THÔNG TƯ Hướng dẫn quản lý tài chính nguồn hỗ trợ của nước ngoài thuộc phạm vi Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý

Đối tượng áp dụng
Các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp, các Văn phòng Đối tác Hỗ trợ ngành, Quỹ uỷ thác ngành và các Ban Quản lý dự án thuộc Bộ, được Bộ quyết định giao nhiệm vụ làm chủ chương trình, dự án, hoặc được giao nhiệm vụ điều phối, thực hiện một phần (đối với dự án có nhiều tiểu dự án hoặc nhiều hợp phần) hay toàn bộ chương trình, dự án và khoản tài trợ phi dự án (gọi chung là Chủ dự án) phải thực hiện nghiêm các quy định và hướng dẫn tại Thông tư này.

Nguyên tắc quản lý tài chính
1. Nguồn vốn ODA và NGO đầu tư, hỗ trợ thông qua các chương trình, dự án và các khoản tài trợ phi dự án (gọi chung là dự án) đều là nguồn vốn của Ngân sách Nhà nước (NSNN), phải được hạch toán, phản ánh đầy đủ thông qua hệ thống chứng từ sổ sách, biểu mẫu báo cáo và phải được quản lý, sử dụng theo quy định của Luật NSNN, các Nghị định và các văn bản hướng dẫn hiện hành.
2. Trừ trường hợp đặc biệt đã được Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, vốn đối ứng do NSNN cấp phát theo cam kết dành cho các chương trình, dự án ODA và dự án NGO thuộc phạm vi cấp nào do cấp đó (gồm trung ương và địa phương) đảm bảo cân đối, bố trí, giao dự toán và kiểm tra, phê duyệt quyết toán. Tuy nhiên, toàn bộ số liệu phải được phản ánh, tổng hợp trong báo cáo tài chính, báo cáo quyết toán chung của toàn chương trình, dự án.
3. Chủ dự án phải chịu trách nhiệm trước pháp luật và trước Bộ trưởng về việc thực hiện các cam kết đã quy định trong các điều ước quốc tế, văn kiện dự án; các quy định của Nhà nước về thực hiện chương trình, dự án, quản lý tài chính; thực hiện chế độ lập kế hoạch tài chính, hạch toán kế toán, kiểm toán, quyết toán, quản lý tài sản dự án, báo cáo theo các quy định hiện hành của Nhà nước.
4. Trong trường hợp các điều ước, thoả thuận, cam kết quốc tế mà Việt Nam tham gia, ký kết có quy định khác với quy định trong nước thì thực hiện theo các điều ước, thoả thuận, cam kết đó. Nếu Nhà tài trợ hoặc cơ quan, tổ chức được Nhà tài trợ uỷ nhiệm trực tiếp điều hành việc chi tiêu cho chương trình, dự án, thì việc quản lý tài chính được thực hiện theo các quy định trong các Hiệp định, Thoả thuận, Cam kết hoặc Văn kiện dự án, Biên bản ghi nhớ đã ký kết với Nhà tài trợ.

Nội dung quản lý tài chính
1. Nội dung quản lý tài chính nguồn hỗ trợ của nước ngoài thuộc phạm vi Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý bao gồm: Lập và tổng hợp kế hoạch tài chính (còn gọi là dự toán thu, chi NSNN); thực hiện chế độ kiểm soát chi và hạch toán NSNN; thực hiện chế độ mua sắm và định mức chi tiêu; thực hiện chế độ báo cáo, kế toán, kiểm toán và quyết toán; thực hiện chế độ quản lý vốn và tài sản hình thành từ nguồn kinh phí dự án; và thực hiện các chính sách thuế.
2. Ngoài các nội dung nêu trên, đối với các chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại có tính chất độc lập (không đi kèm với dự án vốn vay) còn phải thực hiện việc xác nhận viện trợ với Bộ Tài chính (Cục Quản lý nợ và Tài chính đối ngoại) theo quy định tại Thông tư số 82/2007/TT-BTC, ngày 12/7/2007 của Bộ Tài chính, hướng dẫn chế độ quản lý tài chính nhà nước đối với viện trợ không hoàn lại của nước ngoài thuộc nguồn thu ngân sách nhà nước và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế Thông tư này.

