THÔNG TƯ Hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế

Điều 2 Nghị định số 85/2007/NĐ-CP của Chính phủ, bao gồm:
1.1. Tổ chức, hộ gia đình, cá nhân nộp thuế, phí, lệ phí hoặc các khoản thu khác thuộc Ngân sách Nhà nước theo quy định của pháp luật.
1.2. Tổ chức được giao nhiệm vụ thu phí, lệ phí thuộc Ngân sách nhà nước.
1.3. Tổ chức, cá nhân khấu trừ thuế, bao gồm:
1.3.1. Tổ chức, cá nhân là bên Việt Nam ký hợp đồng với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam không theo quy định của pháp luật về đầu tư và không thực hiện chế độ kế toán Việt Nam;
1.3.2. Tổ chức, cá nhân khấu trừ thuế khi chi trả thu nhập cho người có thu nhập thuộc diện nộp thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao;
1.3.3. Tổ chức làm đại lý tàu biển, đại lý cho các hãng vận tải nước ngoài có trách nhiệm khấu trừ thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động kinh doanh vận chuyển hàng hóa bằng tàu biển từ các cảng biển Việt Nam ra nước ngoài hoặc giữa các cảng biển Việt Nam;
1.3.4. Tổ chức kinh doanh dịch vụ làm thủ tục về thuế;
2. Cơ quan thuế gồm: Tổng cục Thuế, Cục Thuế và Chi cục Thuế;
3. Công chức thuế;
4. Cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến việc thực hiện pháp luật về thuế.
III. NỘI DUNG QUẢN LÝ THUẾ
HƯỚNG DẪN TẠI THÔNG TƯ NÀY BAO GỒM
1. Khai thuế, tính thuế;
2. Ấn định thuế;
3. Nộp thuế;
4. Uỷ nhiệm thu thuế;
5. Trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế;
6. Thủ tục miễn thuế, giảm thuế; xoá nợ tiền thuế, tiền phạt;
7. Thủ tục hoàn thuế, bù trừ thuế;
8. Kiểm tra thuế, thanh tra thuế;
9. Giải quyết khiếu nại, tố cáo, khởi kiện liên quan đến thực hiện pháp luật thuế.
IV. PHẠM VI VÀ NỘI DUNG QUẢN LÝ THUẾ
KHÔNG BAO GỒM TRONG THÔNG TƯ NÀY
1. Các quy định về quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu; quản lý thuế đối với hoạt động khai thác, xuất khẩu dầu thô.
2. Nội dung quản lý thuế về đăng ký thuế, cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế, xử lý vi phạm pháp luật về thuế.
V. VĂN BẢN GIAO DỊCH VỚI CƠ QUAN THUẾ
1. Văn bản giao dịch với cơ quan thuế bao gồm tài liệu kèm theo hồ sơ thuế, công văn, đơn từ và các tài liệu khác do người nộp thuế, tổ chức được uỷ nhiệm thu thuế và các tổ chức, cá nhân khác gửi đến cơ quan thuế.
2. Văn bản giao dịch với cơ quan thuế phải được soạn thảo, ký, ban hành đúng thẩm quyền; thể thức văn bản, chữ ký, con dấu trên văn bản phải thực hiện theo quy định của pháp luật về công tác văn thư.
3. Văn bản giao dịch với cơ quan thuế được thực hiện thông qua giao dịch điện tử thì phải tuân thủ đúng các quy định của pháp luật về giao dịch điện tử.
4. Trường hợp phát hiện văn bản giao dịch với cơ quan thuế không đáp ứng được các yêu cầu nêu trên thì cơ quan thuế yêu cầu người có văn bản giao dịch khắc phục sai sót và nộp bản thay thế. Thời điểm cơ quan thuế nhận được bản thay thế được coi là thời điểm nộp văn bản giao dịch.
5. Ngôn ngữ được sử dụng trong các tài liệu trong hồ sơ thuế là tiếng Việt. Trường hợp tài liệu bằng tiếng nước ngoài thì phải được dịch ra tiếng Việt và được Uỷ ban nhân dân cấp huyện hoặc cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự của nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam ở nước ngoài chứng thực theo thẩm quyền.
Việc hợp pháp hoá lãnh sự đối với các giấy tờ, tài liệu do cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cấp chỉ bắt buộc trong trường hợp cụ thể hướng dẫn tại Thông tư này.
VI. VIỆC TIẾP NHẬN HỒ SƠ THUẾ GỬI ĐẾN CƠ QUAN THUẾ
1. Trường hợp hồ sơ được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế, công chức thuế tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận số lượng tài liệu trong hồ sơ.
2. Trường hợp hồ sơ được gửi qua đường bưu chính, công chức thuế đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan thuế.
3. Trường hợp hồ sơ được nộp thông qua giao dịch điện tử, việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ khai thuế do cơ quan thuế thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
4. Trường hợp cần bổ sung hồ sơ, cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế trong ngày nhận hồ sơ đối với trường hợp trực tiếp nhận hồ sơ, trong thời hạn ba ngày làm việc, kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ qua đường bưu chính hoặc thông qua giao dịch điện tử.
VII. CÁCH TÍNH THỜI HẠN ĐỂ THỰC HIỆN
CÁC THỦ TỤC HÀNH CHÍNH THUẾ
1. Trường hợp thời hạn được tính bằng "ngày" thì tính liên tục theo dương lịch, kể cả ngày nghỉ.
2. Trường hợp thời hạn được tính bằng "ngày làm việc" thì tính theo ngày làm việc của cơ quan hành chính nhà nước theo quy định của pháp luật: là các ngày theo dương lịch trừ ngày thứ bảy, chủ nhật, ngày lễ, ngày tết (gọi chung là ngày nghỉ).
3. Trường hợp thời hạn được tính từ một ngày cụ thể thì ngày bắt đầu tính thời hạn là ngày tiếp theo của ngày cụ thể đó.
4. Trường hợp ngày cuối cùng của thời hạn giải quyết thủ tục hành chính trùng với ngày nghỉ theo quy định của pháp luật thì ngày cuối cùng của thời hạn được tính là ngày tiếp theo của ngày nghỉ đó.
5. Ngày đã nộp hồ sơ thuế để tính thời hạn giải quyết công việc hành chính thuế là ngày cơ quan thuế nhận được hồ sơ hợp lệ, đầy đủ giấy tờ, văn bản đúng theo quy định.

