sổ theo dõi, lưu giữ đầy đủ các tài liệu liên quan đến các dự án được hưởng ưu đãi về thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này. Hàng năm cơ quan thuế thực hiện báo cáo về Bộ Tài chính (Tổng cục thuế) số đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước và số thuế và thu ngân sách nhà nước khác thực tế đã miễn, giảm cùng với báo cáo kết quả thực hiện thu ngân sách nhà nước của năm trên địa bàn.
5. Cán bộ thuế, hải quan, cá nhân khác lợi dụng chức vụ, quyền hạn cố ý làm trái quy định tại Nghị định số 51/1999/NĐ-CP và hướng dẫn tại Thông tư này, gây thiệt hại cho Ngân sách Nhà nước, thì tuỳ theo mức độ vi phạm mà bị xử lý kỷ luật, xử phạt hành chính hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.
III. HIỆU LỰC THI HÀNH
1. Các cơ sở sản xuất, kinh doanh đang hưởng ưu đãi theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước trước ngày 22 tháng 6 năm 1994 hoặc theo Nghị định số 07/1998/NĐ-CP ngày 15/1/1998 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật khuyến khích đầu tư trong nước được tiếp tục hưởng các ưu đãi về đầu tư cho đến hết thời gian còn lại theo Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp. Ưu đãi về thuế lợi tức ghi trong giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư được chuyển thành ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp kể từ ngày 1/1/1999 ưu đãi về thuế doanh thu ghi trong Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư được thực hiện đến hết ngày 31/12/1998.
2. Đối với các dự án có Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước trước ngày 22 tháng 6 năm 1994 hoặc theo Nghị định số 07/1998/NĐ-CP ngày 15/1/1998 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật khuyến khích đầu tư trong nước thuộc diện được hưởng các ưu đãi bổ sung về thuế sử dụng đất, tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế nhập khẩu quy định tại Nghị định số 51/1999/NĐ-CP, nếu được cơ quan có thẩm quyền cấp giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư bổ sung thì chỉ được hưởng ưu đãi cho thời gian ưu đãi còn lại, kể từ ngày Nghị định số 51/1999/NĐ-CP có hiệu lực thi hành.
3. Cơ sở sản xuất, kinh doanh đang hưởng các mức ưu đãi về thuế theo quy định tại Nghị định số 51/1999/NĐ-CP, nếu trong quá trình hoạt động có sự thay đổi về điều kiện hưởng ưu đãi thì phải thông báo cho cơ quan có thẩm quyền xem xét điều chỉnh, bổ sung hoặc chấm dứt ưu đãi trước thời hạn theo đúng quy định tại

Điều 34 Nghị định số 51/1999/NĐ-CP.
4. Trường hợp có sự thay đổi về chủ sở hữu (hoặc quản lý) đối với các dự án được hưởng ưu đãi về thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này thì chủ sở hữu (hoặc quản lý) mới tiếp tục được hưởng mức ưu đãi về thuế đã ghi trong giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư trong thời gian còn lại của dự án và có trách nhiệm thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ mà chủ sở hữu (hoặc quản lý) cũ đã cam kết.
5 . Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký và thay thế Thông tư số 146/1999/TT-BTC ngày 17/12/1999 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/1999/NĐ-CP ngày 8/7/1999 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật khuyến khích đầu tư trong nước (sửa đổi) .
Đối với các dự án đầu tư đã được cấp giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư và đã áp dụng các mức ưu đãi về thuế theo hướng dẫn tại Thông tư 146/1999/TT-BTC, nếu mức ưu đãi không phù hợp với hướng dẫn tại Thông tư này làm ảnh hưởng tới quyền lợi của nhà đầu tư thì cơ quan thuế xem xét giải quyết cho các dự án đầu tư trên được hưởng theo các mức ưu đãi về thuế hướng dẫn tại Thông tư này cho thời gian ưu đãi còn lại, kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.
Các khoản ưu đãi về thuế cho các dự án đầu tư đã thực hiện trước ngày Thông tư này có hiệu lực, nếu mức ưu đãi không phù hợp với mức ưu đãi theo hướng dẫn tại Thông tư này thì không xử lý truy thu hoặc hoàn trả.