Nguyên tắc lập kế hoạch tài chính
1. Kế hoạch tài chính là kế hoạch vốn đầu tư (đối với dự án XDCB), hoặc kế hoạch vốn hành chính sự nghiệp (đối với dự án HCSN) hoặc kế hoạch cho vay tín dụng (đối với các dự án tín dụng). Nội dung của kế hoạch tài chính bao gồm: kế hoạch vốn ODA và NGO (vốn vay nợ, vốn viện trợ không hoàn lại, phân theo từng nước hoặc tổ chức tài trợ), vốn đối ứng trong nước (vốn ngân sách trung ương, vốn ngân sách địa phương, vốn tín dụng trong nước, vốn tự có của Chủ dự án, vốn đóng góp của người hưởng lợi dự án, nguồn vốn do được hoàn thuế Giá trị gia tăng (nếu có) và các nguồn vốn khác theo quy định của luật pháp Việt Nam).
2. Đối với các dự án hỗn hợp XDCB và HCSN, Chủ dự án lập và trình duyệt kế hoạch tài chính cụ thể theo từng nội dung chi của dự án. Đối với các dự án có nhiều Chủ dự án, từng Chủ dự án chịu trách nhiệm lập kế hoạch tài chính cho phần dự án do Chủ dự án thực hiện. Trường hợp dự án có nhiều Chủ dự án và có một cơ quan đầu mối điều phối chung việc thực hiện dự án, cơ quan điều phối chung sẽ chịu trách nhiệm lập kế hoạch tài chính phần hoạt động do cơ quan điều phối thực hiện, đồng thời tổng hợp kế hoạch chung của toàn dự án.
3. Kế hoạch tài chính hàng năm của dự án phải thể hiện các nội dung chi chi tiết theo từng hợp phần, từng hoạt động chính của dự án, chi tiết theo từng nguồn vốn tài trợ, vốn đối ứng, vốn tự có của Chủ Dự án, vốn đóng góp của người hưởng lợi, vốn tín dụng (nếu có) và phải kèm theo báo cáo thuyết minh rõ cơ sở, căn cứ tính toán từng khoản chi.
4. Kế hoạch tài chính hàng năm của dự án đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, thông báo là cơ sở để kiểm soát chi, rút vốn đối ứng và vốn nước ngoài cho dự án. Sau khi có kế hoạch tài chính được duyệt, Ban Quản lý dự án gửi kế hoạch tài chính cho Bộ Tài chính (Cục Quản lý nợ và Tài chính đối ngoại) và Kho bạc Nhà nước nơi đăng ký giao dịch.
5. Kế hoạch tài chính năm của dự án lập theo hướng dẫn tại Thông tư số 108/2007/TT-BTC, ngày 07/9/2007 của Bộ Tài chính, hướng dẫn cơ chế quản lý tài chính đối với các chương trình, dự án hỗ trợ phát triển chính thức.
Để phù hợp với yêu cầu quản lý, điều kiện tình hình thực tế, các mẫu biểu lập và tổng hợp kế hoạch được hướng dẫn chi tiết, cụ thể hóa, bao gồm 03 phụ lục:
Phụ lục 01: Mẫu biểu tổng hợp kế hoạch tài chính năm. Biểu này được tổng hợp từ các dự án đã được lập chi tiết tại phụ lục 02 và 03.
Phụ lục 02: Kế hoạch tài chính năm
Phụ lục 03: Dự toán chi tiết chi ngân sách dự án năm

Lập và phê duyệt kế hoạch tài chính
1. Hàng năm, trước ngày 15 tháng 7, trùng với thời điểm lập dự toán NSNN, theo quy định hiện hành, căn cứ nội dung văn kiện dự án, kế hoạch tổng thể, tiến độ thực hiện dự án, Chủ dự án là đơn vị dự toán cấp II chỉ đạo Ban Quản lý dự án, đơn vị cấp dưới trực thuộc lập và tổng hợp kế hoạch vốn cho năm sau, thỏa thuận/xin ý kiến không phản đối (No objection) của Nhà tài trợ (nếu có yêu cầu), làm căn cứ trình Bộ xem xét gửi Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư tổng hợp NSNN trình Chính phủ và Quốc hội phê duyệt.
2. Đối với các dự án có tính chất đầu tư (gọi tắt là dự án XDCB), Chủ dự án lập và gửi Vụ Kế hoạch xem xét, tổng hợp kế hoạch tài chính báo cáo Bộ trưởng trước khi gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Đối với các dự án có tính chất chi hành chính sự nghiệp (gọi tắt là dự án HCSN), Chủ dự án lập và gửi Vụ Tài chính xem xét, tổng hợp kế hoạch tài chính báo cáo Bộ trưởng trước khi gửi Bộ Tài chính.
3. Trong tháng 8, theo chức năng nhiệm vụ được giao, Vụ Tài chính (đối với dự án HCSN), Vụ Kế hoạch (đối với dự án XDCB) chủ trì, phối hợp với các Vụ, Cục có liên quan chỉnh sửa lần cuối kế hoạch/dự toán NSNN của Bộ để tổng hợp gửi Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Trong quá trình lập kế hoạch/dự toán NSNN hàng năm, các Vụ, Cục, các đơn vị sự nghiệp khác và cơ quan được uỷ quyền căn cứ chức năng, nhiệm vụ được giao, chủ trì hoặc phối hợp tổ chức thẩm định, phê duyệt kế hoạch tài chính/dự toán chi NSNN cho các dự án thuộc lĩnh vực quản lý, thời hạn hoàn thành trước ngày 31 tháng 10.
4. Ngay sau khi được Thủ tướng Chính phủ giao Dự toán thu, chi NSNN, và được cấp có thẩm quyền thẩm định phương án phân bổ vốn, Vụ Tài chính trình Bộ trưởng quyết định giao dự toán chi NSNN cho các dự án HCSN; Vụ Kế hoạch chủ trì trình Bộ trưởng thông báo kế hoạch vốn cho các dự án XDCB đến các đơn vị dự toán cấp II; thời gian hoàn thành trước ngày 31/12. Đơn vị dự toán cấp II có trách nhiệm thông báo kế hoạch vốn cho các đơn vị phụ thuộc trong vòng 05 ngày làm việc, kể từ khi nhận được quyết định/thông báo giao kế hoạch/dự toán của Bộ.
5. Đối với các dự án ODA, dự án NGO mà Điều ước quốc tế và thoả thuận đã ký nhưng chưa có hiệu lực hoặc có hiệu lực nhưng chưa hoàn thành các thủ tục đầu tư trong nước, cơ quan được giao làm Chủ dự án phải trình Bộ (thông qua Vụ Kế hoạch đối với vốn mang tính chất XDCB, Vụ Tài chính đối với vốn mang tính chất HCSN) để Bộ tổng hợp, báo cáo Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính (trong thời gian lập dự toán ngân sách) để bố trí trong dự phòng chi XDCB hoặc chi HCSN, trình cấp có thẩm quyền quyết định (nếu là trường hợp ngân sách trung ương chịu trách nhiệm bố trí vốn đối ứng).