Điều 37 và

Điều 38 của Luật Quản lý thuế.
1.2. Người nộp thuế phải khai chính xác, trung thực, đầy đủ các nội dung trong tờ khai thuế với cơ quan thuế theo mẫu do Bộ Tài chính quy định và nộp đủ các chứng từ, tài liệu quy định trong hồ sơ khai thuế.
1.3. Đối với loại thuế khai theo tháng, quý hoặc năm, nếu trong kỳ tính thuế không phát sinh nghĩa vụ thuế hoặc người nộp thuế đang thuộc diện được hưởng ưu đãi, miễn giảm thuế thì người nộp thuế vẫn phải nộp hồ sơ khai thuế cho cơ quan thuế theo đúng thời hạn quy định, trừ trường hợp đã chấm dứt hoạt động phát sinh nghĩa vụ thuế.
1.4. Đối với loại thuế khai theo tháng hoặc khai theo quý, kỳ tính thuế đầu tiên được tính từ ngày bắt đầu hoạt động phát sinh nghĩa vụ thuế đến ngày cuối cùng của tháng hoặc quý, kỳ tính thuế cuối cùng được tính từ ngày đầu tiên của tháng hoặc quý đến ngày kết thúc hoạt động phát sinh nghĩa vụ thuế. Kỳ tính thuế năm của thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc thuế tài nguyên được tính theo năm tài chính của người nộp thuế. Kỳ tính thuế năm của các loại thuế khác là năm dương lịch.
2. Hồ sơ khai thuế:
Hồ sơ khai thuế bao gồm tờ khai thuế và các tài liệu liên quan làm căn cứ để người nộp thuế khai thuế, tính thuế với cơ quan thuế.
Người nộp thuế phải sử dụng đúng mẫu tờ khai thuế và các mẫu phụ lục kèm theo tờ khai thuế do Bộ Tài chính quy định, không được thay đổi khuôn dạng, thêm, bớt hoặc thay đổi vị trí của bất kỳ chỉ tiêu nào trong tờ khai thuế. Đối với một số loại giấy tờ trong hồ sơ thuế mà Bộ Tài chính không ban hành mẫu thì thực hiện theo quy định của pháp luật có liên quan.
3. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế:
3.1. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế tháng chậm nhất là ngày thứ hai mươi của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
3.2. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế quý chậm nhất là ngày thứ ba mươi của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế.
3.3. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế cả năm chậm nhất là ngày thứ ba mươi của tháng đầu tiên của năm dương lịch hoặc năm tài chính.
3.4. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế theo từng lần phát sinh nghĩa vụ thuế chậm nhất là ngày thứ mười, kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế.
3.5. Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế năm chậm nhất là ngày thứ chín mươi, kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính.
3.6. Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế đối với trường hợp chấm dứt hoạt động, chấm dứt hợp đồng, chuyển đổi hình thức sở hữu doanh nghiệp hoặc tổ chức lại doanh nghiệp chậm nhất là ngày thứ bốn mươi lăm, kể từ ngày phát sinh các trường hợp đó.
3.7. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, thu khác liên quan đến sử dụng đất theo cơ chế một cửa liên thông thì thực hiện theo thời hạn quy định tại văn bản hướng dẫn liên ngành về cơ chế một cửa liên thông đó.
4. Gia hạn nộp hồ sơ khai thuế:
4.1. Người nộp thuế không có khả năng nộp hồ sơ khai thuế đúng hạn do thiên tai, hoả hoạn, tai nạn bất ngờ thì được thủ trưởng cơ quan thuế quản lý trực tiếp gia hạn nộp hồ sơ khai thuế.
4.2. Thời gian gia hạn không quá ba mươi ngày đối với việc nộp hồ sơ khai thuế tháng, khai thuế năm, khai thuế tạm tính, khai thuế theo từng lần phát sinh nghĩa vụ thuế; sáu mươi ngày đối với việc nộp hồ sơ khai quyết toán thuế, kể từ ngày hết thời hạn phải nộp hồ sơ khai thuế.
4.3. Người nộp thuế phải gửi đến cơ quan thuế nơi nhận hồ sơ khai thuế văn bản đề nghị gia hạn nộp hồ sơ khai thuế trước khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế, trong đó nêu rõ lý do đề nghị gia hạn có xác nhận của Uỷ ban nhân dân xã, phường, thị trấn hoặc công an xã, phường, thị trấn nơi phát sinh trường hợp được gia hạn nộp hồ sơ khai thuế.
4.4. Trong thời hạn năm ngày làm việc, kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị gia hạn nộp hồ sơ khai thuế, cơ quan thuế phải trả lời bằng văn bản cho người nộp thuế về việc chấp nhận hay không chấp nhận việc gia hạn nộp hồ sơ khai thuế; nếu cơ quan thuế không có văn bản trả lời thì coi như đề nghị của người nộp thuế được chấp nhận.
5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế:
5.1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
5.2. Trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm tăng số tiền thuế phải nộp, người nộp thuế tự xác định số tiền phạt chậm nộp căn cứ vào số tiền thuế chậm nộp, số ngày chậm nộp và mức xử phạt theo quy định tại

