THÔNG TƯ Hướng dẫn thi hành Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ về việc chuyển đổi ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu mà bị chấm dứt ưu đãi theo cam kết WTO

Phạm vi điều chỉnh
Thông tư này hướng dẫn việc chuyển đổi ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) theo quy định tại Khoản 2,

Điều 2 Nghị định số 122/2011/NĐ-CP đối với doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu (trừ doanh nghiệp đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu đối với hoạt động dệt, may) mà bị chấm dứt ưu đãi thuế TNDN đối với điều kiện đáp ứng tỷ lệ xuất khẩu theo cam kết WTO.

Nguyên tắc lựa chọn chuyển đổi ưu đãi thuế TNDN
1. Doanh nghiệp đã được cấp Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, Giấy chứng nhận đầu tư trước ngày nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam chính thức trở thành thành viên của Tổ chức Thương mại thế giới (ngày 11 tháng 1 năm 2007) mà có thu nhập từ hoạt động kinh doanh đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu theo quy định tại các văn bản pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, về khuyến khích đầu tư trong nước, về thuế TNDN thì tiếp tục được hưởng ưu đãi về thuế TNDN theo quy định tại các văn bản pháp luật này đến hết năm 2011.
2. Doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu mà bị chấm dứt ưu đãi thuế TNDN đối với điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu theo cam kết WTO, kể từ năm 2012 được lựa chọn để tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế TNDN cho thời gian còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng ưu đãi đầu tư (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu), cụ thể như sau:
Được lựa chọn để tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế TNDN cho thời gian còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng ưu đãi đầu tư quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN có hiệu lực trong thời gian từ ngày doanh nghiệp được cấp Giấy phép thành lập đến trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14 tháng 2 năm 2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế TNDN có hiệu lực thi hành (theo các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN kể từ kỳ tính thuế năm 2006 trở về trước đến thời điểm doanh nghiệp được cấp giấy phép thành lập).
Hoặc được lựa chọn để tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế TNDN cho thời gian còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng ưu đãi đầu tư theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN có hiệu lực tại thời điểm bị điều chỉnh ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO (theo các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN áp dụng kỳ tính thuế năm 2012).
3. Việc lựa chọn chuyển đổi ưu đãi về thuế TNDN cho thời gian còn lại nêu trên phải đảm bảo nguyên tắc sau:
Đến năm 2012 doanh nghiệp đang trong thời gian được áp dụng thuế suất thuế TNDN ưu đãi do đáp ứng điều kiện ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu mà bị chấm dứt ưu đãi thuế TNDN do thực hiện cam kết WTO thì được chuyển đổi ưu đãi về thuế suất theo hướng dẫn tại Thông tư này. Nếu đến năm 2012 đã hết thời gian được áp dụng thuế suất thuế TNDN ưu đãi thì không được chuyển đổi ưu đãi về thuế suất.
Đến năm 2012 doanh nghiệp đang trong thời gian miễn thuế hoặc đang trong thời gian giảm thuế TNDN do đáp ứng điều kiện ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu mà bị chấm dứt ưu đãi thuế TNDN do thực hiện cam kết WTO thì được chuyển đổi ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này. Nếu đến năm 2012 đã hết thời gian được miễn thuế hoặc giảm thuế TNDN thì không được chuyển đổi ưu đãi về thời gian miễn thuế hoặc giảm thuế .

Phương thức lựa chọn chuyển đổi ưu đãi thuế TNDN
1. Doanh nghiệp đang còn trong thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi và đang trong thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN thì được lựa chọn tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế TNDN cho thời gian ưu đãi còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng ưu đãi đầu tư (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng về tỷ lệ xuất khẩu) theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN trong thời gian từ ngày doanh nghiệp được cấp giấy phép thành lập đến trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP có hiệu lực thi hành hoặc theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN tại thời điểm bị điều chỉnh ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO.
Trường hợp doanh nghiệp đang còn trong thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi và đang trong thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN nếu lựa chọn chuyển đổi ưu đãi sang điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng về tỷ lệ xuất khẩu) thì khi chuyển đổi ưu đãi về thuế suất và thời gian miễn thuế, giảm thuế cho thời gian còn lại phải theo quy định của văn bản quy phạm pháp luật tại một thời điểm mà doanh nghiệp được lựa chọn.
2. Doanh nghiệp đang còn trong thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi và đã hết thời gian miễn thuế, giảm thuế thì được lựa chọn chuyển đổi áp dụng thuế suất ưu đãi cho thời gian còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng (ngoài điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu) theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN trong thời gian từ ngày doanh nghiệp được cấp giấy phép thành lập đến trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP có hiệu lực thi hành hoặc theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN tại thời điểm bị điều chỉnh ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO.