Điều chỉnh, bổ sung kế hoạch tài chính
Đối với các dự án mới phát sinh hoặc dự án đã phê duyệt nhưng cần điều chỉnh bổ sung sau thời điểm lập và giao kế hoạch ngân sách, theo đề nghị của Chủ dự án, theo tính chất sử dụng vốn, Vụ Kế hoạch (đối với vốn XDCB), Vụ Tài chính (đối với vốn HCSN) xem xét trình Bộ trưởng phê duyệt điều chỉnh (đối với trường hợp điều chỉnh không làm tăng tổng mức vốn) và báo cáo tổng hợp kế hoạch bổ sung (đối với trường hợp cần bổ sung vốn) vào thời điểm bổ sung kế hoạch ngân sách hàng năm hoặc báo cáo Bộ Kế hoạch và Đầu tư và Bộ Tài chính xử lý từng trường hợp cụ thể (trường hợp cấp thiết, khẩn cấp).

Mở và sử dụng tài khoản
1. Chủ dự án được mở tài khoản tại ngân hàng thương mại hoặc tài khoản tại Kho bạc Nhà nước tại nơi mở trụ sở đăng ký giao dịch để tạo điều kiện thuận lợi cho việc tiếp nhận, giải ngân nguồn hỗ trợ của nước ngoài, cũng như nguồn vốn đối ứng do NSNN cấp phát để thực hiện chương trình, dự án.
2. Trong trường hợp mở tài khoản tiếp nhận nguồn vốn nước ngoài tại ngân hàng, Chủ dự án có trách nhiệm đề nghị ngân hàng phục vụ mở thêm tài khoản theo dõi tiền lãi phát sinh riêng và yêu cầu ngân hàng gửi bản sao kê định kỳ hàng tháng cho dự án để tổng hợp theo dõi khoản tiền lãi phát sinh.
3. Nghiêm cấm việc dùng tài khoản cá nhân, thuê mượn hoặc nhờ tài khoản của các cơ quan, đơn vị, tổ chức khác và các hình thức tương tự để tiếp nhận và sử dụng nguồn hỗ trợ của nước ngoài cho các chương trình, dự án.

Xác nhận viện trợ, báo cáo tiếp nhận và sử dụng viện trợ
1. Xác nhận tiền, hàng viện trợ với Bộ Tài chính (Cục Quản lý nợ và Tài chính đối ngoại), báo cáo tình hình tiếp nhận và sử dụng viện trợ chỉ áp dụng đối với các chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại có tính chất độc lập.
Mẫu Tờ khai và thời điểm xác nhận viện trợ được quy định tại Thông tư số 82/2007/TT-BTC, ngày 12/7/2007 của Bộ Tài chính, bao gồm:
1.1 Mẫu C1-HD/XNVT: “Tờ khai xác nhận viện trợ hàng hoá nhập khẩu” (Phụ lục 1a) sử dụng trong kê khai xác nhận viện trợ đối với các trang thiết bị, máy móc, vật tư, nguyên liệu, đồ dùng và các loại hàng hoá khác nhập khẩu từ nước ngoài. Tờ khai này do Chủ dự án lập ngay sau khi nhận được chứng từ nhập khẩu.
1.2 Mẫu C2-HD/XNVT: “Tờ khai xác nhận viện trợ hàng hoá, dịch vụ trong nước” (Phụ lục 1b) sử dụng trong kê khai xác nhận viện trợ đối với các trang thiết bị, máy móc, vật tư, nguyên liệu, đồ dùng và các loại hàng hoá mua trong nước (kể cả chi phí dịch vụ) bằng nguồn tiền viện trợ của nước ngoài. Tờ khai này do Chủ dự án lập hàng tháng, cùng thời điểm kê khai hoàn thuế giá trị gia tăng.
1.3 Mẫu C3-HD/XNVT: “Tờ khai xác nhận viện trợ bằng tiền”(Phụ lục 1c) được sử dụng trong kê khai các khoản viện trợ của nước ngoài bằng tiền. Tờ khai này do Chủ dự án lập ngay sau khi nhận được chứng từ chuyển tiền của Nhà tài trợ.
2. Chậm nhất 15 ngày sau khi hết quý, Chủ dự án phải lập báo cáo tiếp nhận và sử dụng viện trợ (theo mẫu hướng dẫn tại phụ lục 05 ban hành kèm theo Thông tư số 82/2007/TT-BTC, ngày 12/7/2007 của Bộ Tài chính) gửi Bộ (Vụ Tài chính) để tổng hợp gửi Bộ Tài chính.
3. Các chương trình, dự án ODA vay ưu đãi hoặc các chương trình dự án hỗn hợp thực hiện theo quy định Thông tư số 108/2007/TT-BTC, ngày 07/09/2007, hướng dẫn cơ chế quản lý tài chính đối với các chương trình, dự án hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), không phải thực hiện xác nhận viện trợ.