Điều 106 Luật Quản lý thuế. Trường hợp người nộp thuế không tự xác định hoặc xác định không đúng số tiền phạt chậm nộp thì cơ quan thuế xác định số tiền phạt chậm nộp và thông báo cho người nộp thuế biết để thực hiện.
5.3. Trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế phải nộp, người nộp thuế được điều chỉnh giảm tiền thuế, tiền phạt (nếu có) tại ngày cuối cùng của tháng nộp hồ sơ khai bổ sung; hoặc được bù trừ số thuế giảm vào số thuế phát sinh của lần khai thuế tiếp theo.
5.4. Mẫu hồ sơ khai bổ sung:
Tờ khai thuế tương ứng với tờ khai thuế cần được khai bổ sung, điều chỉnh thông tin;
Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư này;
Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh tương ứng với các tài liệu trong hồ sơ thuế của từng phần cụ thể tại Thông tư này.
II. KHAI THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG
1. Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế:
1.1. Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
1.2. Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh cùng nơi người nộp thuế có trụ sở chính: nếu đơn vị trực thuộc hạch toán độc lập thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc hạch toán phụ thuộc thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị trực thuộc.
Nếu đơn vị trực thuộc hạch toán phụ thuộc có con dấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, kê khai đầy đủ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra muốn kê khai nộp thuế riêng phải đăng ký nộp thuế riêng, cấp mã số thuế phụ thuộc và sử dụng hóa đơn riêng.
1.3. Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.
1.4. Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho chi cục thuế quản lý địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai đó.
1.5. Trường hợp người nộp thuế có công trình xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh liên quan tới nhiều địa phương như: xây dựng đường giao thông, đường dây tải điện, đường ống dẫn nước, dẫn dầu, khí v.v., không xác định được doanh thu của công trình ở từng địa phương cấp huyện thì người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng của doanh thu xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh chung với hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tại trụ sở chính.
2. Khai thuế giá trị gia tăng là loại khai thuế theo tháng và các trường hợp:
Khai quyết toán năm đối với thuế giá trị gia tăng tính theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng;
Khai thuế giá trị gia tăng tạm tính theo từng lần phát sinh đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh.
Khai thuế giá trị gia tăng theo từng lần phát sinh đối với thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp trên doanh số của người kinh doanh không thường xuyên.
3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ:
3.1. Người nộp thuế tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế bao gồm doanh nghiệp, tổ chức kinh tế và các đơn vị trực thuộc của doanh nghiệp, tổ chức kinh tế thực hiện chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định; trừ trường hợp áp dụng phương pháp tính thuế trực tiếp trên giá trị gia tăng quy định tại khoản 4 mục này.
3.2. Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng áp dụng phương pháp khấu trừ thuế:
Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này;
Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ bán ra theo mẫu số 01-1/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này;
Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này;
Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh theo mẫu số 01-3/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này (áp dụng đối với trường hợp tại kỳ khai thuế người nộp thuế có khai bổ sung, điều chỉnh cho hồ sơ khai thuế của các kỳ khai thuế trước).
Bảng phân bổ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào được khấu trừ trong tháng theo mẫu số 01-4A/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này (áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế phân bổ số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ trong tháng theo tỷ lệ (%) doanh thu hàng hoá dịch vụ bán ra chịu thuế giá trị gia tăng trên tổng doanh thu hàng hoá dịch vụ bán ra của tháng tính thuế).
Bảng kê khai điều chỉnh thuế giá trị gia tăng đầu vào phân bổ được khấu trừ năm theo mẫu số 01-4B/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này (áp dụng đối với trường hợp người nộp thuế tính phân bổ lại số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ trong năm theo tỷ lệ (%) doanh thu hàng hoá dịch vụ bán ra chịu thuế giá trị gia tăng trên tổng doanh thu hàng hoá dịch vụ bán ra của năm). Số liệu điều chỉnh tăng, giảm thuế giá trị gia tăng đầu vào phân bổ được khấu trừ được tổng hợp vào Tờ khai thuế giá trị gia tăng tháng ba năm tiếp theo.
Bảng kê số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh theo mẫu số 01-5/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
3.3. Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư mới phát sinh thuế đầu vào nhưng chưa phát sinh thuế đầu ra thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư. Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng của dự án đầu tư bao gồm:
Tờ khai thuế giá trị gia tăng dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này;
Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
4. Khai thuế giá trị gia tăng tính theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng:
4.1. Hộ gia đình, cá nhân kinh doanh và người nộp thuế kinh doanh vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ lưu giữ được đầy đủ hoá đơn mua vào, hoá đơn bán ra để xác định được giá trị gia tăng thì áp dụng khai thuế giá trị gia tăng tính theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng.
4.2. Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng tính theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng là Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 03/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
4.3. Hồ sơ khai quyết toán thuế giá trị gia tăng năm tính theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng là Tờ khai quyết toán thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 04/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
5. Khai thuế giá trị gia tăng tính theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu:
5.1. Hộ gia đình, cá nhân, tổ chức kinh doanh thực hiện lưu giữ đủ hoá đơn, chứng từ bán hàng, cung cấp dịch vụ nhưng không có đủ hoá đơn, chứng từ mua hàng hoá, dịch vụ đầu vào nên không xác định được giá trị gia tăng trong kỳ thì áp dụng khai thuế giá trị gia tăng tính theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu.
5.2. Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng tính theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu là Tờ khai thuế giá trị gia tăng mẫu số 05/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
5.3. Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo từng lần phát sinh tính theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu là Tờ khai thuế giá trị gia tăng mẫu số 05/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
6. Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh.
6.1. Người nộp thuế kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh thì khai thuế giá trị gia tăng tạm tính theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hoá, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 10%) hoặc theo tỷ lệ 1% (đối với hàng hoá, dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5%) trên doanh thu hàng hoá, dịch vụ chưa có thuế giá trị gia tăng với chi cục thuế quản lý địa phương nơi kinh doanh, bán hàng.
6.2. Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh là Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 06/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
6.3. Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh được nộp theo từng lần phát sinh doanh thu. Trường hợp phát sinh nhiều lần nộp hồ sơ khai thuế trong một tháng thì người nộp thuế có thể đăng ký với chi cục thuế nơi nộp hồ sơ khai thuế để chuyển sang nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo tháng.
6.4. Khi khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu phát sinh và số thuế giá trị gia tăng đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh trong hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính. Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh được trừ vào số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo tờ khai thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế tại trụ sở chính.
7. Chuyển đổi áp dụng các phương pháp tính thuế giá trị gia tăng.
7.1. Các trường hợp chuyển đổi áp dụng các phương pháp tính thuế giá trị gia tăng.
Người nộp thuế đang áp dụng tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp, nếu đáp ứng đủ điều kiện tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ theo quy định tại điểm 3.1 mục này thì có quyền gửi văn bản đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp chấp thuận chuyển sang áp dụng tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ theo mẫu số 07/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
Người nộp thuế đang áp dụng tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu, nếu đáp ứng đủ điều kiện tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng theo quy định tại điểm 4.1 mục này thì có quyền gửi văn bản đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp chấp thuận chuyển sang áp dụng tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng theo mẫu số 07/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này.
7.2. Trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị chuyển đổi phương pháp tính thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế, cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra và trả lời bằng văn bản cho người nộp thuế về việc đồng ý hay không đồng ý đề nghị của người nộp thuế. Người nộp thuế chỉ được thay đổi phương pháp tính thuế sau khi được cơ quan thuế đồng ý cho chuyển đổi phương pháp tính thuế.
7.3. Người nộp thuế đã được cơ quan thuế đồng ý chuyển áp dụng từ phương pháp tính thuế trực tiếp sang phương pháp tính thuế khấu trừ hoặc từ phương pháp tính thuế trực tiếp trên doanh thu sang phương pháp tính thuế trực tiếp trên giá trị gia tăng nếu trong quá trình thực hiện không đáp ứng đủ các điều kiện quy định thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp áp dụng biện pháp ấn định thuế phải nộp và ra thông báo chuyển sang phương pháp tính thuế thích hợp.
8. Hướng dẫn khai thuế giá trị gia tăng, lập bảng kê hoá đơn bán ra, hoá đơn mua vào trong một số trường hợp cụ thể như sau:
8.1. Khai thuế giá trị gia tăng đối với hoạt động đại lý:
Người nộp thuế là đại lý bán hàng hoá, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng phải khai thuế đối với doanh thu bán hàng đại lý và doanh thu hoa hồng đại lý được hưởng.
Người nộp thuế là đại lý thu mua theo các hình thức phải khai thuế giá trị gia tăng đối với hàng hoá thu mua đại lý và doanh thu hoa hồng được hưởng.
Người nộp thuế là đại lý bán vé của dịch vụ bưu điện, xổ số, máy bay, ô tô, tàu hoả, tàu thuỷ hoặc bán bảo hiểm theo đúng giá quy định của bên giao đại lý hưởng hoa hồng thì không phải khai thuế giá trị gia tăng đối với doanh thu hàng hóa, dịch vụ nhận bán đại lý và doanh thu hoa hồng đại lý được hưởng.