3. Doanh nghiệp đang còn trong thời gian miễn thuế, giảm thuế và đã hết thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi thì được lựa chọn chuyển đổi áp dụng ưu đãi thời gian miễn thuế, giảm thuế cho thời gian còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng (ngoài điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu) theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN trong thời gian từ ngày doanh nghiệp được cấp giấy phép thành lập đến trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP có hiệu lực thi hành hoặc theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN tại thời điểm bị điều chỉnh ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO.
Trường hợp doanh nghiệp đang còn trong thời gian miễn thuế, thời gian giảm thuế hoặc đã hết thời gian miễn thuế, còn thời gian giảm thuế và khi thực hiện chuyển đổi ưu đãi nếu có số năm đã được miễn thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu vượt quá số năm được miễn theo phương án lựa chọn khi chuyển đổi do đáp ứng các điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng tỷ lệ xuất khẩu) thì cứ 01 năm đã được miễn thuế TNDN vượt quá sẽ trừ 02 năm giảm 50% thuế TNDN.
Trường hợp đến năm 2012 doanh nghiệp chưa được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế TNDN về tỷ lệ xuất khẩu do chưa có thu nhập chịu thuế thì: Trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư có doanh thu. Việc chuyển đổi ưu đãi cho thời gian còn lại được thực hiện theo nguyên tắc nêu trên.
4. Trường hợp doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi về thuế TNDN theo diện đầu tư mở rộng nhưng bị chấm dứt ưu đãi về thuế TNDN theo điều kiện ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu thì được phép lựa chọn tiếp tục được hưởng ưu đãi về thuế TNDN cho thời gian còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng ưu đãi đầu tư theo diện mở rộng (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu) tại thời điểm được cấp giấy phép đầu tư mở rộng hoặc thời điểm dự án đầu tư mở rộng đi vào hoạt động sản xuất, kinh doanh (đối với trường hợp không được cấp giấy phép đầu tư mở rộng).
5. Một số trường hợp cụ thể được hướng dẫn như sau:
a) Đối với doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi theo điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu (không bao gồm doanh nghiệp chế xuất).
Ví dụ 1:
Doanh nghiệp A thành lập năm 1988, là doanh nghiệp 100% vốn đầu tư nước ngoài, có hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu, đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư: Dự án đầu tư trong 5 năm đầu thực hiện Luật Đầu tư; Dự án xuất khẩu ít nhất 80% sản phẩm xuất khẩu. Theo Giấy phép thành lập doanh nghiệp A được hưởng ưu đãi thuế lợi tức (thuế TNDN): thuế suất thuế lợi tức 15% suốt thời gian thực hiện dự án, miễn thuế lợi tức 2 năm, giảm 50% thuế lợi tức trong 2 năm tiếp theo. Doanh nghiệp bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 2001. Doanh nghiệp đã được hưởng ưu đãi thuế: miễn thuế TNDN 2 năm: năm 2001 và năm 2002, giảm 50% thuế TNDN trong 2 năm tiếp theo: năm 2003 và năm 2004.
Kể từ kỳ tính thuế TNDN năm 2012 chấm dứt ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện xuất khẩu: doanh nghiệp A đã được hưởng hết thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, chỉ còn được hưởng ưu đãi về thuế suất thuế TNDN 15% do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu thì kể từ năm 2012 doanh nghiệp A phải chấm dứt ưu đãi về thuế suất thuế TNDN 15% do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu. Các ưu đãi về thuế suất thuế TNDN mà doanh nghiệp có thể lựa chọn do đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế TNDN khác ngoài đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu để thông báo với cơ quan thuế áp dụng kể từ năm 2012:
a) Tại thời điểm cấp giấy phép thành lập - Nghị định số 139-HĐBT ngày 5/9/1988 của Hội đồng Bộ trưởng (thời điểm cấp giấy phép đầu tư): nếu bỏ điều kiện dự án xuất khẩu ít nhất 80% sản phẩm xuất khẩu thì doanh nghiệp A chỉ đáp ứng 1 tiêu chí theo quy định khoản 2 điều 37 Nghị định số 139-HĐBT (Dự án đầu tư trong 5 năm đầu thực hiện Luật Đầu tư) nên không thuộc diện ưu tiên mà thuộc diện phổ thông, thuế suất thuế TNDN áp dụng là 21% cho thời gian còn lại của dự án.