Định mức chi tiêu
1. Định mức chi tiêu trong trường hợp sử dụng nguồn vốn đối ứng trong nước và vốn vay thông qua các chương trình, dự án hợp tác với nước ngoài được áp dụng theo quy định tại Quyết định số 61/2006/QĐ-BTC, ngày 02/11/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, ban hành “Một số định mức chi tiêu áp dụng cho các dự án/chương trình có sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA)” và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế Quyết định này.
2. Định mức chi tiêu trong trường hợp sử dụng từ nguồn vốn viện trợ không hoàn lại của nước ngoài được áp dụng theo quy định tại Hiệp định, Thoả thuận, Văn kiện dự án, Biên bản ghi nhớ về viện trợ nước ngoài ký với Nhà tài trợ.
3. Ngoại trừ các trường hợp viện trợ theo phương thức hỗ trợ ngân sách, đối với các trường hợp sử dụng vốn viện trợ không hoàn lại trong khuôn khổ các chương trình, dự án do các nước thành viên thuộc Liên minh châu Âu (EU) hoặc các tổ chức của Liên Hợp quốc (UN) như FAO, UNDP, WHO, UNICEF... tài trợ thì được áp dụng tiêu chuẩn định mức theo phiên bản cập nhật “Hướng dẫn của EU-UN về chi phí địa phương trong hợp tác phát triển với Việt Nam” đăng tải tại trang thông tin điện tử của Phái đoàn Liên minh châu Âu tại Việt Nam:
http://www.delvnm.ec.europa.eu/eu vn relations/development coo/publications.htm
4. Định mức kinh tế kỹ thuật, đầu tư xây dựng cơ bản cho các hoạt động đặc thù của ngành, các hoạt động có tính chất đầu tư thực hiện theo các quy định hiện hành của Chính phủ Việt Nam (không phân biệt nguồn vốn).
5. Ngoài ra, nếu không có quy định định mức cụ thể trong các hiệp định, thoả thuận tài trợ, hoặc do dự án triển khai liên quan tới nhiều bộ/ngành (Bộ là cơ quản chủ quản) đơn vị, địa phương và nhiều đối tác có liên quan, nhưng chưa có định mức chi tiêu thống nhất hoặc đã có nhưng chưa đầy đủ, chưa đáp ứng được yêu cầu thực tiễn, theo đề nghị của Chủ dự án, sau khi có sự nhất trí của đại diện Nhà tài trợ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Vụ Tài chính) sẽ làm văn bản xin ý kiến của Bộ Tài chính trước khi ban hành quy định về định mức chi tiêu áp dụng thống nhất cho toàn dự án.

Giải ngân
1. Đối với vốn nước ngoài: Tuỳ thuộc vào quy định trong hiệp định, thoả thuận tài trợ và yêu cầu của từng lần thanh toán, việc rút vốn, thanh toán bằng nguồn vốn ODA và NGO theo phương thức tài trợ dự án được thực hiện theo một hoặc một số hình thức sau: rút vốn thanh toán trực tiếp/hoặc chuyển tiền, rút vốn thanh toán theo hình thức thư cam kết/hoặc cam kết đặc biệt, rút vốn hoàn vốn, rút vốn hồi tố, thanh toán qua tài khoản đặc biệt/hoặc tài khoản tạm ứng và một số hình thức rút vốn đặc biệt khác theo thoả thuận riêng với Nhà tài trợ.
Đối với các chương trình, dự án ODA vay ưu đãi, hoặc ODA hỗn hợp, theo quy định tại mục III, phần II, Thông tư số 108/2007/TT-BTC, ngày 07/9/2007 của Bộ Tài chính, Ban quản lý dự án có trách nhiệm gửi bộ hồ sơ rút vốn hợp lệ cho Bộ Tài chính. Trong vòng 05 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Bộ Tài chính xem xét ký/hoặc đồng ký Đơn rút vốn đề nghị Nhà tài trợ để xem xét chấp nhận và có thông báo gửi ngân hàng phục vụ để giải ngân.
2. Đối với vốn đối ứng: Trong vòng 05 ngày làm việc, căn cứ kết quả kiểm soát chi đã xác định trên Giấy đề nghị thanh toán, Kho bạc Nhà nước các cấp thực hiện thanh toán phần vốn đối ứng được ngân sách cấp phát cho dự án, phù hợp với kế hoạch vốn đối ứng đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt hàng năm.

Kiểm soát chi
1. Kiểm soát chi là việc kiểm tra, xác nhận các khoản chi tiêu, hồ sơ thanh toán từ nguồn viện trợ, vốn vay ưu đãi của Chủ dự án theo đúng các quy định về quản lý chi ngân sách nhà nước do Kho bạc Nhà nước hoặc Cơ quan cho vay lại được Bộ Tài chính uỷ quyền tiến hành.
2. Kiểm soát chi áp dụng cho tất cả chương trình, dự án được tài trợ bằng nguồn ODA vay ưu đãi, ODA không hoàn lại đồng tài trợ trong các dự án ODA vốn vay, các nguồn vốn ODA vay hỗn hợp và các dự án viện trợ không hoàn lại có tính chất độc lập. Theo quy định tại điểm 1, mục I, phần II trong Thông tư số 108/2007/TT-BTC ngày 07/9/2007 của Bộ Tài chính, việc kiểm soát để rút vốn ngoài nước của dự án ODA không bị hạn chế bởi kế hoạch tài chính hàng năm của dự án nhưng không vượt quá kế hoạch tài chính chung của toàn dự án.
3. Riêng đối với viện trợ bằng hiện vật; viện trợ không hoàn lại phi vật chất (tài sản thuộc sở hữu trí tuệ); các khoản tiền do Nhà tài trợ hoặc đại diện của Nhà tài trợ chi tiêu, thanh toán cho những đối tượng thụ hưởng là các tổ chức, cá nhân là “người không cư trú” (tiền thuê tổ chức tư vấn, chuyên gia nước ngoài làm việc dài hạn tại Việt Nam; chi phí cho chuyên gia nước ngoài thực hiện các chuyến đi khảo sát, thẩm định, đánh giá dự án tại Việt Nam...từ nguồn viện trợ nước ngoài) thuộc các dự án viện trợ không hoàn lại độc lập, không thực hiện chế độ kiểm soát chi.
4. Trường hợp mở tài khoản ở ngân hàng thương mại, nhưng Chủ dự án vẫn có trách nhiệm cung cấp đầy đủ các văn bản pháp lý, hiệp định/văn bản ghi nhớ/thoả thuận với Nhà tài trợ về định mức, dự toán ngân sách, kế hoạch chi tiêu và hồ sơ chứng từ có liên quan cho Kho bạc Nhà nước để thực hiện việc kiểm soát chi đúng, không ảnh hưởng đến tiến độ dự án và cam kết với Nhà tài trợ.
5. Đối với các dự án viện trợ không hoàn lại có tính chất độc lập, trong vòng 10 ngày làm việc kể từ đầu tháng, Chủ dự án phải lập các “Bảng kê tổng hợp chi tiêu, thanh toán từ nguồn viện trợ bằng tiền” theo từng “Tờ khai xác nhận viện trợ bằng tiền” và gửi cho Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch để kiểm soát, xác nhận tổng số tiền chi tiêu từ nguồn tiền viện trợ, sau đó gửi các tài liệu này cho Bộ (Vụ Tài chính) để tổng hợp các Bảng kê này gửi cho Bộ Tài chính để thực hiện việc hạch toán ghi thu ghi chi ngân sách theo đúng mục chi trong