Người nộp thuế là đại lý bán hàng hoá, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế giá trị gia tăng thì không phải khai thuế giá trị gia tăng đối với doanh thu hàng hoá, dịch vụ đó và doanh thu hoa hồng đại lý được hưởng.
8.2. Doanh nghiệp kinh doanh vận tải thực hiện nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của hoạt động kinh doanh vận tải với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
8.3. Người nộp thuế tính thuế theo phương pháp khấu trừ thuế có hoạt động kinh doanh vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ kê khai thuế giá trị gia tăng như sau:
Đối với hoạt động kinh doanh hàng hoá, dịch vụ tính thuế theo phương pháp khấu trừ, người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 3 mục này.
Đối với hoạt động kinh doanh vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ, người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 4 hoặc khoản 5 mục này.
8.4. Người nộp thuế kinh doanh dịch vụ cho thuê tài chính không phải nộp Tờ khai thuế giá trị gia tăng đối với dịch vụ cho thuê tài chính, mà chỉ nộp Bảng kê hoá đơn hàng hoá, dịch vụ bán ra theo mẫu số 01-1/GTGT và Bảng kê hoá đơn hàng hoá, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT, trong đó chỉ tiêu thuế giá trị gia tăng mua vào chỉ ghi tiền thuế giá trị gia tăng của tài sản cho thuê phân bổ phù hợp với hoá đơn giá trị gia tăng lập cho doanh thu của dịch vụ cho thuê tài chính trong kỳ kê khai. Người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế đối với các tài sản cho đơn vị khác thuê mua tài chính.
8.5. Khai thuế đối với cơ sở kinh doanh xuất nhập khẩu có nhập khẩu uỷ thác hàng hoá chịu thuế giá trị gia tăng:
Cơ sở nhận nhập khẩu uỷ thác hàng hoá chịu thuế giá trị gia tăng không phải khai thuế giá trị gia tăng đối với hàng hoá nhập khẩu uỷ thác nhưng phải kê khai riêng phần hoá đơn lập cho hàng hoá nhập khẩu uỷ thác đã trả cho cơ sở đi uỷ thác nhập khẩu trong Bảng kê hoá đơn giá trị gia tăng bán ra theo mẫu số 01-1/GTGT ban hành theo Thông tư này và nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
8.6. Việc lập các Bảng kê hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra kèm theo Tờ khai thuế hàng tháng gửi cho cơ quan thuế trong một số trường hợp được thực hiện như sau:
Đối với hàng hoá, dịch vụ bán lẻ trực tiếp cho người tiêu dùng như: điện, nước, xăng dầu, dịch vụ bưu điện, dịch vụ khách sạn, ăn uống, vận chuyển hành khách, kinh doanh vàng bạc, đá quý, ngoại tệ và bán lẻ hàng hoá, dịch vụ tiêu dùng khác thì được kê khai tổng hợp doanh số bán lẻ, không phải kê khai theo từng hoá đơn.
Đối với hàng hoá, dịch vụ mua lẻ, bảng kê tổng hợp được lập theo từng nhóm mặt hàng, dịch vụ cùng thuế suất, không phải kê chi tiết theo từng hoá đơn.
Đối với cơ sở kinh doanh ngân hàng có các đơn vị hạch toán phụ thuộc tại cùng địa phương thì các đơn vị phụ thuộc phải lập Bảng kê hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra để lưu tại cơ sở chính. Khi tổng hợp lập Bảng kê hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra, cơ sở chính chỉ tổng hợp theo số tổng hợp trên Bảng kê của các đơn vị phụ thuộc.
9. Việc khai thuế giá trị gia tăng để xác định số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khoán thực hiện theo quy định tại mục XI của phần này.
III. KHAI THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP
1. Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp cho cơ quan thuế:
1.1. Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
1.2. Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc hạch toán độc lập thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp phát sinh tại đơn vị trực thuộc cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị trực thuộc.
1.3. Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc nhưng hạch toán phụ thuộc thì đơn vị trực thuộc đó không phải nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp; khi nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp, người nộp thuế có trách nhiệm khai tập trung tại trụ sở chính cả phần phát sinh tại đơn vị trực thuộc.
1.4. Đối với các tập đoàn kinh tế, các tổng công ty có đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc nếu đã hạch toán được doanh thu, chi phí, thu nhập chịu thuế thì đơn vị thành viên phải kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị thành viên.
Trường hợp đơn vị thành viên có hoạt động kinh doanh khác với hoạt động kinh doanh chung của tập đoàn, tổng công ty và hạch toán riêng được thu nhập từ hoạt động kinh doanh khác đó thì đơn vị thành viên khai thuế thu nhập doanh nghiệp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị thành viên.
Trường hợp cần áp dụng khai thuế khác với hướng dẫn tại điểm này thì tập đoàn kinh tế, tổng công ty phải báo cáo với Bộ Tài chính để có hướng dẫn riêng.
1.5. Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất cho chi cục thuế quản lý địa phương nơi có đất chuyển quyền.
Trường hợp nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất theo cơ chế một cửa liên thông thì thực hiện theo quy định về cơ chế một cửa liên thông đó.
2. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp là loại khai tạm tính theo quý, khai quyết toán năm hoặc khai quyết toán đến thời điểm chấm dứt hoạt động kinh doanh, chấm dứt hợp đồng, chuyển đổi hình thức sở hữu doanh nghiệp, tổ chức lại doanh nghiệp và các trường hợp:
Khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính theo từng lần chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất áp dụng đối với tổ chức kinh doanh không phát sinh thường xuyên hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất.
Khai thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ thu nhập trên doanh thu theo tháng hoặc theo lần phát sinh thu nhập của người kinh doanh không thường xuyên.
Khai thuế thu nhập doanh nghiệp khấu trừ từ tiền hoa hồng đại lý theo tháng.
3. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính theo quý:
Hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính theo quý là Tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp quý theo mẫu số 01A/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
Trường hợp người nộp thuế không kê khai được chi phí thực tế phát sinh của kỳ tính thuế thì áp dụng Tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp quý theo mẫu số 01B/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này. Căn cứ để tính thu nhập doanh nghiệp trong quý là tỷ lệ thu nhập chịu thuế trên doanh thu của năm trước liền kề. Trường hợp người nộp thuế đã được thanh tra, kiểm tra và tỷ lệ thu nhập chịu thuế trên doanh thu theo kết quả thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế khác với tỷ lệ người nộp thuế đã kê khai, thì áp dụng theo kết quả thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế.
Trường hợp người nộp thuế khai thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất thì hồ sơ khai thuế bao gồm cả Phụ lục Doanh thu từ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuế đất theo mẫu số 01-1/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
4. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo từng lần phát sinh chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất:
4.1. Tổ chức kinh doanh không phát sinh thường xuyên hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất thực hiện khai thuế thu nhập doanh nghiệp tạm tính theo từng lần phát sinh chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất.
Trường hợp tổ chức kinh doanh phát sinh thường xuyên hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất muốn nộp thuế theo từng lần phát sinh thì được quyền khai thuế như tổ chức không phát sinh thường xuyên hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất.
4.2. Hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp theo từng lần chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất là Tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp từ chuyển quyền sử dụng, chuyển quyền thuê đất theo mẫu số 02/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
4.3. Căn cứ vào hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất, cơ quan thuế ghi nhận số thuế phải nộp theo hồ sơ khai thuế hoặc điều chỉnh số thuế phải nộp hoặc xác nhận trường hợp không chịu thuế và thông báo cho người nộp thuế biết trong thời hạn ba ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ. Thông báo được gửi trực tiếp cho người nộp thuế hoặc gửi theo hồ sơ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất qua cơ quan tài nguyên môi trường theo cơ chế một cửa liên thông.
5. Khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp:
5.1. Khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm hoặc khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp đến thời điểm chấm dứt hoạt động kinh doanh, chấm dứt hợp đồng, chuyển đổi hình thức sở hữu doanh nghiệp, tổ chức lại doanh nghiệp.
5.2. Hồ sơ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm:
Tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp theo mẫu số 03/TNDN ban hành kèm theo thông tư này.
Báo cáo tài chính năm hoặc Báo cáo tài chính đến thời điểm chấm dứt hoạt động kinh doanh, chấm dứt hợp đồng, chuyển đổi hình thức sở hữu doanh nghiệp, tổ chức lại doanh nghiệp.
Một hoặc một số phụ lục kèm theo tờ khai (tuỳ theo thực tế phát sinh của người nộp thuế):
+ Phụ lục kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh theo mẫu số 03-1A/TNDN, 03-1B/TNDN, hoặc 03-1C/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
+ Phụ lục chuyển lỗ theo mẫu số 03-2/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
+ Phụ lục thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất theo mẫu số 03-3/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
+ Phụ lục về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo các mẫu ban hành kèm theo Thông tư này.
+ Phụ lục số thuế thu nhập doanh nghiệp đã nộp ở nước ngoài được trừ trong kỳ tính thuế theo mẫu số 03-5/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
6. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ thu nhập trên doanh thu:
6.1. Người nộp thuế đã thực hiện theo quy định về hoá đơn, chứng từ bán hàng hoá, dịch vụ và xác định được doanh thu chịu thuế nhưng không xác định được chi phí, thu nhập chịu thuế; hoặc người nộp thuế phát sinh doanh thu kinh doanh không thường xuyên, sử dụng hoá đơn bán hàng cung cấp lẻ tại cơ quan thuế phục vụ cho hoạt động kinh doanh đó thì thực hiện khai thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ thu nhập trên doanh thu chịu thuế.
6.2. Hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ thu nhập trên doanh thu chịu thuế là Tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ thu nhập trên doanh thu theo mẫu số 04/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
7. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp khấu trừ từ tiền hoa hồng đại lý:
7.1. Người nộp thuế giao cho hộ gia đình, cá nhân làm dịch vụ đại lý bán đúng giá, hưởng hoa hồng có trách nhiệm khấu trừ số thuế thu nhập doanh nghiệp tính bằng 5% trên tiền hoa hồng trả cho đại lý (bao gồm cả các khoản chi hỗ trợ mà đại lý được hưởng theo hợp đồng ký với người nộp thuế).
7.2. Hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp khấu trừ từ tiền hoa hồng đại lý là Tờ khai thuế thu nhập doanh nghiệp khấu trừ từ tiền hoa hồng đại lý theo mẫu số 05/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này.
8. Việc khai thuế thu nhập doanh nghiệp để xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo phương pháp khoán thực hiện theo quy định tại mục XI của