b) Theo Nghị định số 28-HĐBT ngày 6/12/1991 của Hội đồng Bộ trưởng: doanh nghiệp A chỉ đáp ứng 1 tiêu chí: Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện dự án đầu tư trong 5 năm đầu thực hiện Luật Đầu tư, doanh nghiệp thuộc diện phổ thông, thuế suất thuế TNDN áp dụng là 21% cho thời gian còn lại của dự án.
c) Theo Nghị định số 18/CP ngày 16/4/1993, Nghị định số 12/CP ngày 18/2/1997, Nghị định 24/2000/NĐ-CP ngày 31/07/2000, Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19/03/2003 của Chính phủ: doanh nghiệp A không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.
d) Theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003, Nghị định 152/2004/NĐ-CP ngày 06/08/2004: doanh nghiệp A không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 28%; từ năm 2009 áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% theo quy định tại Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ cho thời gian còn lại của dự án.
e) Tại thời điểm chấm dứt ưu đãi xuất khẩu do gia nhập WTO - Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ: doanh nghiệp A không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư, áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.
Như vậy Doanh nghiệp A được lựa chọn theo các điểm a,b,c,d,e nêu trên trong đó phương án có lợi nhất là lựa chọn thời điểm nêu tại điểm a và điểm b: áp dụng thuế suất thuế TNDN là 21% kể từ năm 2012 cho thời gian còn lại của dự án theo Nghị định số 139-HĐBT ngày 5/9/1988 hoặc Nghị định số 28-HĐBT ngày 6/12/1991 của Hội đồng Bộ trưởng.
Ví dụ 2:
Doanh nghiệp B thành lập ngày 16/04/1993, có hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu, đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư: Dự án đầu tư sử dụng từ 500 lao động trở lên; Dự án xuất khẩu ít nhất 80% sản phẩm. Theo Giấy phép thành lập doanh nghiệp B được hưởng ưu đãi thuế lợi tức (thuế TNDN): thuế suất thuế lợi tức là 20% suốt thời gian thực hiện dự án, miễn thuế lợi tức 2 năm, giảm 50% thuế lợi tức trong 3 năm tiếp theo. Doanh nghiệp bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 2003. Doanh nghiệp đã được hưởng ưu đãi thuế: miễn thuế TNDN 2 năm: năm 2003 và năm 2004, giảm 50% thuế TNDN trong 3 năm tiếp theo: năm 2005, năm 2006 và năm 2007.
Kể từ kỳ tính thuế TNDN năm 2012 chấm dứt ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện xuất khẩu: doanh nghiệp B đã hưởng hết thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, chỉ còn được hưởng ưu đãi về thuế suất 20% do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu thì kể từ năm 2012 doanh nghiệp B phải chấm dứt ưu đãi áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu. Các ưu đãi về thuế suất thuế TNDN mà doanh nghiệp có thể lựa chọn do đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế TNDN khác ngoài điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu để thông báo với cơ quan thuế áp dụng kể từ năm 2012:
a) Tại thời điểm cấp Giấy phép thành lập - Nghị định số 18/CP ngày 16/4/1993 của Chính phủ: nếu bỏ điều kiện ưu đãi xuất khẩu, doanh nghiệp B chỉ còn đáp ứng điều kiện sử dụng từ 500 lao động trở lên: không đáp ứng điều kiện được ưu đãi đầu tư phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.
b) Theo Nghị định số 12/CP ngày 18/2/1997 của Chính phủ: doanh nghiệp B đáp ứng điều kiện ưu đãi sử dụng từ 500 lao động trở lên nên được áp dụng thuế suất thuế TNDN là 20% trong thời gian 10 năm tính từ năm 1993 (ngày thành lập doanh nghiệp), đến năm 2012 đã hết thời gian ưu đãi về thuế suất phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án
c) Theo Nghị định 24/2000/NĐ-CP ngày 31/07/2000, Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19/03/2003 của Chính phủ: doanh nghiệp B không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.
d) Theo Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 thì dự án sử dụng thường xuyên từ 500 lao động đến 5000 lao động thuộc danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư. Theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP thì cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư được áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% trong 10 năm. DN B đáp ứng điều kiện sử dụng từ 500 lao động trở lên nên áp dụng thuế suất thuế TNDN là 20% trong thời gian 10 năm tính từ năm 1993, đến năm 2012 đã hết ưu thời gian đãi về thuế suất phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.
e) Tại thời điểm chấm dứt ưu đãi xuất khẩu do gia nhập WTO: Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ: doanh nghiệp B không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25%.
Như vậy Doanh nghiệp B được lựa chọn theo các điểm a,b,c,d,e nêu trên. Theo các thời điểm nêu trên, Doanh nghiệp B đã hết thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN, phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% kể từ năm 2012 cho thời gian còn lại của dự án.