Bộ máy kế toán
1. Tuỳ theo quy mô, tính chất và mô hình tổ chức quản lý của từng dự án, Chủ dự án chủ động đề xuất mô hình kế toán, tổ chức bộ máy kế toán, bố trí cán bộ kế toán chuyên trách hoặc cán bộ kế toán kiêm nhiệm, hoặc tuyển dụng/hợp đồng nhân viên kế toán mới đáp ứng đầy đủ các điều kiện, tiêu chuẩn quy định tại Luật Kế toán và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan, yêu cầu về trình độ, kinh nghiệm, phù hợp với lĩnh vực quản lý, đảm bảo hoàn thành nhiệm vụ kế toán dự án.
2. Bộ máy kế toán, vị trí cụ thể và số lượng kế toán phải được cấp có thẩm quyền hoặc cơ quan/đơn vị được uỷ quyền ghi rõ trong quyết định giao nhiệm vụ hoặc thành lập Ban Quản lý dự án. Từng vị trí trong bộ máy kế toán nhất thiết phải xây dựng bản mô tả công việc (Job Description).

Chế độ kế toán
1. Chế độ kế toán hành chính sự nghiệp, ban hành kèm theo Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, được áp dụng cho các chương trình, dự án hỗ trợ kỹ thuật, tăng cường năng lực, nghiên cứu, đổi mới chính sách, cải cách thể chế có tính chất hành chính sự nghiệp.
2. Chế độ kế toán đơn vị chủ đầu tư, ban hành kèm theo Quyết định số 214/2000/QĐ-BTC, ngày 28/12/2000 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, được áp dụng đối với các chương trình, dự án sử dụng vốn đầu tư xây dựng cơ bản, được phép thành lập Ban Quản lý dự án riêng.
3. Áp dụng chế độ kế toán hiện hành của đơn vị để thực hiện các công việc kế toán trong trường hợp dự án quy mô nhỏ, đơn giản, khối lượng công việc kế toán không lớn, không thành lập Ban quản lý dự án; tuy nhiên Chủ dự án phải hạch toán tách bạch nguồn vốn dự án, chi dự án, không được hòa lẫn nguồn vốn ODA vào nguồn vốn của đơn vị.

Hạch toán kế toán
Các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp, các Văn phòng Đối tác Hỗ trợ ngành, Quỹ uỷ thác ngành và các Ban Quản lý dự án thuộc Bộ phải sử dụng thống nhất một hệ thống tài khoản, mở đủ sổ sách và lập báo cáo theo chế độ kế toán áp dụng tương ứng như đề cập tại

Điều 14 nêu trên để phản ánh đầy đủ, trung thực, kịp thời tình hình tiếp nhận, quản lý và sử dụng kinh phí, tình hình trang bị, mua sắm và sử dụng tài sản của dự án.

Kiểm toán dự án
Kiểm toán các dự án chủ yếu bao gồm kiểm toán báo cáo tài chính hàng năm và kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành, cụ thể:
1. Kiểm toán báo cáo tài chính hàng năm được thực hiện theo quy định của Nhà tài trợ hoặc theo các yêu cầu kiểm toán của cơ quan chức năng của Việt Nam nhằm: (i) kiểm tra và xác nhận tính trung thực và hợp lý của báo cáo tài chính dự án trong một năm tài chính; (ii) đồng thời xác nhận các nguồn lực của dự án đã được sử dụng phù hợp theo các thủ tục, quy định, chính sách, chế độ tài chính, kế toán mà Chính phủ đã thống nhất với Nhà tài trợ áp dụng trong khuôn khổ dự án.
2. Kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành áp dụng đối với tất cả các dự án ODA quan trọng quốc gia, dự án ODA nhóm A, dự án ODA nhóm B sử dụng vốn nhà nước khi hoàn thành (trước khi trình cấp có thẩm quyền thẩm tra, phê duyệt quyết toán); các dự án còn lại thực hiện kiểm toán quyết toán theo yêu cầu của Nhà tài trợ và cấp có thẩm quyền.
3. Ngoài ra, trong một số trường hợp cụ thể, theo yêu cầu của Nhà tài trợ, còn phải thực hiện kiểm toán tuân thủ (Performance Audit), kiểm toán hiệu quả chi tiêu hoặc kiểm toán chuyên đề về mua sắm tài sản (Procurement Audit).
4. Nhà thầu kiểm toán được lựa chọn thực hiện dịch vụ kiểm toán dự án phải đáp ứng được các yêu cầu cơ bản sau: (i) là các công ty kiểm toán hoạt động hợp pháp tại Việt Nam, có tên trong danh sách các công ty có đủ điều kiện thực hiện kiểm toán do Bộ Tài chính (hoặc tổ chức nghề nghiệp được Bộ Tài chính uỷ quyền) công bố hàng năm, trừ trường hợp các cam kết giữa Chính phủ với các Nhà tài trợ có quy định khác; (ii) tuân thủ các quy định hiện hành về kiểm toán cũng như các chuẩn mực kiểm toán và chuẩn mực đạo đức nghề nghiệp kiểm toán.
5. Chủ dự án phải lập và trình Bộ (Vụ Tài chính) xem xét, phê duyệt Kế hoạch kiểm toán và Hồ sơ mời thầu/Điều khoản tham chiếu cho dịch vụ kiểm toán hàng năm hoặc cho kiểm toán toàn giai đoạn dự án (trừ các trường hợp đã được Bộ trưởng uỷ quyền) trước khi tiến hành các thủ tục tiếp theo theo quy định của pháp luật đấu thầu hiện hành.
6. Ngay sau khi nhận được Báo cáo kiểm toán tài chính năm và Báo cáo kiểm toán quyết toán dự án hoàn thành do Nhà thầu kiểm toán thực hiện, trong vòng 10 ngày làm việc, cùng với việc gửi báo cáo kiểm toán theo yêu cầu của Nhà tài trợ, Chủ dự án còn phải gửi cho Vụ Tài chính 01 bộ (gồm cả thư quản lý) để nắm bắt thông tin, kiến nghị phục vụ công tác quản lý, đồng thời đây cũng là một trong những căn cứ để thẩm tra, phê duyệt quyết toán dự án.