Điều 22 của Luật Quản lý thuế.
1.2. Người nộp thuế không thuộc đối tượng được gia hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định tại khoản 1

Điều 33 Luật Quản lý thuế không nộp hồ sơ khai thuế trong thời hạn quy định.
1.3. Người nộp thuế đã nộp hồ sơ khai thuế, nhưng qua kiểm tra của cơ quan thuế thấy hồ sơ khai thuế không đầy đủ, không chính xác, đã yêu cầu khai, nộp bổ sung hồ sơ khai thuế nhưng người nộp thuế không khai, nộp bổ sung, cơ quan thuế không thể căn cứ vào từng yếu tố của hồ sơ khai thuế để xác định số thuế phải nộp theo hồ sơ khai thuế là đúng.
1.4. Đã hết thời hạn kiểm tra, thanh tra nhưng người nộp thuế không xuất trình tài liệu kế toán, hóa đơn, chứng từ và các tài liệu liên quan đến việc xác định các yếu tố làm căn cứ tính thuế phải nộp.
1.5. Người nộp thuế từ chối hoặc tìm cách trì hoãn để không chấp hành quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế.
1.6. Qua kiểm tra, thanh tra thuế có căn cứ chứng minh người nộp thuế không hạch toán kế toán hoặc có hạch toán kế toán nhưng số liệu trên sổ kế toán không đầy đủ, không chính xác, trung thực dẫn đến không xác định đúng các yếu tố làm căn cứ tính số thuế phải nộp.
1.7. Có dấu hiệu bỏ trốn hoặc phát tán tài sản để không thực hiện nghĩa vụ thuế.
2. Ấn định từng yếu tố liên quan đến việc xác định số thuế phải nộp:
Người nộp thuế theo phương pháp kê khai bị ấn định từng yếu tố liên quan đến việc xác định số thuế phải nộp trong các trường hợp sau:
2.1. Trường hợp kiểm tra thuế, thanh tra thuế có căn cứ chứng minh người nộp thuế hạch toán kế toán không đúng quy định, số liệu trên sổ kế toán không đầy đủ, không chính xác, trung thực dẫn đến không xác định đúng các yếu tố làm căn cứ tính số thuế phải nộp trừ trường hợp bị ấn định số thuế phải nộp.
2.2. Qua kiểm tra hàng hoá mua vào, bán ra thấy người nộp thuế hạch toán giá trị hàng hoá mua vào, bán ra không theo giá giao dịch thông thường trên thị trường.
Giá giao dịch thông thường trên thị trường là giá giao dịch theo thỏa thuận khách quan giữa các bên không có quan hệ liên kết.
Cơ quan thuế có thể tham khảo giá hàng hoá, dịch vụ do cơ quan quản lý nhà nước công bố cùng thời điểm, hoặc giá mua, giá bán của các doanh nghiệp kinh doanh cùng ngành nghề, cùng mặt hàng hoặc giá bán của doanh nghiệp kinh doanh cùng mặt hàng có qui mô kinh doanh và số khách hàng lớn tại địa phương để xác định giá giao dịch thông thường làm căn cứ ấn định giá bán, giá mua và số thuế phải nộp.
3. Căn cứ ấn định thuế:
Cơ quan thuế ấn định thuế đối với người nộp thuế theo kê khai có vi phạm pháp luật thuế dựa vào một hoặc đồng thời các căn cứ sau:
3.1. Cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế thu thập từ:
Người nộp thuế khai báo với cơ quan thuế về doanh thu, chi phí, thu nhập, số thuế phải nộp trong các kỳ khai thuế trước.
Tổ chức, cá nhân có liên quan đến người nộp thuế.
Các cơ quan quản lý Nhà nước khác.
3.2. Tham khảo, đối chiếu số thuế phải nộp của cơ sở kinh doanh cùng ngành nghề, cùng mặt hàng, cùng quy mô tại địa phương. Trường hợp không có cơ sở kinh doanh cùng ngành nghề, cùng mặt hàng, cùng quy mô thì so sánh với số thuế phải nộp bình quân của một số cơ sở kinh doanh cùng ngành nghề, cùng mặt hàng tại địa phương.
4. Khi ấn định thuế, cơ quan thuế phải gửi Quyết định ấn định thuế cho người nộp thuế theo mẫu số 01/AĐTH ban hành kèm theo Thông tư này. Quyết định ấn định thuế bao gồm những nội dung chủ yếu sau đây:
Lý do của việc ấn định (nêu cụ thể hành vi vi phạm);
Căn cứ ấn định thuế;
Số thuế cơ quan thuế ấn định;
Số thuế mà người nộp thuế phải nộp thêm (bằng số thuế ấn định trừ số thuế người nộp thuế đã tự khai);
Thời hạn người nộp thuế có quyền khiếu nại kể từ ngày cơ quan thuế ra thông báo ấn định thuế;
Thời hạn nộp thuế.
Thời hạn nộp thuế là mười ngày kể từ ngày cơ quan thuế ra Quyết định ấn định thuế. Trường hợp cơ quan thuế ấn định thuế với số tiền thuế ấn định từ năm trăm triệu đồng trở lên, thời hạn nộp thuế là ba mươi ngày kể từ ngày cơ quan thuế ra quyết định ấn định thuế.
Trường hợp sau khi cơ quan thuế ra quyết định ấn định thuế, người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế của kỳ khai thuế hoặc lần khai thuế đã bị ấn định thuế thì người nộp thuế vẫn thực hiện nộp thuế theo quyết định ấn định thuế của cơ quan thuế.
Số thuế đã khai trong hồ sơ khai thuế nộp chậm sẽ được cơ quan thuế ghi nhận là số phát sinh của kỳ khai thuế hoặc lần khai thuế đó để làm cơ sở xác định việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế của người nộp thuế, trừ trường hợp cơ quan thuế không chấp nhận số đã kê khai thì cơ quan thuế sẽ có văn bản thông báo cho người nộp thuế biết.