Ví dụ 3:
Doanh nghiệp C thành lập ngày 01/01/2003, có hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu, đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư: Dự án sản xuất trong khu công nghiệp; Dự án xuất khẩu ít nhất 80% sản phẩm. Theo Giấy phép thành lập doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế TNDN: áp dụng thuế suất thuế TNDN 10% suốt thời gian thực hiện dự án, miễn thuế TNDN 4 năm, giảm 50% thuế TNDN trong 4 năm tiếp theo. Doanh nghiệp C bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 2006, tính đến hết năm 2011, doanh nghiệp C đã được hưởng ưu đãi: miễn thuế TNDN trong 4 năm từ năm 2006 đến hết năm 2009, giảm 50% thuế TNDN năm 2010, năm 2011; kể từ năm 2012 chấm dứt ưu đãi theo cam kết WTO do vậy doanh nghiệp C không được giảm 50% thuế TNDN trong 02 năm còn lại và không được tiếp tục hưởng thuế suất thuế TNDN là 10%.
Các ưu đãi về miễn giảm và thuế suất thuế TNDN mà doanh nghiệp có thể lựa chọn do đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế TNDN khác ngoài đáp ứng điều kiện về xuất khẩu để thông báo với cơ quan thuế áp dụng kể từ năm 2012:
a) Tại thời điểm cấp giấy phép thành lập - Nghị định 24/2000/NĐ-CP ngày 31/07/2000 của Chính phủ: Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện là dự án sản xuất trong khu công nghiệp được ưu đãi: miễn thuế TNDN 1 năm : năm 2006, giảm 50% thuế TNDN 2 năm: năm 2007 và năm 2008; áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% cho thời gian còn lại của dự án.
b) Theo Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19/03/2003 của Chính phủ: Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện là dự án sản xuất trong khu công nghiệp được ưu đãi: miễn thuế TNDN 2 năm: năm 2006 và năm 2007, giảm 50% thuế TNDN 3 năm: từ năm 2008 đến năm 2010; áp dụng thuế suất thuế TNDN 15% cho thời gian còn lại của dự án
c) Theo Nghị định số 152/2004/NĐ-CP: theo điều kiện sản xuất trong KCN thì doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế TNDN miễn 3 năm, giảm 50% thuế TNDN trong 7 năm tiếp theo. Đến năm 2012, do Doanh nghiệp C đã được miễn thuế 4 năm: năm 2006 đến hết năm 2009, giảm 50% năm 2010, năm 2011; Doanh nghiệp C đã được miễn thuế thừa 01 năm, 1 năm miễn thuế của DN sẽ được trừ bằng 2 năm giảm 50%. Do vậy đến năm 2012, DN còn được giảm 50% trong 3 năm (7 năm trừ 2 năm đã giảm và 1 năm miễn thừa bằng 2 năm giảm).
Về thuế suất thuế TNDN: Theo Nghị định số 152/2004/NĐ-CP doanh nghiệp đáp ứng điều kiện SX trong KCN được áp dụng thuế suất thuế TNDN 15% trong 12 năm (từ năm 2003 đến năm 2014); từ năm 2015 áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.
d) Tại thời điểm chấm dứt ưu đãi xuất khẩu do gia nhập WTO: Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ: doanh nghiệp C không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25%.
Như vậy Doanh nghiệp C được lựa chọn theo các điểm a,b,c,d nêu trên trong đó phương án có lợi là lựa chọn thời điểm nêu tại điểm b hoặc điểm c áp dụng từ năm 2012:
+ Ưu đãi theo Nghị định số 27/2003/NĐ-CP của Chính phủ: Chấm dứt ưu đãi miễn thuế, giảm thuế từ năm 2012; áp dụng thuế suất thuế TNDN là 15% cho thời gian còn lại của dự án.
Hoặc:
+ Ưu đãi miễn thuế, giảm thuế TNDN theo Nghị định số 152/2004/NĐ-CP: giảm 50% trong 3 năm kể từ năm 2012 đến năm 2014; áp dụng thuế suất thuế TNDN là 15% từ năm 2012 đến năm 2014.
Ví dụ 4:
Doanh nghiệp D được thành lập ngày 7/1/2004 tại địa bàn kinh tế xã hội khó khăn, ngành nghề kinh doanh: sản xuất hàng xuất khẩu trên 50% sản phẩm, doanh nghiệp bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 2005.
Theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ thì doanh nghiệp đáp ứng điều kiện ngành nghề lĩnh quy định tại Danh mục A (Dự án xuất khẩu đạt giá trị trên 50% tổng giá trị hàng hóa, sản xuất kinh doanh của dự án trong năm tài chính) Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP và thuộc địa bàn quy định tại Danh mục B Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP, doanh nghiệp được hưởng ưu đãi: áp dụng thuế suất thuế TNDN 15% trong 12 năm tính từ năm 2004 đến hết năm 2015; được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm: năm 2005, năm 2006 và năm 2007, được giảm 50% thuế TNDN trong 7 năm: từ năm 2008 đến hết năm 2014.
Kể từ kỳ tính thuế TNDN năm 2012 chấm dứt ưu đãi do xuất khẩu: Doanh nghiệp đang còn trong thời gian giảm thuế và đang trong thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi nên sẽ bị chấm dứt ưu đãi về thời gian giảm thuế và thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi do đáp ứng tỷ lệ xuất khẩu. Các ưu đãi về thuế TNDN mà doanh nghiệp có thể lựa chọn do đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế TNDN khác ngoài điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu để thông báo với cơ quan thuế áp dụng kể từ năm 2012:
a) Tại thời điểm cấp Giấy phép thành lập - Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ: Bỏ điều kiện dự án xuất khẩu, doanh nghiệp đáp ứng điều kiện là dự án thuộc địa bàn kinh tế xã hội khó khăn được áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% trong 10 năm kể từ năm 2004 đến hết năm 2013, được hưởng ưu đãi miễn thuế 2 năm (năm 2005 và năm 2006), giảm 50% thuế TNDN trong 6 năm (từ năm 2007 đến hết năm 2012). Đến hết năm 2011, doanh nghiệp đã được hưởng ưu đãi miễn 3 năm: từ năm 2005 đến hết năm 2007 (miễn thuế thừa 1 năm, 1 năm miễn thuế của DN sẽ được trừ bằng 2 năm giảm 50%). Vậy doanh nghiệp chỉ còn hưởng ưu đãi giảm 50% trong 4 năm: từ năm 2008 đến hết năm 2011, năm 2012 không còn ưu đãi miễn thuế, giảm thuế.
b) Tại thời điểm chấm dứt ưu đãi xuất khẩu do gia nhập WTO: Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ: Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện mới thành lập từ dự án đầu tư thuộc địa bàn kinh tế xã hội khó khăn, được áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% trong 10 năm kể từ năm 2004 đến hết năm 2013, được hưởng ưu đãi miễn thuế 2 năm (năm 2005 và năm 2006), giảm 50% trong 4 năm (từ năm 2007 đến hết năm 2010).
Như vậy Doanh nghiệp D được lựa chọn theo các điểm a,b nêu trên trong đó phương án có lợi là lựa chọn thời điểm nêu tại điểm a: áp dụng thuế suất thuế TNDN là 20% năm 2012 và năm 2013 theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ, kể từ năm 2014 áp dụng thuế suất phổ thông là 25%; từ năm 2012 hết thời gian miễn, giảm thuế.
Ví dụ 5:
Doanh nghiệp E thành lập ngày 07/01/2004, có hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu, đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư: Dự án xuất khẩu trên 50% sản phẩm. Doanh nghiệp E được hưởng ưu đãi thuế TNDN: Theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP doanh nghiệp được áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% trong 10 năm, miễn thuế TNDN 2 năm, giảm 50% thuế TNDN trong 3 năm tiếp theo. Doanh nghiệp bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 2004. Doanh nghiệp E đã được hưởng ưu đãi thuế: miễn thuế TNDN 2 năm: năm 2004 và năm 2005, giảm 50% thuế TNDN trong 3 năm tiếp theo: từ năm 2006 đến hết năm 2008.
Kể từ kỳ tính thuế TNDN năm 2012 chấm dứt ưu đãi do xuất khẩu, doanh nghiệp đã hưởng hết thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN do xuất khẩu chỉ còn hưởng thời gian áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% nên sẽ bị chấm dứt ưu đãi thuế suất thuế TNDN 20%. Các ưu đãi về thuế suất thuế TNDN mà doanh nghiệp có thể lựa chọn do đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế TNDN khác ngoài điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu để thông báo với cơ quan thuế áp dụng kể từ năm 2012:
a) Tại thời điểm cấp giấy phép thành lập - Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003: bỏ điều kiện ưu đãi do đáp ứng tỷ lệ xuất khẩu, doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư khác do vậy phải áp dụng thuế suất thuế TNDN 28%; từ năm 2009 áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% theo quy định tại Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ cho thời gian còn lại của dự án.
b) Tại thời điểm chấm dứt ưu đãi xuất khẩu do gia nhập WTO: Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ: Doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư khác do vậy phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.