Quyết toán dự án theo niên độ hàng năm
1. Hàng năm, các Chủ dự án là các đơn vị dự toán cấp II có trách nhiệm kiểm tra, xét duyệt quyết toán phản ánh đầy đủ các nguồn vốn (nguồn hỗ trợ của nước ngoài và vốn đối ứng...) cho các đơn vị cấp III, các Ban quản lý dự án và đơn vị cấp dưới trực thuộc, sau đó tổng hợp, lập báo cáo quyết toán năm kịp thời gửi Bộ (Vụ Tài chính) để xét duyệt, thẩm định và thông báo quyết toán hàng năm.
2. Đối với các dự án XDCB, quyết toán dự án năm thực hiện theo Thông tư số 53/2005/TT-BTC ngày 23/6/2005 của Bộ Tài chính và Quyết định số 2533/QĐ-BNN-TC, ngày 19/8/2008 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, hướng dẫn lập, thẩm định báo cáo quyết toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản thuộc nguồn vốn ngân sách nhà nước theo niên độ ngân sách hàng năm và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế các Thông tư, Quyết định này.
3. Đối với các dự án HCSN, quyết toán dự án năm thực hiện theo Thông tư số 01/2007/TT-BTC, ngày 02/01/2007 của Bộ Tài chính, hướng dẫn xét duyệt, thẩm định và thông báo quyết toán hàng năm đối với các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp và tổ chức được ngân sách nhà nước hỗ trợ; Quyết định số 3833/QĐ-BNN-TC, ngày 03/12/2008 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, ban hành Quy định xét duyệt, thẩm định và thông báo quyết toán năm đối với các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp, các tổ chức được giao sử dụng ngân sách do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế các Thông tư, Quyết định này.

Quyết toán dự án hoàn thành
1. Kết thúc dự án, các Chủ dự án đều phải lập báo cáo quyết toán vốn đầu tư (đối với dự án XDCB), báo cáo quyết toán vốn hành chính sự nghiệp (đối với dự án có tính chất chi HCSN), phản ánh đầy đủ các nguồn vốn của dự án để trình Bộ (Vụ Tài chính) xem xét, thẩm tra, phê duyệt theo chế độ kế toán hiện hành.
2. Báo cáo quyết toán vốn dự án đầu tư XDCB hoàn thành thực hiện theo các quy định tại Thông tư số 33/2007/TT-BTC, ngày 09/4/2007 của Bộ Tài chính, Quyết định số 2707/QĐ-BNN-TC, ngày 03/9/2008 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, hướng dẫn quyết toán vốn đầu tư và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế các Thông tư, Quyết định này.
3. Báo cáo quyết toán vốn dự án có tính chất chi HCSN hoàn thành thực hiện theo các quy định tại Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC, ngày 30/3/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính, ban hành chế độ kế toán hành chính sự nghiệp, và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế Quyết định này.

Trang bị, mua sắm tài sản
1. Việc trang bị, mua sắm tài sản phục vụ công tác quản lý dự án phải phù hợp với văn kiện dự án đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt, yêu cầu nhiệm vụ được giao và tiêu chuẩn, định mức do Nhà nước quy định, đảm bảo thực hành tiết kiệm, chống lãng phí.
2. Trường hợp mua sắm trang bị mới tài sản, phải thực hiện theo các quy định của pháp luật đấu thầu hiện hành. Chủ dự án phải lập kế hoạch đấu thầu tổng thể trình Bộ phê duyệt cho toàn dự án trước khi tiến hành các thủ tục mua sắm tiếp theo (trừ các gói thầu cần thực hiện trước).
3. Trường hợp Điều ước quốc tế cụ thể về ODA hoặc các các cam kết thoả thuận tài trợ có quy định khác quy định hiện hành của Việt Nam về trang bị, mua sắm và quản lý tài sản của Ban Quản lý dự án thì Chủ dự án phải báo cáo Bộ (Vụ Tài chính) trình Thủ tướng Chính phủ xin ý kiến trước khi ký kết hoặc thực hiện mua sắm theo quy định của Điều ước quốc tế đó.