Điều 54 của Luật Quản lý thuế và của pháp luật về doanh nghiệp, pháp luật về hợp tác xã và pháp luật về phá sản.
Chủ doanh nghiệp tư nhân, hội đồng thành viên hoặc chủ sở hữu công ty trách nhiệm hữu hạn, hội đồng quản trị công ty cổ phần hoặc tổ chức thanh lý doanh nghiệp chịu trách nhiệm về việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp trong trường hợp giải thể.
Hội đồng giải thể hợp tác xã chịu trách nhiệm về việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của hợp tác xã trong trường hợp giải thể.
Tổ quản lý, thanh lý tài sản chịu trách nhiệm về việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của doanh nghiệp trong trường hợp phá sản.
2. Trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ thuế trong trường hợp người nộp thuế chấm dứt hoạt động không thực hiện thủ tục giải thể, phá sản theo quy định của pháp luật:
2.1. Doanh nghiệp chấm dứt hoạt động không theo thủ tục giải thể, phá sản doanh nghiệp chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ tịch hội đồng thành viên hoặc chủ sở hữu công ty trách nhiệm hữu hạn, chủ tịch hội đồng quản trị của công ty cổ phần, trưởng ban quản trị của hợp tác xã chịu trách nhiệm nộp phần thuế nợ còn lại.
2.2. Hộ gia đình, cá nhân chấm dứt hoạt động kinh doanh chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì phần thuế nợ còn lại do chủ hộ gia đình, cá nhân chịu trách nhiệm nộp.
2.3. Tổ hợp tác chấm dứt hoạt động chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì phần nợ thuế còn lại do tổ trưởng tổ hợp tác chịu trách nhiệm nộp.
2.4. Những người có trách nhiệm nộp thuế đã hoàn thành toàn bộ nghĩa vụ nộp thuế theo quy định tại điểm 2.1, điểm 2.2 và điểm 2.3 khoản này có quyền yêu cầu những người có nghĩa vụ liên đới khác phải thực hiện phần nghĩa vụ liên đới của họ đối với mình theo quy định của pháp luật dân sự.
III. HOÀN THÀNH NGHĨA VỤ NỘP THUẾ TRONG
TRƯỜNG HỢP TỔ CHỨC LẠI DOANH NGHIỆP
1. Doanh nghiệp bị chia có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trước khi thực hiện chia doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp bị chia chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì các doanh nghiệp mới được thành lập từ doanh nghiệp bị chia có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.
2. Doanh nghiệp bị tách, bị hợp nhất, bị sáp nhập có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trước khi tách, hợp nhất, sáp nhập doanh nghiệp; nếu chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì doanh nghiệp bị tách và các doanh nghiệp mới được thành lập từ doanh nghiệp bị tách, doanh nghiệp hợp nhất, doanh nghiệp nhận sáp nhập có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.
3. Doanh nghiệp chuyển đổi sở hữu có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế trước khi chuyển đổi; trường hợp doanh nghiệp chuyển đổi chưa hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế thì doanh nghiệp mới được thành lập từ doanh nghiệp chuyển đổi có trách nhiệm hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.
4. Việc tổ chức lại doanh nghiệp không làm thay đổi thời hạn nộp thuế của doanh nghiệp bị tổ chức lại. Trường hợp doanh nghiệp được tổ chức lại hoặc các doanh nghiệp thành lập mới không nộp thuế đầy đủ theo thời hạn nộp thuế đã quy định thì bị xử phạt theo quy định của pháp luật.
5. Cơ quan thuế có quyền yêu cầu một trong các doanh nghiệp có nghĩa vụ liên đới phải hoàn thành toàn bộ nghĩa vụ thuế. Trường hợp một doanh nghiệp đã thực hiện toàn bộ nghĩa vụ thuế thì có quyền yêu cầu những doanh nghiệp có nghĩa vụ liên đới phải thực hiện phần nghĩa vụ liên đới của họ đối với mình theo quy định của pháp luật dân sự.
IV. VIỆC KẾ THỪA NGHĨA VỤ NỘP THUẾ CỦA CÁ NHÂN LÀ NGƯỜI
ĐÃ CHẾT, NGƯỜI MẤT NĂNG LỰC HÀNH VI DÂN SỰ, HOẶC NGƯỜI
MẤT TÍCH THEO QUY ĐỊNH CỦA PHÁP LUẬT DÂN SỰ
1. Việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của người được pháp luật coi là đã chết do những người hưởng thừa kế thực hiện trong phạm vi di sản do người chết để lại.
Trường hợp di sản chưa được chia thì việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế do người chết để lại được người quản lý di sản thực hiện.
Trong trường hợp di sản đã được chia thì việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế do người chết để lại được những người thừa kế thực hiện tương ứng nhưng không vượt quá phần tài sản mà mình được nhận, trừ trường hợp có thoả thuận khác.
Trong trường hợp Nhà nước, cơ quan, tổ chức hưởng di sản theo di chúc thì cũng phải thực hiện việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế do người chết để lại như người thừa kế là cá nhân.
Trong trường hợp không có người thừa kế theo di chúc, theo pháp luật hoặc có nhưng từ chối nhận di sản thì việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của người chết để lại được thực hiện theo quy định của pháp luật dân sự.
2. Việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của người bị tuyên bố mất tích, người bị tuyên bố mất năng lực hành vi dân sự do người được Toà án giao quản lý tài sản của người bị tuyên bố mất tích, người bị tuyên bố mất năng lực hành vi dân sự thực hiện trong phạm vi tài sản được giao quản lý.
3. Trường hợp cơ quan nhà nước có thẩm quyền hủy bỏ quyết định tuyên bố một người là đã chết, mất tích hoặc mất năng lực hành vi dân sự thì số tiền thuế nợ đã xoá theo quy định tại

Điều 65 của Luật Quản lý thuế được phục hồi lại, nhưng không bị tính tiền phạt chậm nộp cho thời gian bị coi là đã chết, mất tích hoặc mất năng lực hành vi dân sự.
V. XÁC NHẬN VIỆC THỰC HIỆN NGHĨA VỤ THUẾ
1. Người nộp thuế có quyền đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp xác nhận việc hoàn thành nghĩa vụ thuế của từng loại thuế hoặc của tất cả các loại thuế; hoặc đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp xác nhận số tiền thuế, tiền phạt còn phải nộp đến thời điểm đề nghị xác nhận.
Trường hợp cá nhân, nhà thầu nước ngoài nộp thuế qua tổ chức, cá nhân có trách nhiệm khấu trừ tại nguồn thì đề nghị với cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên khấu trừ tại nguồn xác nhận việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế.
2. Văn bản đề nghị xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế phải nêu rõ các nội dung:
Tên người nộp thuế, mã số thuế;
Số thuế phát sinh của từng loại thuế bao gồm cả số thuế do người nộp thuế khai trong hồ sơ thuế đã nộp cho cơ quan thuế và số thuế khoán, số thuế ấn định theo quyết định của cơ quan thuế;
Số tiền phạt hành chính do vi phạm pháp luật thuế;
Số tiền thuế, tiền phạt đã nộp;
Số tiền thuế, tiền phạt còn nợ (nếu có).
3. Trong thời hạn ba ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế có trách nhiệm ra văn bản xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế. Trường hợp cần kiểm tra, đối chiếu lại các thông tin về tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế gửi thông báo cho người nộp thuế biết lý do chưa xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế.