Như vậy Doanh nghiệp E được lựa chọn theo các điểm a,b, nêu trên. Theo các thời điểm nêu trên, Doanh nghiệp E đã hết thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN, chuyển sang áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% kể từ năm 2012 cho thời gian còn lại của dự án.
b) Đối với doanh nghiệp chế xuất hoạt động trong Khu chế xuất, Khu công nghiệp.
Ví dụ 6:
Doanh nghiệp chế xuất G là doanh nghiệp 100% vốn đầu tư nước ngoài, thành lập ngày 18/10/1991, có hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu. Theo Giấy phép thành lập Doanh nghiệp G được hưởng ưu đãi thuế lợi tức (thuế TNDN): thuế suất thuế TNDN 10% suốt thời gian thực hiện dự án, miễn thuế TNDN 4 năm. Doanh nghiệp bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 1994. Doanh nghiệp G đã được hưởng ưu đãi thuế: miễn thuế TNDN 4 năm: từ năm 1994 đến hết năm 1997.
Kể từ kỳ tính thuế TNDN năm 2012 chấm dứt ưu đãi do đáp ứng tỷ lệ xuất khẩu: Doanh nghiệp đã hưởng hết thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN, chỉ còn thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi nên sẽ bị chấm dứt ưu đãi áp dụng thuế suất thuế TNDN 10% do đáp ứng tỷ lệ xuất khẩu. Các ưu đãi về thuế suất thuế TNDN mà doanh nghiệp có thể lựa chọn do đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế TNDN khác ngoài đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu để thông báo với cơ quan thuế áp dụng kể từ năm 2012:
a) Tại thời điểm cấp Giấy phép thành lập - Theo Nghị định số 28-HĐBT ngày 6/12/1991 của Hội đồng Bộ trưởng: Doanh nghiệp G chỉ đáp ứng 1 tiêu chí: Dự án đầu tư trong 5 năm đầu thực hiện Luật Đầu tư, thuế suất thuế TNDN áp dụng là 21% cho thời gian còn lại của dự án.
b) Theo Nghị định số 18/CP ngày 16/4/1993: Doanh nghiệp G không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.
c) Theo Nghị định số 192/CP ngày 28/12/1994 của Chính phủ: nếu bỏ điều kiện ưu đãi xuất khẩu, doanh nghiệp G chỉ còn điều kiện dự án sản xuất trong khu công nghiệp: Doanh nghiệp G được ưu đãi áp dụng thuế suất thuế TNDN là 18% cho thời gian còn lại của dự án.
d) Theo Nghị định số 36/CP ngày 24/4/1997 của Chính phủ: nếu bỏ điều kiện ưu đãi xuất khẩu, doanh nghiệp G chỉ còn điều kiện dự án sản xuất trong khu công nghiệp: Doanh nghiệp G được ưu đãi áp dụng thuế suất thuế TNDN là 15% cho thời gian còn lại của dự án.
e) Theo Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19/03/2003 của Chính phủ: Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện là dự án sản xuất trong khu công nghiệp được áp dụng thuế suất thuế TNDN 15% cho thời gian còn lại của dự án.
g) Theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003, Nghị định số 152/2004/NĐ-CP ngày 06/08/2004: Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện là dự án sản xuất trong Khu công nghiệp được áp dụng thuế suất thuế TNDN 15% trong thời gian 12 năm tính từ năm 1991 đến hết năm 2002, từ năm 2003 hết thời gian ưu đãi về thuế suất, phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông cho thời gian còn lại của dự án.
h) Tại thời điểm chấm dứt ưu đãi xuất khẩu do gia nhập WTO: Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ: doanh nghiệp G không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư phải áp dụng thuế suất thuế TNDN là 25%.
Như vậy Doanh nghiệp G được lựa chọn theo các điểm a,b,c,d,e,g,h nêu trên trong đó phương án có lợi là lựa chọn thời điểm nêu tại điểm d,e: áp dụng thuế suất thuế TNDN là 15% kể từ năm 2012 cho thời gian còn lại của dự án theo Nghị định số 36/CP ngày 24/4/1997 của Chính phủ hoặc theo Nghị định số 27/2003/NĐ-CP.
Ví dụ 7:
Doanh nghiệp chế xuất H thành lập ngày 01/08/2000, có hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu. Theo Giấy phép thành lập doanh nghiệp H được hưởng ưu đãi thuế TNDN: áp dụng thuế suất thuế TNDN 10% suốt thời gian thực hiện dự án, miễn thuế TNDN 4 năm, giảm 50% thuế TNDN trong 4 năm tiếp theo. Doanh nghiệp bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 2004. Doanh nghiệp H đã được hưởng ưu đãi thuế: miễn thuế TNDN 4 năm: từ năm 2004 đến hết năm 2007, giảm 50% thuế TNDN trong 4 năm tiếp theo: từ năm 2008 đến hết năm 2011.