Quản lý tài sản
1. Tài sản do dự án trang bị, mua sắm phải sử dụng đúng mục đích, mở thẻ, sổ theo dõi chi tiết, hạch toán đầy đủ theo chế độ quy định. Việc tính hao mòn tài sản được áp dụng theo Chế độ quản lý và tính hao mòn tài sản cố định trong các cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập và các tổ chức có sử dụng Ngân sách nhà nước ban hành kèm theo Quyết định số 32/2008/QĐ-BTC, ngày 29/5/2008 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và các văn bản sửa đổi, bổ sung, thay thế Quyết định này.
2. Mọi tài sản được mua, được tiếp nhận theo quyết định của cấp có thẩm quyền và tài sản được thuê để phục vụ cho hoạt động của dự án phải được sử dụng đúng mục đích, đúng đối tượng, đúng định mức tiêu chuẩn của nhà nước đã quy định; nghiêm cấm việc: (i)mua bán, trao đổi, chuyển nhượng, biếu, tặng, cho mượn khi chưa có quyết định của cấp có thẩm quyền; (ii) cho các tổ chức, cá nhân thuê, mượn, sử dụng; (iii) sử dụng vào mục đích cá nhân.
3. Chủ dự án/Ban Quản lý dự án được giao trực tiếp quản lý, sử dụng tài sản phải ban hành Quy chế quản lý, sử dụng tài sản; quy định về định mức tiêu hao xăng dầu đối với phương tiện vận chuyển; hàng năm, phải tiến hành kiểm kê và báo cáo kết quả kiểm kê gửi về Bộ (Vụ Tài chính) theo quy định hiện hành.
4. Tài sản được mua, được tiếp nhận để phục vụ hoạt động của dự án phải được bảo dưỡng, sửa chữa theo đúng quy định về quản lý kỹ thuật của Nhà nước đối với từng loại tài sản. Nguồn kinh phí bảo dưỡng, sửa chữa tài sản được sử dụng từ nguồn kinh phí trong dự toán chi hàng năm của Ban Quản lý dự án.

Xử lý tài sản trong quá trình sử dụng và sau khi dự án kết thúc
1. Việc xử lý tài sản của các dự án khi dự án kết thúc hoặc không cần sử dụng trong quá trình thực hiện dự án phải được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 116/2005/TT-BTC, ngày 19/12/2005 của Bộ Tài chính, hướng dẫn việc quản lý và xử lý tài sản của các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước khi dự án kết thúc và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan cùng với các văn bản sửa đổi, bổ sung và thay thế những quy định này.
2. Hồ sơ trình Bộ (Vụ Tài chính) xử lý tài sản bao gồm:
2.1 Công văn đề nghị xử lý tài sản dự án hoàn thành;
2.2 Biên bản kiểm kê tài sản dự án hoàn thành (theo mẫu phụ lục 01/TSDA);
2.3 Tổng hợp danh mục tài sản đề nghị xử lý (theo mẫu phụ lục 02/TSDA);
2.4 Văn bản xin nhận điều chuyển của đơn vị có nhu cầu (đối với tài sản bàn giao cho địa phương phải có Công văn của Uỷ ban Nhân dân tỉnh);
2.5 Bản sao Hiệp định/Văn bản ghi nhớ/Thoả thuận tài trợ;
2.6 Công thư hoặc thoả thuận chuyển giao tài sản của Nhà tài trợ (nếu có);
2.7 Báo cáo tình hình sử dụng ô tô (trường hợp xin nhận điều chuyển);
2.8 Bản sao các văn bản giấy tờ khác liên quan tới quyền sử dụng tài sản (đối với trụ sở, nhà đất, công trình gắn liền với đất và phương tiện vận chuyển).
3. Trình tự xử lý tài sản gồm các bước sau:
3.1 Trước thời điểm dự án kết thúc, Chủ dự án phải chỉ đạo Ban Quản lý dự án chuẩn bị hồ sơ, tài liệu, thành lập hội đồng kiểm kê tài sản; trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày dự án kết thúc hoặc tài sản không còn sử dụng được, không có nhu cầu sử dụng trong quá trình thực hiện dự án, Ban Quản lý dự án có trách nhiệm kiểm kê lập Biên bản (theo mẫu phụ lục 01/TSDA), lập phương án đề xuất xử lý tài sản (theo mẫu phụ lục 02/TSDA) được quy định tại Thông tư 116/2005/TT-BTC, ngày 19/12/2005 của Bộ Tài chính.
3.2 Chủ dự án xem xét, tập hợp kết quả kiểm kê của Ban quản lý dự án, gửi hồ sơ theo quy định tại Khoản 2,

Điều 21 của Thông tư này để trình Bộ quyết định xử lý tài sản;
3.3 Trong vòng 10 ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ hợp lệ, Vụ Tài chính có văn bản trình Bộ gửi Bộ Tài chính thoả thuận về phương án xử lý tài sản;
3.4 Trong vòng 05 ngày làm việc kể từ khi nhận được văn bản trả lời của Bộ Tài chính, Vụ Tài chính có văn bản trình Bộ ban hành quyết định xử lý;
3.5 Trên cơ sở quyết định xử lý tài sản của Bộ, không quá 10 ngày làm việc, Chủ dự án chỉ đạo Ban Quản lý dự án thành lập Hội đồng để tiến hành bàn giao (trong trường hợp điều chuyển tài sản), hoặc tổ chức thanh lý bán đấu giá đối với những tài sản còn giá trị được thanh lý hoặc/và thanh huỷ đối với những tài sản hư hỏng nặng không còn khả năng sửa chữa, khôi phục và không còn giá trị.
3.6 Chủ dự án phải báo cáo kết quả xử lý về Bộ thông qua Vụ Tài chính chậm nhất không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày hoàn thành việc bàn giao, xử lý tài sản để phục vụ công tác giám sát, kiểm tra.
4. Chủ dự án phải hoàn toàn chịu trách nhiệm trước pháp luật và trước Bộ trưởng nếu để xảy ra tình trạng quản lý tài sản lỏng lẻo, gây thất thoát, lãng phí, thiệt hại, chậm xử lý tài sản dự án khi kết thúc, điều chuyển tài sản không đúng thẩm quyền.

Các loại thuế
Các loại thuế áp dụng đối với dự án bao gồm: thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân, thuế thu nhập doanh nghiệp, phí và lệ phí.