Điều 77 và

Điều 78 Luật Quản lý thuế, các hồ sơ thuế gửi đến cơ quan thuế đều được kiểm tra tính đầy đủ, chính xác của các thông tin, tài liệu trong hồ sơ thuế nhằm đánh giá sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế.
Việc kiểm tra thuế được thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế hoặc tại trụ sở của người nộp thuế.
1. Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế
1.1. Công chức thuế thực hiện việc kiểm tra nội dung kê khai trong hồ sơ thuế, đối chiếu với cơ sở dữ liệu của người nộp thuế và tài liệu có liên quan về người nộp thuế, so sánh với dữ liệu của người nộp thuế cùng ngành nghề, mặt hàng kinh doanh để phân tích, đánh giá tính tuân thủ hoặc phát hiện các trường hợp khai chưa đầy đủ dẫn tới việc thiếu thuế hoặc trốn thuế, gian lận thuế.
Sau khi kiểm tra, công chức thuế xác nhận kết quả kiểm tra thuế vào hồ sơ thuế theo một trong các trường hợp:
Đối với hồ sơ khai đầy đủ nội dung trong hồ sơ và bảo đảm tính đầy đủ, chính xác của các thông tin, tài liệu trong hồ sơ thuế, không có dấu hiệu vi phạm thì chấp nhận;
Trường hợp phát hiện trong hồ sơ chưa đủ tài liệu theo quy định hoặc khai chưa đầy đủ các chỉ tiêu theo quy định thì cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế biết để hoàn chỉnh hồ sơ. Đối với trường hợp nhận hồ sơ trực tiếp tại cơ quan thuế, công chức thuế tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm thông báo, hướng dẫn trực tiếp cho người nộp hồ sơ. Đối với trường hợp tiếp nhận hồ sơ qua đường bưu chính hoặc thông qua giao dịch điện tử, cơ quan thuế phải ra thông báo bằng văn bản trong thời hạn ba ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ.
Đối với hồ sơ cần được làm rõ thì ghi rõ nội dung để kiểm tra tiếp.
1.2. Kiểm tra để làm rõ nội dung cần bổ sung trong hồ sơ thuế:
1.2.1. Trường hợp qua kiểm tra, đối chiếu, so sánh, phân tích xét thấy có nội dung khai chưa đúng, số liệu khai không chính xác hoặc có những nội dung cần xác minh liên quan đến số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn, cơ quan thuế ra Thông báo bằng văn bản đề nghị người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này.
Thời gian giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu trong hồ sơ thuế không quá mười ngày. Người nộp thuế có thể đến cơ quan thuế giải trình trực tiếp hoặc bổ sung thông tin, tài liệu hoặc bằng văn bản.
Trường hợp người nộp thuế giải trình trực tiếp tại cơ quan thuế thì phải lập Biên bản làm việc theo mẫu số 02/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này.
1.2.2. Sau khi người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế:
Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu đầy đủ theo yêu cầu của cơ quan thuế và chứng minh số thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận.
Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu mà không đủ căn cứ chứng minh số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế yêu cầu người nộp thuế khai bổ sung. Thời hạn khai bổ sung là năm ngày kể từ ngày cơ quan thuế có thông báo yêu cầu khai bổ sung.
Trường hợp hết thời hạn theo thông báo của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế; hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế:
+ Ấn định số thuế phải nộp và thông báo cho người nộp thuế biết theo mẫu 01/AĐTH ban hành kèm theo Thông tư này; hoặc
+ Ra quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế nếu không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp. Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế theo mẫu số 03/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này.
2. Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế
2.1. Các trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế:
2.1.1. Trường hợp người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; không khai bổ sung hồ sơ thuế hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng; hoặc cơ quan thuế không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp.
2.1.2. Trường hợp kiểm tra trước khi hoàn thuế theo quy định, bao gồm:
Hoàn thuế theo quy định của điều ước quốc tế mà Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu.
Người nộp thuế đã có hành vi trốn thuế, gian lận về thuế trong thời hạn 2 năm tính từ thời điểm đề nghị hoàn thuế trở về trước.
Người nộp thuế không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng theo quy định.
Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.
2.2. Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:
2.2.1. Cơ quan thuế ra quyết định kiểm tra thuế đối với trường hợp quy định tại điểm 2.1 mục này. Việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế chỉ được thực hiện khi có quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế. Người nộp thuế có quyền từ chối việc kiểm tra khi không có quyết định kiểm tra thuế.
Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế do thủ trưởng cơ quan thuế ban hành.
Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải có những nội dung cơ bản sau đây:
Căn cứ pháp lý để kiểm tra;
Đối tượng kiểm tra (trường hợp đối tượng kiểm tra là người nộp thuế có các đơn vị thành viên thì nội dung Quyết định kiểm tra phải ghi cụ thể danh sách đơn vị thành viên thuộc đối tượng kiểm tra theo Quyết định);
Nội dung, phạm vi kiểm tra;
Thời gian tiến hành kiểm tra;
Trưởng đoàn kiểm tra và các thành viên khác của đoàn kiểm tra.
Quyền hạn và trách nhiệm của Đoàn kiểm tra và đối tượng kiểm tra.
2.2.2. Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế:
Chậm nhất là năm ngày làm việc kể từ ngày ký quyết định, Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế phải được gửi cho người nộp thuế.
Trong thời hạn ba ngày làm việc, kể từ ngày nhận được Quyết định kiểm tra thuế hoặc trước thời điểm tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế mà người nộp thuế chứng minh được với cơ quan thuế số thuế đã khai là đúng hoặc nộp đủ số tiền thuế phải nộp theo tính toán của cơ quan thuế, thì Thủ trưởng cơ quan thuế ra Quyết định bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế.
Việc kiểm tra theo Quyết định kiểm tra thuế phải được tiến hành chậm nhất là mười ngày làm việc, kể từ ngày ban hành Quyết định. Khi bắt đầu tiến hành kiểm tra thuế, trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố Quyết định kiểm tra thuế và giải thích nội dung Quyết định kiểm tra để đối tượng kiểm tra hiểu và có trách nhiệm chấp hành Quyết định kiểm tra. Trường hợp khi nhận được Quyết định kiểm tra, người nộp thuế đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra thì phải có văn bản gửi cơ quan thuế nêu rõ lý do và thời gian hoãn để xem xét quyết định. Trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị hoãn thời gian kiểm tra, cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế biết về việc chấp nhận hay không chấp nhận việc hoãn thời gian kiểm tra.
Trong quá trình thực hiện Quyết định kiểm tra, Đoàn kiểm tra thực hiện việc đối chiếu nội dung trong hồ sơ thuế với sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan, tình trạng thực tế trong phạm vi nội dung của Quyết định kiểm tra thuế.
Trường hợp xét thấy cần thiết phải tạm giữ tài liệu, tang vật liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế, Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo bằng văn bản để người ra quyết định kiểm tra quyết định áp dụng biện pháp tạm giữ tài liệu, tang vật liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế theo quy định.
Người nộp thuế có nghĩa vụ cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra theo yêu cầu của Đoàn kiểm tra; chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của thông tin, tài liệu đã cung cấp. Đối với các thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra; thông tin, tài liệu thuộc bí mật nhà nước, người nộp thuế có quyền từ chối cung cấp, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.
Thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế không quá năm ngày làm việc, kể từ ngày bắt đầu tiến hành kiểm tra. Trong trường hợp xét thấy cần thiết, cần có thêm thời gian để xác minh, thu thập chứng cứ thì chậm nhất là một ngày trước khi kết thúc thời hạn kiểm tra theo quy định, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo bằng văn bản với người ra Quyết định kiểm tra để gia hạn kiểm tra. Quyết định kiểm tra chỉ được gia hạn một lần, dưới hình thức văn bản. Thời gian gia hạn không quá năm ngày làm việc.
2.2.3. Biên bản kiểm tra thuế:
Biên bản kiểm tra thuế phải được lập theo mẫu số 04/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này và được ký trong thời hạn năm ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc kiểm tra.
Biên bản kiểm tra gồm các nội dung chính sau:
Các căn cứ pháp lý để thiết lập biên bản.
Mô tả thực trạng diễn biến của sự việc theo nội dung đã kiểm tra; nêu cụ thể kết quả đối chiếu của đoàn kiểm tra với số liệu kê khai, báo cáo của người nộp thuế; giải thích lý do, nguyên nhân;
Kết luận về từng nội dung đã tiến hành kiểm tra, xác định hành vi vi phạm, mức độ vi phạm; xử lý vi phạm theo thẩm quyền; kiến nghị biện pháp xử lý không thuộc thẩm quyền của Đoàn kiểm tra.
Biên bản kiểm tra phải được công bố công khai trước Đoàn kiểm tra và người nộp thuế được kiểm tra. Biên bản kiểm tra phải được Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang, đóng dấu của người nộp thuế (nếu có).
Người nộp thuế được quyền nhận biên bản kiểm tra thuế, yêu cầu giải thích nội dung Biên bản kiểm tra thuế và bảo lưu ý kiến trong Biên bản kiểm tra thuế.
2.2.4. Xử lý kết quả kiểm tra thuế:
Chậm nhất năm ngày làm việc kể từ ngày ký Biên bản kiểm tra với người nộp thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo người ra quyết định kiểm tra thuế về kết quả kiểm tra. Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến phải xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính thì trong thời hạn không quá mười ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản, Thủ trưởng cơ quan thuế phải ra quyết định xử lý thuế, xử phạt vi phạm hành chính. Người nộp thuế có nghĩa vụ chấp hành quyết định xử lý kết quả kiểm tra về thuế.
Trường hợp mức xử phạt đối với hành vi vi phạm của người nộp thuế vượt quá thẩm quyền xử phạt của người ra quyết định kiểm tra thuế, trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản kiểm tra thuế, người ra quyết định kiểm tra có văn bản đề nghị người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính về thuế (kèm theo Biên bản kiểm tra) và thông báo cho người nộp thuế biết.
Trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày nhận được đề nghị ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, người nhận được văn bản đề nghị của cơ quan thuế phải ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế; hoặc thông báo và chuyển hồ sơ lại cơ quan thuế đã đề nghị về việc không thuộc thẩm quyền xử phạt.
Trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế thì trong thời hạn năm ngày làm việc, kể từ ngày phát hiện, đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo thủ trưởng cơ quan thuế để chuyển hồ sơ sang bộ phận thanh tra thuế và bổ sung vào kế hoạch thanh tra theo trường hợp quy định tại khoản 2