Kể từ kỳ tính thuế TNDN năm 2012 chấm dứt ưu đãi do xuất khẩu: Doanh nghiệp đã hưởng hết thời gian miễn, giảm thuế TNDN, chỉ còn thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi nên sẽ bị chấm dứt ưu đãi áp dụng thuế suất thuế TNDN 10% do đáp ứng tỷ lệ xuất khẩu. Các ưu đãi về thuế suất thuế TNDN mà doanh nghiệp có thể lựa chọn do đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế TNDN khác ngoài đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu để thông báo với cơ quan thuế áp dụng kể từ năm 2012:
a) Tại thời điểm cấp Giấy phép thành lập - Nghị định số 24/2000/NĐ-CP ngày 31/07/2000 của Chính phủ: Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện là dự án sản xuất trong khu công nghiệp được áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% cho thời gian còn lại của dự án.
b) Theo Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19/03/2003 của Chính phủ: Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện là dự án sản xuất trong khu công nghiệp được áp dụng thuế suất thuế TNDN 15% cho thời gian còn lại của dự án
c) Theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003, Nghị định 152/2004/NĐ-CP ngày 06/08/2004: Doanh nghiệp đáp ứng điều kiện là dự án sản xuất trong khu công nghiệp được ưu đãi áp dụng thuế suất thuế TNDN 15% trong thời gian 12 năm tính từ năm 2000 đến hết năm 2011, từ năm 2012 áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25%.
d) Tại thời điểm chấm dứt ưu đãi xuất khẩu do gia nhập WTO: Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ: doanh nghiệp H không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25%.
Như vậy Doanh nghiệp H được lựa chọn theo các điểm a,b,c,d nêu trên trong đó phương án có lợi là lựa chọn thời điểm nêu tại điểm b: áp dụng thuế suất thuế TNDN là 15% kể từ năm 2012 cho thời gian còn lại của dự án theo Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19/03/2003 của Chính phủ.
c) Đối với trường hợp doanh nghiệp chế xuất không hoạt động trong khu chế xuất hoặc khu công nghiệp.
Ví dụ 8 :
Doanh nghiệp chế xuất K thành lập năm 2003, có hoạt động sản xuất kinh doanh hàng xuất khẩu, có số lao động sử dụng bình quân trong năm là 6000 lao động. Theo Giấy phép thành lập Doanh nghiệp K được hưởng ưu đãi thuế thuế TNDN là 10% trong suốt thời gian thực hiện dự án, được miễn thuế TNDN trong 4 năm kể từ khi phát sinh thu nhập, giảm 50% thuế TNDN phải nộp trong 4 năm tiếp theo. Doanh nghiệp bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 2003. Doanh nghiệp K đã được hưởng ưu đãi miễn thuế TNDN 4 năm: từ năm 2003 đến hết năm 2006; giảm 50% thuế TNDN từ năm 2007 đến hết năm 2010.
Kể từ kỳ tính thuế TNDN năm 2012 bị chấm dứt ưu đãi theo điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu: Doanh nghiệp đã hưởng hết thời gian miễn thuế TNDN nên sẽ bị chấm dứt ưu đãi về thời hạn áp dụng thuế suất thuế TNDN 10%.
Các ưu đãi về thuế suất thuế TNDN mà doanh nghiệp có thể lựa chọn do đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế TNDN khác ngoài đáp ứng điều kiện về xuất khẩu để thông báo với cơ quan thuế áp dụng kể từ năm 2012:
a) Tại thời điểm cấp giấy phép thành lập, theo Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19/03/2003 của Chính phủ: Doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện được ưu đãi về thuế suất thuế TNDN phải áp dụng thuế suất thuế TNDN 25% cho thời gian còn lại của dự án
b) Theo Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 thì dự án sử dụng thường xuyên từ 5000 lao động trở lên thuộc danh mục lĩnh vực đặc biệt ưu đãi đầu tư. Theo Nghị định số 164/2003/NĐ-CP thì cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư được áp dụng thuế suất thuế TNDN 20% trong 10 năm. Doanh nghiệp K đáp ứng điều kiện sử dụng trên 5000 lao động nên áp dụng thuế suất thuế TNDN là 20% trong thời gian 10 năm tính từ năm 2003 đến hết năm 2012, từ năm 2013 áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25% cho thời gian còn lại của dự án.
c) Tại thời điểm chấm dứt ưu đãi xuất khẩu do gia nhập WTO: Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ do doanh nghiệp K không đáp ứng điều kiện ưu đãi đầu tư do đó phải áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25%.