Chính sách thuế và ưu đãi về thuế
1. Đối với dự án ODA không hoàn lại thực hiện theo quy định tại mục II, Thông tư số 123/2007/TT-BTC, ngày 23/10/2007 của Bộ Tài chính, hướng dẫn thực hiện chính sách thuế và ưu đãi về thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn ODA và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế Thông tư này.
2. Đối với dự án ODA vay ưu đãi, vay hỗn hợp (gọi chung là ODA vay) thực hiện theo quy định tại mục III, Thông tư số 123/2007/TT-BTC, ngày 23/10/2007 của Bộ Tài chính, hướng dẫn thực hiện chính sách thuế và ưu đãi về thuế đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ ODA và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế Thông tư này.

Chấp hành nghĩa vụ thuế
1. Để thực hiện nghĩa vụ thuế, Chủ dự án phải đăng ký với Cơ quan thuế nơi đóng trụ sở giao dịch để được cấp mã số thuế. Thủ tục đăng ký thuế và cấp mã số thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 85/2007/TT-BTC, ngày 18/7/2007 của Bộ Tài chính, hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế về việc đăng ký thuế và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế Thông tư này.
2. Riêng đối với thuế giá trị gia tăng, hồ sơ hoàn thuế, thời hạn kê khai, tổ chức tiếp nhận hồ sơ và hoàn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 60/2007/TT-BTC, ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính, hướng dẫn thi hành một số điều của Luật quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP, ngày 25/5/2007 của Chính phủ, qui định chi tiết thi hành một số điều của Luật quản lý thuế và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế các quy định này.
3. Đối với chuyên gia, tư vấn và cán bộ làm việc cho dự án, Chủ dự án có trách nhiệm khấu trừ tại nguồn, thực hiện đăng ký, làm các thủ tục kê khai và nộp thuế thu nhập cá nhân theo quy định của Luật Thuế thu nhập cá nhân và các văn bản hướng dẫn thực hiện (trừ trường hợp được miễn thuế, lệ phí đối với chuyên gia nước ngoài thực hiện các chương trình, dự án sử dụng nguồn ODA theo hướng dẫn tại Thông tư số 52/2000/TT-BKH, ngày 05/6/2000 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư).
4. Đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam cung cấp các dịch vụ cho dự án phải thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định tại Thông tư số 134/2008/TT-BTC, ngày 31/12/2008 của Bộ Tài chính và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế Thông tư này.

Tổ chức thực hiện
1. Vụ trưởng Vụ Tài chính tổ chức hướng dẫn, theo dõi, kiểm tra tình hình thực hiện Thông tư này.
2. Thủ trưởng các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp, Giám đốc các Văn phòng Đối tác Hỗ trợ ngành, Quỹ uỷ thác ngành và Giám đốc các Ban Quản lý dự án thuộc Bộ, được Bộ giao làm chủ chương trình, dự án, hoặc được giao điều phối, thực hiện một phần hay toàn bộ chương trình, dự án có trách nhiệm tuyên truyền, phổ biến sâu rộng, tổ chức triển khai thực hiện nghiêm chỉnh các quy định tại Thông tư này.
3. Giao Vụ Hợp tác quốc tế, trong Quý I hàng năm lập và tổng hợp báo cáo danh mục các dự án đã phê duyệt năm trước và danh mục dự kiến các dự án sẽ vận động, đàm phán, ký kết trong năm để gửi các cơ quan thẩm quyền có liên quan, đồng thời gửi cho Vụ Tài chính, Vụ Kế hoạch để phối hợp theo dõi phục vụ công tác quản lý và báo cáo chung của Bộ và báo cáo với các Bộ ngành.
4. Giao Vụ Hợp tác quốc tế phối hợp với Vụ Tài chính, Vụ Kế hoạch, cùng các Cục/Vụ khác có liên quan, hàng năm lập kế hoạch kiểm tra định kỳ và kiểm tra đột xuất về tình hình tiếp nhận, quản lý và sử dụng nguồn hỗ trợ của nước ngoài thông qua các chương trình, dự án; kịp thời phát hiện những sai phạm và dấu hiệu vi phạm, đề xuất với Bộ trưởng biện pháp xử lý.

Xử lý vi phạm
1. Trong suốt quá trình triển khai thực hiện dự án, cũng như khi dự án kết thúc, nếu Chủ dự án có các dấu hiệu, biểu hiện vi phạm các quy định hiện hành của Nhà nước về quản lý tài chính, không lập, trình Bộ phê duyệt quyết toán và không đề xuất phương án xử lý tài sản dự án hoàn thành để xảy ra tình trạng sử dụng sai mục đích, điều chuyển tài sản không đúng thẩm quyền, Vụ Tài chính phối hợp với Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Hợp tác quốc tế, Thanh tra Bộ kiểm tra làm rõ trách nhiệm, báo cáo Bộ trưởng không giao cho đơn vị thực hiện dự án mới.
2. Ngoài biện pháp xử lý nêu trên, mọi tổ chức, cá nhân vi phạm các quy định tại Thông tư này thì tùy theo tính chất và mức độ vi phạm sẽ bị kiến nghị xử lý theo quy định của pháp luật, đồng thời chịu trách nhiệm kiểm điểm trước Bộ trưởng về hành vi vi phạm đó.

Hiệu lực thi hành
Thông tư này có hiệu lực thi hành sau bốn mươi lăm ngày kể từ ngày ký. Trong quá trình thực hiện, nếu có khó khăn, vướng mắc hoặc phát hiện những vấn đề mới phát sinh, Thủ trưởng các cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp, Giám đốc các Văn phòng Đối tác Hỗ trợ ngành, Quỹ Uỷ thác ngành và Giám đốc các Ban Quản lý dự án thuộc Bộ kịp thời báo cáo Bộ để tổng hợp xem xét, quyết định sửa đổi, bổ sung cho phù hợp./.