Điều 81 của Luật Quản lý thuế.
II. THANH TRA THUẾ
1. Việc thanh tra thuế chỉ được tiến hành đối với các trường hợp quy định tại

Điều 81 của Luật Quản lý thuế. Đối với trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, chỉ được tiến hành thanh tra khi có căn cứ xác định người nộp thuế khai thiếu nghĩa vụ thuế, trốn thuế, gian lận thuế nhưng chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự.
2. Việc thanh tra thuế được thực hiện căn cứ vào kế hoạch thanh tra hàng năm trừ các trường hợp quy định tại khoản 2 và khoản 3

Điều 81 của Luật Quản lý thuế (thanh tra khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế; thanh tra để giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan quản lý thuế các cấp hoặc Bộ trưởng Bộ Tài chính).
Việc lập kế hoạch thanh tra phải dựa trên cơ sở phân tích thông tin về người nộp thuế, từ đó phát hiện, lập danh sách người nộp thuế có dấu hiệu bất thường trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế để lựa chọn đối tượng lập kế hoạch thanh tra. Kế hoạch thanh tra bao gồm các nội dung chủ yếu sau đây: đối tượng thanh tra, kỳ thanh tra, loại thuế thuộc diện thanh tra, thời gian dự kiến tiến hành thanh tra.
Kế hoạch thanh tra của cơ quan thuế cấp dưới phải được gửi đến cơ quan thuế cấp trên. Trường hợp có sự trùng lặp về đối tượng thanh tra thì cơ quan thuế cấp trên sẽ thực hiện kế hoạch thanh tra với đối tượng thanh tra đó.
Trường hợp cơ quan thanh tra nhà nước có kế hoạch thanh tra về thuế trùng với kế hoạch thanh tra của cơ quan thuế thì ưu tiên kế hoạch thanh tra thuế của cơ quan thanh tra nhà nước.
3. Thủ trưởng cơ quan thuế các cấp có thẩm quyền ra Quyết định thanh tra thuế theo mẫu số 03/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này.
Quyết định thanh tra thuế phải có các nội dung sau đây:
Căn cứ pháp lý để thanh tra;
Đối tượng thanh tra (trường hợp đối tượng thanh tra là người nộp thuế có các đơn vị thành viên thì nội dung Quyết định thanh tra phải ghi cụ thể danh sách đơn vị thành viên thuộc đối tượng thanh tra theo Quyết định);
Nội dung, phạm vi, nhiệm vụ thanh tra;
Thời hạn tiến hành thanh tra;
Trưởng đoàn thanh tra và các thành viên khác của đoàn thanh tra. Trong trường hợp cần thiết, Đoàn thanh tra có Phó trưởng đoàn thanh tra để giúp Trưởng Đoàn thực hiện một số nhiệm vụ được phân công và chịu trách nhiệm trước Trưởng Đoàn về việc thực hiện nhiệm vụ được giao. Khi thực hiện thanh tra thuế, Đoàn thanh tra thuế phải có tối thiểu một thành viên là thanh tra viên thuế.
Quyết định thanh tra thuế phải được gửi cho đối tượng thanh tra chậm nhất là ba ngày làm việc, kể từ ngày ký.
4. Thời hạn một lần thanh tra thuế không quá ba mươi ngày, kể từ ngày công bố Quyết định thanh tra thuế. Trong trường hợp xét thấy cần thiết, cần có thêm thời gian để xác minh, thu thập chứng cứ thì chậm nhất năm ngày làm việc trước khi kết thúc thời hạn thanh tra theo quy định, Trưởng đoàn thanh tra phải báo cáo bằng văn bản với người ra quyết định thanh tra để gia hạn thanh tra. Quyết định thanh tra chỉ được gia hạn một lần, dưới hình thức văn bản. Thời gian gia hạn không quá ba mươi ngày.
5. Tiến hành thanh tra:
5.1. Công bố Quyết định thanh tra:
Quyết định thanh tra thuế phải được công bố chậm nhất là mười lăm ngày, kể từ ngày ban hành.
Trước khi công bố Quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra thông báo với đối tượng thanh tra về thời gian, thành phần tham dự, địa điểm công bố Quyết định. Khi công bố Quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra phải đọc toàn văn Quyết định thanh tra; giải thích rõ về nội dung quyết định thanh tra đối tượng thanh tra hiểu rõ và có trách nhiệm chấp hành Quyết định thanh tra; thông báo chương trình làm việc giữa Đoàn thanh tra với đối tượng thanh tra và những công việc khác có liên quan đến hoạt động thanh tra.
Việc công bố Quyết định thanh tra phải được lập biên bản theo mẫu số 05/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này.
Trường hợp khi nhận được Quyết định thanh tra, người nộp thuế đề nghị hoãn thời gian tiến hành thanh tra thì phải có văn bản gửi cơ quan thuế, nêu rõ lý do và thời gian hoãn để xem xét quyết định. Trong thời hạn năm ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị hoãn thời gian thanh tra, cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế biết về việc chấp nhận hay không chấp nhận việc hoãn thời gian thanh tra.
5.2. Thực hiện thanh tra:
Khi bắt đầu tiến hành thanh tra, Đoàn thanh tra yêu cầu người nộp thuế cung cấp các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung thanh tra như hồ sơ đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế, tình trạng đăng ký sửa dụng hoá đơn, sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, hồ sơ khai thuế... Người nộp thuế có nghĩa vụ cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung thanh tra theo yêu cầu của cơ quan thuế. Đối với những thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung thanh tra thuế, thông tin, tài liệu thuộc bí mật Nhà nước, người nộp thuế có quyền từ chối cung cấp, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác. Khi tiếp nhận các tài liệu do người nộp thuế cung cấp, Đoàn thanh tra có trách nhiệm kiểm đếm, bảo quản, khai thác, sử dụng tài liệu đúng mục đích, không để thất lạc tài liệu. Trường hợp có căn cứ xác định người nộp thuế vi phạm pháp luật về thuế, Trưởng đoàn thanh tra ra quyết định niêm phong một phần hoặc toàn bộ tài liệu có liên quan tới nội dung thanh tra. Việc niêm phong, mở niêm phong khai thác tài liệu hoặc huỷ bỏ niêm phong thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.
Trong quá trình thực hiện Quyết định thanh tra, Đoàn thanh tra thực hiện việc đối chiếu thông tin trong hồ sơ khai thuế với sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan, khi cần thiết có thể tiến hành kiểm kê tài sản của người nộp thuế trong phạm vi nội dung của Quyết định thanh tra thuế để phát hiện, làm rõ các vấn đề, các sự kiện và kết luận chính xác, trung thực, khách quan về nội dung thanh tra.
Đối với những sự việc, tài liệu phản ánh chưa rõ, chưa đủ cơ sở kết luận, Đoàn thanh tra chuẩn bị chi tiết nội dung yêu cầu người nộp thuế giải trình bằng văn bản. Trường hợp giải trình bằng văn bản của người nộp thuế chưa rõ, Đoàn thanh tra tổ chức đối thoại, chất vấn người nộp thuế để làm rõ nội dung và trách nhiệm của tập thể, cá nhân. Cuộc đối thoại, chất vấn phải được lập biên bản có chữ ký xác nhận của các bên và được ghi âm trong trường hợp cần thiết.
Trường hợp cần thiết phải giám định tài liệu, Trưởng đoàn thanh tra báo cáo người ra quyết định thanh tra quyết định trưng cầu giám định. Đoàn thanh tra lập biên bản thu giữ tài liệu ghi rõ tình trạng của tài liệu đó (kể cả hiện vật nếu có) để chuyển cơ quan giám định.
Trong quá trình thanh tra, nếu phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế liên quan đến tổ chức, cá nhân khác, hoặc dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế có tính chất phức tạp thì cơ quan thuế có quyền áp dụng các biện pháp trong thanh tra theo quy định tại

Điều 89,

Điều 90,

Điều 91 của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn tại mục III