Như vậy Doanh nghiệp K được lựa chọn theo các điểm a,b,c nêu trên trong đó phương án có lợi là lựa chọn thời điểm nêu tại điểm b: năm 2012 áp dụng thuế suất thuế TNDN 20%, từ năm 2013 áp dụng thuế suất thuế TNDN phổ thông là 25%.
d) Đối với trường hợp doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi về thuế TNDN theo diện đầu tư mở rộng
Ví dụ 9 :
Doanh nghiệp L thành lập ngày 02/05/1997, ngày 01/4/2005 doanh nghiệp được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép thực hiện dự án đầu tư mở rộng sản xuất (dự án thuộc ngành nghề, lĩnh vực A theo điều kiện dự án có mức xuất khẩu đạt trên 50% và thực hiện tại địa bàn C), dự án được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 07 năm tiếp theo. Dự án hoàn thành bắt đầu đi vào sản xuất kinh doanh từ năm 2006, doanh nghiệp đã được hưởng ưu đãi đối với phần thu nhập từ dự án đầu tư mở rộng như sau: miễn thuế TNDN trong thời gian 04 năm (từ năm 2006 đến hết năm 2009) và giảm 50% thuế TNDN trong thời gian 02 năm tiếp theo (từ năm 2010 đến hết năm 2011).
Kể từ kỳ tính thuế TNDN năm 2012 bị chấm dứt ưu đãi theo điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu.
a) Tại thời điểm dự án đầu tư mở rộng bắt đầu đi vào sản xuất kinh doanh: Theo quy định tại

Điều 38, Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 thì: nếu loại trừ điều kiện ưu đãi dự án thuộc ngành nghề, lĩnh vực A theo điều kiện dự án có mức xuất khẩu đạt trên 50% thì dự án chỉ còn đáp ứng điều kiện đầu tư tại địa bàn thuộc danh mục C được hưởng ưu đãi theo diện đầu tư mở rộng miễn 1 năm năm 2006, giảm 50% thuế TNDN trong 2 năm 2007 và năm 2008. Doanh nghiệp đã được miễn 4 năm, và giảm 50% trong 2 năm thì từ năm 2012 doanh nghiệp hết thời gian ưu đãi miễn, giảm thuế TNDN đối với dự án đầu tư mở rộng.
b) Tại thời điểm chấm dứt ưu đãi xuất khẩu do gia nhập WTO: Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ dự án đầu tư mở rộng không được hưởng ưu đãi đầu tư.
Như vậy Doanh nghiệp L được lựa chọn theo các điểm a,b nêu trên. Theo các thời điểm nêu trên, Doanh nghiệp L kể từ năm 2012 đã hết thời gian ưu đãi đối với dự án đầu tư mở rộng, không còn được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

Thủ tục thực hiện chuyển đổi ưu đãi
Doanh nghiệp có trách nhiệm thông báo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp việc lựa chọn phương án hưởng ưu đãi thuế theo Phụ lục số 01 ban hành kèm theo Thông tư này.
Thời hạn gửi thông báo bằng văn bản cho cơ quan thuế là thời hạn nộp tờ khai quyết toán thuế TNDN năm 2012 theo quy định.
Trường hợp doanh nghiệp đã kê khai hưởng ưu đãi thuế TNDN (kể cả đã thông báo với cơ quan thuế) mà mức ưu đãi lựa chọn thực hiện chuyển đổi thấp hơn mức ưu đãi quy định tại Thông tư này hoặc không phù hợp với việc lựa chọn chuyển đổi ưu đãi theo quy định tại Thông tư này thì được kê khai điều chỉnh bổ sung theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành về quản lý thuế, đồng thời phải có văn bản thông báo lại cho cơ quan thuế việc lựa chọn mức ưu đãi phù hợp với việc chuyển đổi ưu đãi theo quy định tại Thông tư này.

Điều 5 . Tổ chức thực hiện
1. Thông tư này có hiệu lực từ ngày 31 tháng 12 năm 2012 và áp dụng từ kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2012. Bãi bỏ nội dung hướng dẫn trước đây của Bộ Tài chính khác với nội dung hướng dẫn tại Thông tư này.
2. Cơ quan thuế các cấp có trách nhiệm phổ biến, tuyên truyền, hướng dẫn các doanh nghiệp thực hiện.
Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các tổ chức, cá nhân phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu giải quyết./.